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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xia | ||||||
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タイトル | STRUCTURES OF D-XYLOSE ISOMERASE FROM ARTHROBACTER STRAIN B3728 CONTAINING THE INHIBITORS XYLITOL AND D-SORBITOL AT 2.5 ANGSTROMS AND 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION, RESPECTIVELY | ||||||
![]() | D-XYLOSE ISOMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Henrick, K. / Collyer, C.A. / Blow, D.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of D-xylose isomerase from Arthrobacter strain B3728 containing the inhibitors xylitol and D-sorbitol at 2.5 A and 2.3 A resolution, respectively. 著者: Henrick, K. / Collyer, C.A. / Blow, D.M. #1: ![]() タイトル: Comparison of Backbone Structures of Glucose Isomerase from Streptomyces and Arthrobacter 著者: Henrick, K. / Blow, D.M. / Carrell, H.L. / Glusker, J.P. #2: ![]() タイトル: The Crystallization of Glucose Isomerase from Arthrobacter B3728 著者: Akins, J. / Brick, P. / Jones, H.B. / Hirayama, N. / Shaw, P.-C. / Blow, D.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE TWO SHEETS PRESENTED AS *BAA* AND *BAB* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT- ...SHEET THE TWO SHEETS PRESENTED AS *BAA* AND *BAB* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED BETA-BARRELS. EACH IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 394.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO A 186 AND PRO B 186 ARE CIS PROLINES. 2: THE CD-NE-CZ ANGLE OF ARG A 158 DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM THE EXPECTED VALUE AND IS LIKELY TO BE INCORRECT. | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.8839, -0.0648, 0.4632), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42947.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Akins, J., (1986) Biochim.Biophys.Acta, 874, 375. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 44186 / % possible obs: 98.8 % / Num. measured all: 127622 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→6 Å 詳細: THE CD-NE-CZ ANGLE OF ARG A 158 DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM THE EXPECTED VALUE AND IS LIKELY TO BE INCORRECT.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 43615 / Rfactor obs: 0.156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |