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- PDB-5xia: STRUCTURES OF D-XYLOSE ISOMERASE FROM ARTHROBACTER STRAIN B3728 C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xia
タイトルSTRUCTURES OF D-XYLOSE ISOMERASE FROM ARTHROBACTER STRAIN B3728 CONTAINING THE INHIBITORS XYLITOL AND D-SORBITOL AT 2.5 ANGSTROMS AND 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION, RESPECTIVELY
要素D-XYLOSE ISOMERASE
キーワードISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylitol / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Henrick, K. / Collyer, C.A. / Blow, D.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Structures of D-xylose isomerase from Arthrobacter strain B3728 containing the inhibitors xylitol and D-sorbitol at 2.5 A and 2.3 A resolution, respectively.
著者: Henrick, K. / Collyer, C.A. / Blow, D.M.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1987
タイトル: Comparison of Backbone Structures of Glucose Isomerase from Streptomyces and Arthrobacter
著者: Henrick, K. / Blow, D.M. / Carrell, H.L. / Glusker, J.P.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1986
タイトル: The Crystallization of Glucose Isomerase from Arthrobacter B3728
著者: Akins, J. / Brick, P. / Jones, H.B. / Hirayama, N. / Shaw, P.-C. / Blow, D.M.
履歴
登録1989年7月5日処理サイト: BNL
改定 1.01990年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET THE TWO SHEETS PRESENTED AS *BAA* AND *BAB* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT- ...SHEET THE TWO SHEETS PRESENTED AS *BAA* AND *BAB* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED BETA-BARRELS. EACH IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-XYLOSE ISOMERASE
B: D-XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2496
ポリマ－85,8962
非ポリマー3534
水10,359575
1
A: D-XYLOSE ISOMERASE
B: D-XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: D-XYLOSE ISOMERASE
B: D-XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,49712
ポリマ－171,7914
非ポリマー7068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area33890 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area44830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.900, 105.900, 153.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 186 AND PRO B 186 ARE CIS PROLINES.
2: THE CD-NE-CZ ANGLE OF ARG A 289 DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM THE EXPECTED VALUE AND IS LIKELY TO BE INCORRECT.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.8882, -0.06204, 0.45405), (-0.06744, -0.9623, -0.26351), (0.45327, -0.26483, 0.85112)
ベクター: 66.43, 115.38, 0.13)

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要素

#1: タンパク質 D-XYLOSE ISOMERASE


分子量: 42947.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. (バクテリア) / 株: NRRL B3728 / 参照: UniProt: P12070, xylose isomerase
#2: 糖 ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol / キシリト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O5
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THERE ARE MAJOR DISCREPANCIES BETWEEN THIS MODEL OF XYLOSE ISOMERASE AND THAT PRESENTED IN PROTEIN ...THERE ARE MAJOR DISCREPANCIES BETWEEN THIS MODEL OF XYLOSE ISOMERASE AND THAT PRESENTED IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 3XIA (G.K.FARBER ET AL., BIOCHEMISTRY, V. 28, P. 7289 (1989)). THE ALMOST IDENTICAL STRUCTURES OF ARTHROBACTER AND STREPTOMYCES RUBIGINOSUS XYLOSE ISOMERASES (K.HENRICK ET AL., PROTEIN. ENG., V. 1, P. 467 (1987)) AND SEQUENCE HOMOLOGIES SUGGEST THAT 3XIA SHOULD BE STRUCTURALLY EQUIVALENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Akins, J., (1986) Biochim.Biophys.Acta, 874, 375.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
123 mg/mlprotein1drop
21.2 Mammonium sulfate1drop
350 mMTris-acetate1reservoir
410 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 33532 / % possible obs: 95.5 % / Num. measured all: 73748 / Rmerge(I) obs: 0.044

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→6 Å
詳細: THE CD-NE-CZ ANGLE OF ARG A 289 DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM THE EXPECTED VALUE AND IS LIKELY TO BE INCORRECT.
Rfactor反射数
obs0.135 31019
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6054 0 22 575 6651
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0480.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0550.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.542
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.983
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.160.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.160.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.220.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 32989 / Rfactor obs: 0.147
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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