PDB-4xhz: Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC8-10

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xhz

タイトル

Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC8-10

要素

Protocadherin-15

キーワード

CELL ADHESION / hearing / mechanotransduction / adhesion / calcium-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / sensory perception of sound ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.803 Å

データ登録者

Araya-Secchi, R. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: An elastic element in the protocadherin-15 tip link of the inner ear.
著者: Araya-Secchi, R. / Neel, B.L. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2015年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月23日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xhz.cif.gz	149 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xhz.ent.gz	117 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xhz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xhz_validation.pdf.gz	421.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xhz_full_validation.pdf.gz	422.3 KB	表示
XML形式データ	4xhz_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	4xhz_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kj4C 1edhS 3q2wS 3ubhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lnn-1 5lec-d 76 4frw-2 4frw-3 2ped-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protocadherin-15

ヘテロ分子

37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.929, 157.929, 142.898
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2101- HOH
2	1	A-2117- HOH

#1: タンパク質	Protocadherin-15 分子量: 37430.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH15, USH1F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q96QU1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 81.8 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES (pH6.5), 1.6M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: oxford cryo-jet crystal cryocoolers
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→136.77 Å / Num. obs: 26222 / % possible obs: 99.41 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 73.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 24.95
反射シェル	解像度: 2.803→2.876 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / % possible all: 99.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UBH, 1EDH, 3Q2W

3ubh

1edh

3q2w

解像度: 2.803→136.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 14.63 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19954	1270	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17003	-	-	-
obs	0.17145	24952	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.383 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0.04 Å²	-0 Å²
2-	-	0.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.803→136.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2592	0	4	68	2664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.248	0.01	189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.247	1.973	3633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.173	5	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.934	24.53	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.358	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.37	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.022	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.3	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.337	0.5	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.5	148
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other	0.112	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.3	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.319	5.402	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.374	8.095	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.443	5.682	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.617	8.353	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.585	51.744	11199

LS精密化シェル

解像度: 2.803→2.876 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	95	-
R_work	0.356	1800	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3762	-1.2172	1.9851	2.5581	-1.8291	2.9487	-0.0594	-0.0128	-0.2522	-0.1778	0.3703	0.1699	-0.0175	0.0455	-0.3109	0.0995	0.0003	-0.006	0.1699	0.0388	0.2171	181.6435	315.6607	129.9337
2	2.5587	-1.3215	0.7976	1.2189	0.168	0.8786	-0.1957	0.0253	-0.0046	-0.1187	0.0714	0.1058	-0.3079	0.0933	0.1243	0.2359	0.0671	-0.0192	0.1535	0.0415	0.0791	219.1037	287.8975	139.1693
3	1.5544	0.6844	-0.1402	0.3782	0.4452	3.5759	0.2246	0.0721	0.0509	0.0711	0.0634	-0.028	-0.079	0.0118	-0.288	0.1462	-0.0372	-0.0254	0.1329	-0.0771	0.1546	244.4357	287.4404	165.7406
4	0.1113	0.6257	-0.2804	3.9016	-1.6924	0.7526	0.1569	-0.036	0.0116	0.7346	-0.0869	0.1822	-0.3607	0.1247	-0.07	0.2732	-0.1632	-0.0154	0.4626	-0.0182	0.0435	242.5591	292.0895	198.6684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	795 - 898
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2002 - 2003
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	899 - 1009
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	2001
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1010 - 1112
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1113 - 1127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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