PDB-4xhc: rhamnosidase from Klebsiella oxytoca with rhamnose bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xhc

タイトル

rhamnosidase from Klebsiella oxytoca with rhamnose bound

要素

Alpha-L-rhamnosidase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-L-rhamnosidase / alpha-L-rhamnosidase activity / catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

O'Neill, E.O. / Stevenson, C.E.M. / Patterson, M.J. / Rejzek, M. / Chauvin, A. / Lawson, D.M. / Field, R.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of a novel two domain GH78 family alpha-rhamnosidase from Klebsiella oxytoca with rhamnose bound.
著者: O'Neill, E.C. / Stevenson, C.E. / Paterson, M.J. / Rejzek, M. / Chauvin, A.L. / Lawson, D.M. / Field, R.A.

履歴

登録	2015年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月2日	Group: Database references
改定 2.0	2017年8月30日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xhc.cif.gz	416.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xhc.ent.gz	344.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xhc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xhc_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xhc_full_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示
XML形式データ	4xhc_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	4xhc_validation.cif.gz	46.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5kx6-3 4x61-d 3mwb-1 4r4n-7 7kid-d 6uxx-d 7l1g-d 4h1s-d 3ncz-2 6uxy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Alpha-L-rhamnosidase

B: Alpha-L-rhamnosidase

ヘテロ分子

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.430, 148.430, 202.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 11 - 523 / Label seq-ID: 31 - 543

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質

Alpha-L-rhamnosidase

分子量: 61706.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N terminal tag was not cleaved prior to crystallisation
由来: (組換発現)

Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: KOX_19945 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G8WCL1, UniProt: A0A0J9X262*PLUS, alpha-L-rhamnosidase

#2: 糖

ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₅

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% (w/v) PEG 3350, 200 mM MgSO4

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I24	1	1.068
シンクロトロン	Diamond	I04-1	2	0.92

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2012年7月7日
DECTRIS PILATUS 2M	2	PIXEL	2012年12月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.068	1
2	0.92	1

Reflection

冗長度: 75.1 % / 数: 4618293 / R_merge(I) obs: 0.177 / D res high: 2.7 Å / D res low: 92.58 Å / Num. obs: 61461 / % possible obs: 99.8 / Rejects: 3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Redundancy
2.7	2.77	1	1.666	69.7
12.07	92.58	1	0.048	67.1

反射

解像度: 2.7→63.07 Å / Num. obs: 61251 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.8 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_pim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 300908

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.7-2.77	5	1.077	1.4	22055	4450	0.625	0.522	99
12.07-63.07	4.5	0.03	26.6	3424	763	0.998	0.015	95.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX		位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→63.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.1713 / WR_factor R_work: 0.1569 / FOM work R set: 0.8296 / SU B: 20.257 / SU ML: 0.172 / SU R Cruickshank DPI: 0.292 / SU R_free: 0.2117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2022	3084	5 %	RANDOM
R_work	0.1823	58166	-	-
obs	0.1833	58166	97.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.13 Å² / B_iso mean: 56.8 Å² / B_iso min: 31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→63.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8246	0	42	45	8333
B_iso mean	-	-	71.28	44.7	-
残基数	-	-	-	-	1026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	8516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7858
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.134	1.933	11618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.811	3	17954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.518	5	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.095	23.084	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.812	15	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.189	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	9740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.225	3.648	4102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.225	3.648	4101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.985	5.472	5124

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 32128 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.419	207	-
R_work	0.361	4236	-
all	-	4443	-
obs	-	-	98.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7153	0.6443	-0.2895	4.0729	0.4053	1.3736	0.2211	-0.0824	-0.0204	1.0216	-0.0223	0.1956	0.331	0.1403	-0.1989	0.5019	0.0478	-0.1239	0.1903	0.0325	0.1843	46.6539	20.0928	50.9845
2	1.8834	0.1799	-0.2243	2.3452	1.191	1.0992	-0.0299	0.2036	0.1505	-0.1593	0.2138	-0.1357	-0.1294	0.2653	-0.1838	0.158	-0.0217	-0.0722	0.1332	-0.0107	0.1808	50.0582	52.2384	38.1861
3	0.4665	0.7542	0.0727	2.4815	1.0321	1.3765	-0.01	-0.0659	0.0082	0.2612	0.1781	-0.446	0.1718	0.3841	-0.1681	0.1425	0.059	-0.1888	0.211	-0.0631	0.2857	55.8684	33.7344	36.3288
4	1.4715	-0.3207	0.1921	2.4382	-0.0025	3.1382	0.0488	-0.1086	-0.3702	0.4675	0.0765	-0.1015	0.4552	0.0284	-0.1254	0.3111	0.0451	-0.1406	0.0172	0.0103	0.1991	42.3075	10.5256	35.2679
5	5.7185	1.5598	-1.7728	3.1505	-1.0943	2.9382	-0.1198	0.3397	-0.1982	-0.1074	0.1119	-0.2133	0.3596	0.1375	0.0079	0.1642	0.0293	-0.1001	0.0543	-0.0399	0.129	41.7542	10.9116	12.38
6	3.2063	-0.5416	-1.4332	2.8282	1.9661	1.8465	0.054	0.2233	0.0304	-0.173	0.1573	-0.3556	-0.1275	0.1622	-0.2114	0.1394	0.0318	-0.1014	0.1979	-0.0298	0.1688	51.82	27.1464	21.5948
7	1.2424	1.4399	0.7309	3.6207	1.2262	1.264	0.1503	0.1294	-0.0163	0.4079	0.0142	0.0976	0.2619	0.0774	-0.1645	0.1993	-0.003	0.0497	0.2085	0.009	0.1353	35.0005	63.3662	63.0589
8	1.1295	-0.743	-0.14	3.0588	1.9852	2.215	0.0352	0.0125	-0.059	0.2125	-0.0826	0.2638	0.1302	-0.0546	0.0474	0.1796	-0.0656	-0.0321	0.1053	0.0036	0.1856	27.2316	49.589	52.1371
9	0.9875	0.445	-0.1996	5.7822	0.8613	0.2094	-0.1104	0.071	-0.0153	-0.129	0.1287	-0.0136	0.0471	-0.0041	-0.0183	0.2548	-0.0277	-0.0604	0.0682	0.0267	0.1254	33.2844	48.8153	50.6428
10	0.7835	0.4309	0.6637	1.5217	0.7427	0.9557	0.0431	-0.2743	-0.1163	0.5668	-0.004	0.0824	0.3557	-0.1327	-0.0392	0.3773	0.0454	0.0222	0.1787	0.0179	0.193	33.9096	67.8774	70.1229
11	2.184	-0.2755	1.3735	2.5609	0.6538	2.049	0.0035	-0.2284	0.2413	0.0962	-0.0388	0.0887	0.0471	-0.0244	0.0353	0.02	-0.0178	0.0133	0.0665	-0.0541	0.1254	38.428	92.0177	67.6219
12	2.133	-0.2487	-1.371	3.4243	1.7023	3.8631	0.0702	-0.1559	0.1245	0.1748	-0.1282	0.4564	0.1698	-0.3253	0.0581	0.0278	-0.0329	-0.0013	0.1255	-0.0293	0.1627	23.0418	78.5226	64.7417

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	165 - 242
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	243 - 381
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	382 - 441
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	442 - 523
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	11 - 57
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	58 - 125
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	126 - 168
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	169 - 259
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	260 - 441
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	442 - 523

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)