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- PDB-4xh1: Crystal structure of Salmonella typhimurium propionate kinase in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xh1
タイトルCrystal structure of Salmonella typhimurium propionate kinase in complex with AMPPNP and propionate
要素Propionate kinase
キーワードTRANSFERASE / KINASE / TDCD / AMPPNP / PROPIONATE
機能・相同性
機能・相同性情報


propionate kinase / propionate kinase activity / L-threonine catabolic process to propionate / acetate kinase activity / acetate metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Propionate kinase / Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Propionate kinase / Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Acetate/propionate kinase / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / PROPANOIC ACID / Propionate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Murthy, A.M.V. / Mathivanan, S. / Chittori, S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structures of substrate- and nucleotide-bound propionate kinase from Salmonella typhimurium: substrate specificity and phosphate-transfer mechanism
著者: Murthy, A.M.V. / Mathivanan, S. / Chittori, S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2015年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propionate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1425
ポリマ－45,3781
非ポリマー7644
水2,018112
1
A: Propionate kinase
ヘテロ分子

A: Propionate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,28410
ポリマ－90,7552
非ポリマー1,5298
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_676x-y+1,-y+2,-z+5/31
Buried area9060 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area28740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.610, 111.610, 66.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-645-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Propionate kinase


分子量: 45377.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-397 / 変異: Q381E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: tdcD, oxd-2, STM3242 / プラスミド: PRSET C PRSET C PRSETPRSET PRSET C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06961, propionate kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, polyethylene glycol 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月22日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.22 Å / Num. obs: 32233 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 31.469 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
iMOSFLM1.0.7データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E1Y

2e1y


解像度: 2→32.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.483 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22615 1634 5.1 %RANDOM
Rwork0.17995 ---
obs0.18227 30589 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.912 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2923 0 48 112 3083
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9531.9674104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90936531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6775391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66723.415123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61315470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.411521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02691
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3753.3621569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3683.361568
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5335.0141957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5335.0161958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1293.7441452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1283.7451453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0065.4822148
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.42427.6463411
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.42327.6513412
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 116 -
Rwork0.213 2198 -
obs--98.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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