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Yorodumi- PDB-4xgl: Structure of the nuclease subunit of human mitochondrial RNase P ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xgl | ||||||
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Title | Structure of the nuclease subunit of human mitochondrial RNase P (MRPP3) at 1.8A | ||||||
Components | Mitochondrial ribonuclease P protein 3 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PPR domain / zinc binding domain / metallonuclease / RNase P | ||||||
Function / homology | Function and homology information rRNA processing in the mitochondrion / tRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial ribonuclease P complex / mitochondrial tRNA 5'-end processing / tRNA modification in the mitochondrion / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / mitochondrial nucleoid / mitochondrial matrix ...rRNA processing in the mitochondrion / tRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial ribonuclease P complex / mitochondrial tRNA 5'-end processing / tRNA modification in the mitochondrion / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / mitochondrial nucleoid / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Reinhard, L. / Sridhara, S. / Hallberg, B.M. | ||||||
Funding support | Sweden, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2015 Title: Structure of the nuclease subunit of human mitochondrial RNase P. Authors: Reinhard, L. / Sridhara, S. / Hallberg, B.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xgl.cif.gz | 162.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xgl.ent.gz | 127.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xgl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xgl_validation.pdf.gz | 440.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4xgl_full_validation.pdf.gz | 443.1 KB | Display | |
Data in XML | 4xgl_validation.xml.gz | 16 KB | Display | |
Data in CIF | 4xgl_validation.cif.gz | 22.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgl | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 44120.523 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 207-583 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KIAA0391, MRPP3 / Production host: Escherichia coli KRX (bacteria) / References: UniProt: O15091, ribonuclease P | ||
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: potassium citrate, PEG3350, magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97625 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 23, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 46217 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 34.14 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 12.89 / Num. measured all: 488725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→49.625 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.62 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 176.3 Å2 / Biso mean: 61.5153 Å2 / Biso min: 22.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→49.625 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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