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- PDB-4xgc: Crystal structure of the eukaryotic origin recognition complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xgc
タイトルCrystal structure of the eukaryotic origin recognition complex
要素(Origin recognition complex subunit ...) x 7
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-heterochromatin / larval feeding behavior / CDC6 association with the ORC:origin complex / septin cytoskeleton / septin cytoskeleton organization / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification ...alpha-heterochromatin / larval feeding behavior / CDC6 association with the ORC:origin complex / septin cytoskeleton / septin cytoskeleton organization / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / positive regulation of border follicle cell migration / origin recognition complex / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear origin of replication recognition complex / olfactory learning / nuclear pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex / mitotic chromosome condensation / mitotic DNA replication checkpoint signaling / chromosome condensation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / nuclear pore / ribonucleoprotein complex binding / heterochromatin / GTPase activator activity / learning / mitotic spindle organization / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / learning or memory / DNA replication / chromatin binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex, subunit 6, metazoa/plant / : / ORC6 second cyclin-like domain / Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / CDC6, C terminal / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain ...Origin recognition complex, subunit 6, metazoa/plant / : / ORC6 second cyclin-like domain / Origin recognition complex subunit 3, insertion domain / Origin recognition complex subunit 3 insertion domain / CDC6, C terminal / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bleichert, F. / Botchan, M.R. / Berger, J.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071747 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA R37-30490 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the eukaryotic origin recognition complex.
著者: Bleichert, F. / Botchan, M.R. / Berger, J.M.
履歴
登録2014年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Data collection
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Origin recognition complex subunit 2
C: Origin recognition complex subunit 3
E: Origin recognition complex subunit 5
A: Origin recognition complex subunit 1
G: Origin recognition complex subunit 2
F: Origin recognition complex subunit 6
D: Origin recognition complex subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,6349
ポリマ－277,5597
非ポリマー752
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24310 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area90360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.545, 258.983, 257.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
詳細The depositor states that the biological assembly is hexameric, not heptameric. Orc2 was deposited as 2 different chains because the N-terminus could only be built as a discontinuous polyalanine model. However, both chains belong to the same polypeptide.

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要素

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Origin recognition complex subunit ... , 7種, 7分子 BCEAGFD

#1: タンパク質 Origin recognition complex subunit 2 / DmORC2


分子量: 40106.762 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 266-618 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc2, CG3041 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q24168
#2: タンパク質 Origin recognition complex subunit 3 / FI24229p1 / GH28787p / LP02234p1 / Latheo


分子量: 77650.078 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 47-721 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: lat, CG34315-RB, lat-RA, CG4088, Dmel_CG4088 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7K2L1
#3: タンパク質 Origin recognition complex subunit 5


分子量: 52175.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc5, CG7833 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q24169
#4: タンパク質 Origin recognition complex subunit 1 / DmORC1


分子量: 43910.801 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 533-924 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc1, CG10667 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O16810
#5: タンパク質・ペプチド Origin recognition complex subunit 2


分子量: 3507.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc2, CG3041 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#6: タンパク質 Origin recognition complex subunit 6


分子量: 8204.343 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 187-257 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc6, CG1584 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y1B2
#7: タンパク質 Origin recognition complex subunit 4 / LD43280p


分子量: 52004.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Orc4, CG2917, Dmel_CG2917 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9W102, nucleoside-triphosphate phosphatase

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非ポリマー , 2種, 2分子

#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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詳細

Has protein modificationN
配列の詳細THE AUTHOR STATES THAT CHAIN G IS LIKELY PART OF THE N-TERMINUS OF CHAIN B. 61 N-TERMINAL RESIDUES ...THE AUTHOR STATES THAT CHAIN G IS LIKELY PART OF THE N-TERMINUS OF CHAIN B. 61 N-TERMINAL RESIDUES ARE MISSING (DISORDERED). OWING TO LOW RESOLUTION, IT WAS NOT POSSIBLE TO ACCURATELY ASSIGN THE SIDE CHAINS AND IDENTIFY THE PEPTIDE. THE N-TERMINUS WAS MODELED AS ALA, BUT THE SEQUENCE ALIGNMENT IS UNKNOWN, AND WAS THEREFORE CHANGED TO UNK IN THIS ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PIPES (pH 7.5), magnesium chloride, ammonium acetate, PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332, 1.71083
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
21.710831
反射解像度: 3.5→48.8 Å / Num. obs: 61418 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 118.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 2.181 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1760)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: SAD SOLUTION

解像度: 3.5→48.799 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 28.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2581 1738 2.83 %random selection
Rwork0.2243 ---
obs0.2253 61399 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 118.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16336 0 2 0 16338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d016615
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.722442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.616151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr02854
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.6030.35721370.30094921X-RAY DIFFRACTION100
3.603-3.71920.33571470.29734904X-RAY DIFFRACTION100
3.7192-3.85210.34091460.28134929X-RAY DIFFRACTION100
3.8521-4.00630.28691420.25694940X-RAY DIFFRACTION100
4.0063-4.18850.29481430.22374938X-RAY DIFFRACTION100
4.1885-4.40920.24791440.20284920X-RAY DIFFRACTION100
4.4092-4.68520.20771430.18824965X-RAY DIFFRACTION100
4.6852-5.04670.25191460.18554944X-RAY DIFFRACTION100
5.0467-5.55390.23821450.20734964X-RAY DIFFRACTION100
5.5539-6.3560.27331460.24565018X-RAY DIFFRACTION100
6.356-8.00220.25681440.24665017X-RAY DIFFRACTION100
8.0022-48.80320.23171550.20795201X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7696-0.31850.06360.12770.5074-0.0763-0.0694-0.0740.12370.27190.01860.49370.21940.2333-00.9150.09390.20390.613-0.05470.7063-13.1297-72.977683.1367
2-0.8018-0.9272-0.20670.9771-0.41140.12620.0931-0.36190.04790.0822-0.01650.01230.06350.030600.58780.03030.08531.0142-0.16750.52266.9548-98.775470.4728
3-0.3376-0.269-0.4915-0.1729-0.0838-0.07331.1728-1.64681.5454-0.6579-0.95551.0890.2427-0.270800.8540.5791-0.2429-0.1120.17920.3505-17.3471-48.11966.8204
40.06990.2692-0.53530.34630.59330.25070.1347-0.1701-0.1999-0.17550.15910.1767-0.1078-0.5501-00.33930.15810.09330.2448-0.12850.3536-10.4004-64.642949.5538
50.34810.0285-0.0746-0.5043-0.27260.7396-0.0962-0.2450.221-0.13080.1468-0.1810.1010.270500.68590.07220.14090.6179-0.19560.8937-13.2308-44.54984.8702
6-0.09620.5792-0.6353-0.03870.241-0.3071-0.5270.10430.7641-0.27871.1364-0.38230.485-1.549-00.48770.18820.3116-0.081-0.47581.2677-6.9316-25.363984.6506
7-0.2464-0.0707-0.61020.21830.07580.05-0.65010.03150.7790.53680.83430.55350.50490.70201.35850.688-0.01390.9946-0.55340.477610.0431-77.056696.5182
81.2489-0.7564-0.4460.8278-0.61240.83570.00230.02670.03610.09090.00980.0902-0.125-0.0684-00.4198-0.0324-0.07820.4378-0.04440.404-2.2493-84.502127.4491
9-0.6989-0.9573-0.0179-0.02260.0811-0.6472-0.00830.159-0.44450.13610.3549-0.82180.2698-0.0548-00.4891-0.08830.16440.45590.07430.247412.7842-61.354224.8386
10-0.3938-0.2693-1.00310.4036-0.0527-0.02680.0701-0.41580.5287-0.06590.22810.05510.27410.157400.8039-0.0084-0.07440.5249-0.13230.930614.3641-50.891443.8185
110.1909-0.00430.56060.3024-0.17310.03820.0461-0.29850.3008-0.08110.14-0.0053-0.02270.170500.54760.1925-0.01240.7521-0.31990.914616.5152-62.744273.6894
120.80270.20940.04910.0249-0.71480.09010.1399-0.5030.1495-0.0731-0.077-0.076-0.10170.1561-00.82790.0255-0.22131.2163-0.11690.763238.1996-100.300571.6497
130.2212-0.56580.50490.3617-0.48550.7221-0.0049-0.0677-0.0477-0.15310.0618-0.0286-0.04910.0214-00.26960.0298-0.03910.4299-0.08760.434830.3475-111.804444.9313
14-0.0957-0.2106-0.1039-0.13610.1311-0.25570.02740.58240.6667-0.44230.38470.2404-0.39511.347401.42650.3314-0.01371.5946-0.17870.818420.6203-68.425989.4486
150.03790.073-0.01320.183-0.01520.00510.10310.03090.2663-0.04590.013-0.1066-0.2924-0.1162-0.00021.26690.4233-0.47771.9281-1.0612.260225.4799-88.629796.3783
160.07950.01120.01150.02140.01850.00120.00130.1904-0.1410.00020.23450.6250.035-0.0005-0.00021.4631.1262-0.03290.3604-1.10092.381613.8138-96.89897.8256
170.0111-0.0169-0.01830.05150.03360.03360.3052-0.1048-0.1321-0.1366-0.1558-0.01230.09910.0357-01.3534-0.1732-0.0731.27160.61211.51640.5482-95.083101.2803
180.0127-0.10490.0848-0.02130.0233-0.0031-0.4761-0.6458-0.2582-0.3695-0.1810.0350.5074-0.6827-02.7105-0.0047-0.42441.5161-0.10121.1358-18.2306-37.4867118.0357
19-0.1552-0.6513-0.12580.285-0.38570.4198-0.13570.083-0.0826-0.02220.01130.16710.0509-0.065500.403-0.04370.02670.5088-0.07330.4211-5.5615-111.407630.7194
200.1987-0.4270.42710.17180.0396-0.1474-0.0366-0.0366-0.10240.2243-0.0253-0.06590.05260.1307-00.4963-0.06410.00330.50890.01640.437-2.8364-114.455745.4559
21-0.3931-0.4898-0.355-0.0309-0.69160.24290.00820.1576-0.0610.13910.08660.0385-0.10070.061700.466-0.02520.05360.5195-0.02030.43193.2758-110.192619.6847
220.6142-0.3712-0.0340.3574-0.46540.06910.04550.2420.30550.0646-0.0796-0.02720.24840.163900.40580.0099-0.00940.7319-0.06690.430317.7694-97.605813.9105
230.2656-0.00170.37240.5809-0.65240.66720.0349-0.0195-0.09770.1478-0.1011-0.2852-0.0614-0.142400.5247-0.0521-0.06050.4898-0.07170.566227.0648-71.054442.335
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 326 through 497 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 498 through 616 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 46 through 88 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 89 through 252 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 253 through 381 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 382 through 598 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 599 through 721 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 1 through 159 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 160 through 243 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 244 through 337 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 338 through 458 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 569 through 737 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 738 through 919 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 1 through 19 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 20 through 24 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 25 through 34 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 35 through 41 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 223 through 241 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 5 through 132 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 133 through 197 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 198 through 264 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 265 through 332 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 333 through 457 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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