[日本語] English
万見
- PDB-4xg1: Psychromonas ingrahamii diaminopimelate decarboxylase with LLP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xg1
タイトルPsychromonas ingrahamii diaminopimelate decarboxylase with LLP
要素Diaminopimelate decarboxylase
キーワードLYASE / lysine biosynthesis / psychrophile / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate decarboxylase / diaminopimelate decarboxylase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain ...Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-LLP / THIOCYANATE ION / PROPANE / Diaminopimelate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Psychromonas ingrahamii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Peverelli, M.G. / Wubben, J.M. / Panjikar, S. / Perugini, M.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Expression to crystallization of diaminopimelate decarboxylase from the psychrophile Psychromonas ingrahamii
著者: Peverelli, M.G. / Newman, J. / Panjikar, S. / Perugini, M.A.
履歴
登録2014年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate decarboxylase
B: Diaminopimelate decarboxylase
C: Diaminopimelate decarboxylase
D: Diaminopimelate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,79928
ポリマ－189,3204
非ポリマー2,47924
水7,044391
1
A: Diaminopimelate decarboxylase
B: Diaminopimelate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,09218
ポリマ－94,6602
非ポリマー1,43216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10370 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area28310 Å2
手法PISA
2
C: Diaminopimelate decarboxylase
D: Diaminopimelate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,70710
ポリマ－94,6602
非ポリマー1,0478
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8790 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area28590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.960, 103.130, 93.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 421 / Label seq-ID: 2 - 421

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Diaminopimelate decarboxylase / DAPDC


分子量: 47330.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psychromonas ingrahamii (バクテリア)
株: 37 / 遺伝子: lysA, Ping_0041 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1SR00, diaminopimelate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 415分子

#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-TME / PROPANE


分子量: 44.096 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8
#5: 化合物
ChemComp-LLP / (2S)-2-amino-6-[[3-hydroxy-2-methyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]hexanoic acid / N'-PYRIDOXYL-LYSINE-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 375.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N3O7P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 % / 解説: Triangular prism
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 28%(W/V) PEG 3350, 100mM BIS-TRIS PROPANE (PH 6.0), 200mM POTASSIUM THIOCYANATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 281K
PH範囲: 6 / Temp details: Temperature controlled cold room

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: Crystal flash frozen in cold room and stored in puck until data collection
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→69.17 Å / Num. obs: 58922 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 11.6 / Rsym value: 0.157 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXAuto-Rickshaw web server位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Auto-RickshawWEB SERVER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3N2B

3n2b


解像度: 2.5→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 10.655 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.806 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24589 1014 1.7 %RANDOM
Rwork0.2113 ---
obs0.2119 57729 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.382 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0 Å20.09 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12467 0 148 391 13006
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01912813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0212468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.9817298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.116328612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59151604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68924.392551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.737152184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9051577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02114382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022785
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6883.0426495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6883.0426494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2944.5438065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2944.5428066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6363.2926318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6353.2926313
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3994.839234
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.88723.68914697
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.88623.68914698
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A235010.09
12B235010.09
21A238600.08
22C238600.08
31A235070.08
32D235070.08
41B253970.08
42C253970.08
51B248030.07
52D248030.07
61C250340.07
62D250340.07
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 71 -
Rwork0.303 4219 -
obs--99.93 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る