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- PDB-4xfy: Structure of the native full-length dehydrated HIV-1 capsid protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xfy
タイトルStructure of the native full-length dehydrated HIV-1 capsid protein
要素HIV-1 capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid protein / native / HIV-1 / dehydrated
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding ...viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gres, A.T. / Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI076119 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI099284 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI100890 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI112417 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103368 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: STRUCTURAL VIROLOGY. X-ray crystal structures of native HIV-1 capsid protein reveal conformational variability.
著者: Gres, A.T. / Kirby, K.A. / KewalRamani, V.N. / Tanner, J.J. / Pornillos, O. / Sarafianos, S.G.
履歴
登録2014年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
改定 1.22015年7月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9404
ポリマ－25,6301
非ポリマー3093
水1086
1
A: HIV-1 capsid protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,63824
ポリマ－153,7836
非ポリマー1,85518
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area20470 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area60860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.137, 87.137, 55.881
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x-y, x, z; -y, x-y, z; -x, -y, z; -x+y, -x, z and y, -x+y, z.

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 capsid protein / Pr55Gag


分子量: 25630.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate NY5) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate NY5 / 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12493
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, NaI, Sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00012 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2014年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00012 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→55.88 Å / Num. obs: 6091 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 19.8 / Num. measured all: 65579
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.79-2.969.81.2691.893679600.7040.42598.2
8.38-55.8810.20.02767.1252824710.00999.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.55 Å44.91 Å
Translation5.55 Å44.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H47

3h47


解像度: 2.8→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.2304 / WRfactor Rwork: 0.1824 / FOM work R set: 0.8066 / SU B: 33.964 / SU ML: 0.321 / SU R Cruickshank DPI: 0.3211 / SU Rfree: 0.3859 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2501 277 4.6 %RANDOM
Rwork0.2081 5801 --
obs0.2099 5801 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 165.04 Å2 / Biso mean: 75.734 Å2 / Biso min: 37.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20.53 Å20 Å2
2--1.07 Å2-0 Å2
3----3.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1685 0 18 6 1709
Biso mean--71.02 51.31 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191739
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1211.9632356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7643.0043879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8285214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.00124.86574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.17815299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5551510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5714.986862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5694.984861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2477.4731074
LS精密化 シェル解像度: 2.797→2.869 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.495 16 -
Rwork0.395 409 -
all-425 -
obs--97.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4699-2.8682-1.87427.01334.59533.0127-0.194-0.24670.32120.5370.09220.12370.34190.07770.10180.26-0.0659-0.10860.441-0.11820.6099-0.4903-14.369621.2484
20.72030.28892.46540.13351.01038.4649-0.0939-0.0060.02880.01420.0489-0.0289-0.25630.03890.0450.26850.0948-0.05240.2035-0.09060.3213-4.6611-10.680810.8812
31.7855-2.5891-1.06374.55332.99786.6081-0.08130.2320.05120.07590.02370.0191-0.2477-0.00050.05760.1746-0.0168-0.00750.2892-0.00450.3263-0.5686-14.8954-2.8548
41.2527-1.5042-0.4581.8590.54270.16980.1140.17460.2128-0.1554-0.0649-0.2415-0.0425-0.0893-0.04910.169-0.0355-0.03130.4073-0.05340.46315.7464-20.6960.5188
54.5123-0.38660.77662.67173.03123.7712-0.2155-0.05280.01530.0236-0.04220.205-0.0408-0.0620.25760.2454-0.0085-0.04820.18690.05370.3117-5.2068-22.26463.976
65.6639-3.62131.01567.3605-0.7790.2044-0.19850.1209-0.0061-0.00940.1618-0.1333-0.0196-0.04810.03670.2049-0.02980.0030.2836-0.03060.2324-4.9936-32.499-0.6228
70.5757-0.6497-0.7471.4465-0.71598.2727-0.36480.1680.0820.16750.011-0.36921.0851-0.52240.35380.466-0.03880.06370.2412-0.00150.2269-2.2439-39.911412.9744
817.782-10.0181-3.928715.693817.486224.10741.09790.56580.04870.3064-1.23990.01491.1466-1.54650.1420.4792-0.11030.11240.1363-0.10120.3454-14.5743-37.606827.559
97.8338-0.9716-6.64874.96595.0679.37540.11510.01670.0928-0.0448-0.10520.0948-0.1675-0.0593-0.00990.2982-0.0248-0.0060.1831-0.0150.2261-9.6671-32.263124.4435
100.5583-1.2282-0.0998.75180.7992.5337-0.1956-0.0470.22790.39730.3470.14910.3513-0.1303-0.15140.2398-0.0131-0.01040.2143-0.00690.2471-10.4611-28.095416.0564
114.047-3.23850.08075.53351.77911.1619-0.2576-0.49010.22830.35920.1748-0.10120.117-0.14830.08280.36140.03830.0260.3773-0.00190.1571-2.0924-25.786221.9648
125.0565-0.287-5.20913.8613.77148.5124-0.238-0.2851-0.398-0.0912-0.0303-0.16250.12910.26780.26830.20310.022-0.10320.28210.05360.30372.549-29.42666.9549
134.81640.3205-1.93970.06090.798522.9856-0.3630.1757-0.3596-0.00430.0098-0.01720.6706-0.41340.35320.216-0.00160.00890.222-0.02610.22484.7067-32.2032-5.6549
1418.0468-5.6995-5.43582.44452.683.0808-0.00350.0934-0.32690.2336-0.13060.12050.3458-0.2040.1340.2245-0.0372-0.02790.1963-0.02930.284115.3967-31.8418-14.9845
158.99635.2919-5.785415.1046-5.75199.6318-0.1160.52880.5335-0.53170.49140.56750.5192-0.4027-0.37540.1983-0.07720.02440.2659-0.0160.173925.0578-24.9662-23.2358
167.07984.7293-4.62723.7599-3.38923.1725-0.3606-0.01590.1159-0.42590.39560.00830.3248-0.1928-0.03490.2028-0.07880.02030.2959-0.09210.337320.4868-24.2639-11.6728
1710.71352.30499.37681.03520.690511.49580.16440.10180.2234-0.1838-0.08960.16010.69930.3031-0.07480.1440.05690.03770.25450.00620.252419.4733-32.3822-0.8275
186.9705-1.7451-0.5832.0817-2.10313.1611-0.6161-0.5651-1.17730.15640.0113-0.1253-0.06790.2780.60480.4528-0.05850.24650.2488-0.08920.553127.908-32.4626-11.4819
193.6194-0.92352.29221.19810.549716.8405-0.3690.1299-0.0791-0.1539-0.1452-0.15350.7370.07210.51410.22560.06010.0910.1719-0.00850.261336.778-28.9998-14.8625
202.7238-0.36383.55990.0763-0.15818.5048-0.293-0.10150.14080.04850.0613-0.0342-0.17310.42510.23170.13960.02910.02640.2249-0.03050.310533.4477-21.3781-9.7149
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2A12 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3A19 - 31
4X-RAY DIFFRACTION4A32 - 44
5X-RAY DIFFRACTION5A45 - 65
6X-RAY DIFFRACTION6A66 - 72
7X-RAY DIFFRACTION7A73 - 85
8X-RAY DIFFRACTION8A86 - 93
9X-RAY DIFFRACTION9A94 - 100
10X-RAY DIFFRACTION10A101 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11A114 - 129
12X-RAY DIFFRACTION12A130 - 139
13X-RAY DIFFRACTION13A140 - 145
14X-RAY DIFFRACTION14A146 - 153
15X-RAY DIFFRACTION15A154 - 159
16X-RAY DIFFRACTION16A160 - 175
17X-RAY DIFFRACTION17A176 - 182
18X-RAY DIFFRACTION18A183 - 196
19X-RAY DIFFRACTION19A197 - 208
20X-RAY DIFFRACTION20A209 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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