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- PDB-4xfs: Structure of IL-18 SER Mutant I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xfs
タイトルStructure of IL-18 SER Mutant I
要素Interleukin-18
キーワードCYTOKINE / Interleukin-18 / IL-18 / immune defense / surface entropy reduction
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of neuroinflammatory response / interleukin-18-mediated signaling pathway / natural killer cell mediated cytotoxicity ...interleukin-18 receptor binding / Interleukin-18 signaling / positive regulation of tissue remodeling / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of neuroinflammatory response / interleukin-18-mediated signaling pathway / natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of myoblast differentiation / type 2 immune response / natural killer cell activation / neutrophil activation / sleep / Interleukin-1 processing / positive regulation of NK T cell proliferation / triglyceride homeostasis / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / T-helper 1 type immune response / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / Interleukin-10 signaling / establishment of skin barrier / Pyroptosis / regulation of cell adhesion / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytokine activity / cholesterol homeostasis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-18 / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Krumm, B.E. / Meng, X. / Xiang, Y. / Deng, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI113539 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI079217 米国
Oklahoma State UniversityOKL02848 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Crystallization of interleukin-18 for structure-based inhibitor design.
著者: Krumm, B. / Meng, X. / Xiang, Y. / Deng, J.
履歴
登録2014年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-18
B: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5069
ポリマ－35,9312
非ポリマー5757
水1,856103
1
A: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2925
ポリマ－17,9651
非ポリマー3264
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Interleukin-18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2144
ポリマ－17,9651
非ポリマー2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.982, 42.258, 52.343
Angle α, β, γ (deg.)77.80, 83.63, 67.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 155 / Label seq-ID: 1 - 155

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin-18 / IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 ...IL-18 / Iboctadekin / Interferon gamma-inducing factor / IFN-gamma-inducing factor / Interleukin-1 gamma / IL-1 gamma


分子量: 17965.373 Da / 分子数: 2 / 変異: K139A, K140A, E141A, E143A, L144A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL18, IGIF, IL1F4 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q14116
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 47% PEG 2K MME, 0.1M HEPES, 5% DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 18429 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 81.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F62

3f62


解像度: 1.91→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 12.077 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22871 939 5.1 %RANDOM
Rwork0.17807 ---
obs0.18073 17466 93.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.818 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.81 Å2-1.05 Å2-1.46 Å2
2--1.7 Å21.29 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2502 0 32 103 2637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192477
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9663333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88235311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6135313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62225.229109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.10715425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7881511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3332.451252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3122.4471251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1543.6671562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1563.671563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6022.7081225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5912.7081225
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5033.9591771
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.10119.8122621
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.119.8232622
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8522 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.912→1.962 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 47 -
Rwork0.271 965 -
obs--70.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.62340.28110.63955.35891.61521.39010.1006-0.0782-0.22580.0813-0.0534-0.16350.11120.1356-0.04720.03550.04510.01070.10430.06160.059414.7008-22.6305-12.647
23.9997-3.83291.40047.0241-2.77541.45690.04430.16720.0143-0.2876-0.1134-0.19130.2280.14370.06910.1369-0.00760.01340.11-0.00760.124316.1899-32.1267-17.9369
33.6431-3.5444-2.14788.21885.14434.3788-0.0945-0.215-0.10310.35720.0490.12110.09430.02940.04540.0367-0.0201-0.00450.07540.04620.03314.8041-13.806-9.4028
48.4794-0.69422.77762.2642-1.03492.43330.07810.1378-0.1498-0.2002-0.0584-0.17880.09910.0864-0.01970.05470.0079-0.00060.10160.00930.028713.1311-15.9588-21.9907
53.95791.3602-0.98612.68060.34062.53880.0949-0.01550.096-0.0797-0.1216-0.0439-0.1791-0.04260.02670.02640.0189-0.00860.03420.01580.059412.3229-10.082-12.5223
63.0924-1.30251.96476.9756-1.68495.59120.0302-0.1998-0.28210.40770.11110.3111-0.0294-0.2076-0.14130.0289-0.00910.01110.0860.01160.04273.6168-17.0381-9.6202
70.41020.20631.60220.10910.8156.6438-0.0087-0.0147-0.0273-0.0214-0.03440.00540.1547-0.2250.04320.18280.0093-0.00390.1843-0.05380.20672.7475-29.8499-22.3341
81.73440.1585-0.05973.9995-0.66113.8502-0.0574-0.23120.00010.1027-0.00430.07580.18260.11180.06170.0431-0.007600.06610.00680.02943.5192-22.6204-10.989
91.8158-0.8236-0.57246.00541.22871.6240.07830.14950.1648-0.1251-0.0046-0.1987-0.18770.0285-0.07380.0373-0.0345-0.01250.11040.0470.05238.4318-7.3337-43.1018
103.5281.8908-1.79326.7291-1.67371.9281-0.0466-0.0441-0.02890.2850.0017-0.1648-0.23720.10760.04480.1606-0.01-0.0290.10910.01730.12269.90362.5533-35.494
112.11922.53741.22218.37372.80632.9168-0.07430.12360.0602-0.12770.02710.0137-0.0038-0.00150.04720.00820.01350.0020.10580.04190.0539.3062-14.7154-43.8312
127.12680.2231-1.37630.89730.57611.5078-0.006-0.18590.13550.1075-0.0063-0.1359-0.09360.00930.01230.1047-0.0007-0.01810.09830.02950.07847.9975-13.0947-31.7772
133.0626-0.182-0.80413.08650.64291.69360.1026-0.0423-0.41970.0633-0.050.0540.23090.0053-0.05260.0633-0.0233-0.03530.04490.00410.09416.4411-19.4523-41.6076
144.55981.7271-2.7287.061-2.75676.59850.160.18860.1753-0.39670.01530.42070.05770.1114-0.17530.04030.0032-0.01610.0623-0.01450.0429-2.1807-12.7118-44.9432
153.94791.50381.55195.5012-0.0072.763-0.0318-0.24110.29670.3277-0.19120.2096-0.1093-0.29610.22290.03540.02110.02860.07870.02220.1048-5.0744-5.2444-36.9646
1618.39432.2572-3.86592.7512-0.2220.8419-0.08430.15290.4573-0.05090.2007-0.1747-0.00090.0064-0.11640.1374-0.0313-0.02550.1590.00890.07495.3707-3.2163-47.3552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2A26 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3A45 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4A67 - 84
5X-RAY DIFFRACTION5A85 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6A109 - 125
7X-RAY DIFFRACTION7A126 - 135
8X-RAY DIFFRACTION8A136 - 156
9X-RAY DIFFRACTION9B1 - 22
10X-RAY DIFFRACTION10B23 - 43
11X-RAY DIFFRACTION11B44 - 66
12X-RAY DIFFRACTION12B67 - 84
13X-RAY DIFFRACTION13B85 - 108
14X-RAY DIFFRACTION14B109 - 123
15X-RAY DIFFRACTION15B124 - 149
16X-RAY DIFFRACTION16B150 - 157

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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