PDB-4xfd: Crystal Structure of a NH(3)-dependent NAD(+) synthetase from Pse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xfd

タイトル

Crystal Structure of a NH(3)-dependent NAD(+) synthetase from Pseudomonas aeruginosa

要素

NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

キーワード

LIGASE / cofactor biosynthesis / ATP-binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a NH(3)-dependent NAD(+) synthetase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2014年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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CIF形式データ	4xfd_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
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関連構造データ

類似構造データ	5f23-d 2ejf-1 3mgx-2 4fma-3 3u9g-d 4l5t-3 6oh4-1 5evj-1 6tm7-1 2q4k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-PsaeA.00025.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.980, 41.690, 64.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.400, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-313- HOH
2	1	A-385- HOH
3	1	A-431- HOH

詳細

biological unit is a dimertetramer, same as the asymmetric unit

#1: タンパク質	NH(3)-dependent NAD(+) synthetase 分子量: 30762.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: nadE, PA4920 / プラスミド: PsaeA.00025.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUP3, NAD+ synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

NH(3)-dependent NAD(+) synthetase

分子量: 30762.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: nadE, PA4920 / プラスミド: PsaeA.00025.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUP3, NAD+ synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus (B4): 12.5% PEG-1000, 12.5% PEG-3350, 12.5% MPD, 0.1M MES/imidazole, pH 6.5, 0.03M each sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide; PsaeA.00025.a.B1.PW37555 at 23.5 mg/ml, tray 258195b4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 39807 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.51 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 1.035 / Net I/σ(I): 13.03 / Num. measured all: 141766

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59		0.864	0.536	2.76	10521	2921	2917	0.633	99.9
1.59-1.63		0.91	0.429	3.29	10364	2882	2878	0.505	99.9
1.63-1.68		0.926	0.373	3.87	9968	2764	2756	0.439	99.7
1.68-1.73		0.948	0.301	4.68	9819	2712	2710	0.355	99.9
1.73-1.79		0.967	0.239	5.79	9573	2647	2642	0.282	99.8
1.79-1.85		0.979	0.189	7	9045	2503	2499	0.222	99.8
1.85-1.92		0.986	0.158	8.25	8883	2457	2445	0.186	99.5
1.92-2		0.99	0.119	10.43	8601	2381	2373	0.14	99.7
2-2.09		0.992	0.097	12.74	8153	2274	2266	0.114	99.6
2.09-2.19		0.993	0.081	14.81	7837	2178	2171	0.095	99.7
2.19-2.31		0.994	0.068	17.42	7271	2043	2034	0.08	99.6
2.31-2.45		0.995	0.06	19.09	6928	1967	1956	0.071	99.4
2.45-2.62		0.997	0.051	21.41	6445	1835	1825	0.06	99.5
2.62-2.83		0.997	0.049	23.16	5886	1702	1696	0.058	99.6
2.83-3.1		0.997	0.042	25.43	5416	1582	1574	0.05	99.5
3.1-3.47		0.997	0.039	27.25	4881	1449	1441	0.046	99.4
3.47-4		0.997	0.036	29.4	4261	1279	1260	0.042	98.5
4-4.9		0.998	0.032	30.86	3684	1084	1079	0.038	99.5
4.9-6.93		0.998	0.031	29.95	2899	854	850	0.036	99.5
	6.93	0.998	0.026	29.46	1331	489	435	0.032	89

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→31.642 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1993	1834	4.92 %
R_work	0.1687	35426	-
obs	0.1702	37260	93.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.73 Å² / B_iso mean: 24.5564 Å² / B_iso min: 8.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→31.642 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1964	0	0	309	2273
B_iso mean	-	-	-	34.73	-
残基数	-	-	-	-	262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2061
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.229	2809
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	383
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.884	770

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.5919	0.3419	123	0.2819	2388	2511	82
1.5919-1.6388	0.3425	128	0.2535	2448	2576	85
1.6388-1.6916	0.2613	128	0.2265	2535	2663	86
1.6916-1.7521	0.2257	109	0.2009	2578	2687	88
1.7521-1.8222	0.2238	131	0.1954	2639	2770	91
1.8222-1.9052	0.2321	139	0.1926	2703	2842	93
1.9052-2.0056	0.1903	158	0.1765	2750	2908	96
2.0056-2.1312	0.1899	158	0.1589	2835	2993	97
2.1312-2.2957	0.1783	134	0.1548	2886	3020	98
2.2957-2.5267	0.1995	158	0.1608	2849	3007	99
2.5267-2.8921	0.1993	161	0.1625	2899	3060	99
2.8921-3.6429	0.1764	153	0.1538	2956	3109	99
3.6429-31.6481	0.1799	154	0.1525	2960	3114	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.938	-0.3597	3.3365	3.7029	1.8033	5.2664	0.4009	-0.3834	-0.7003	0.0468	-0.4588	-0	0.5295	-0.0013	0.0005	0.2737	0.0379	0.0141	0.1714	0.0547	0.1895	-5.559	-21.69	17.9766
2	1.2822	0.6401	-0.1674	4.4906	-3.2278	2.5695	-0.0085	-0.388	-0.1639	-0.0247	0.1179	0.0016	0.4059	-0.028	-0.0377	0.1296	0.0261	-0.0235	0.1982	0.0356	0.1234	15.7021	-11.7663	14.5429
3	4.2318	-0.4795	-0.8729	1.7683	0.3365	2.3605	0.0633	-0.4504	0.2038	0.0731	-0.0162	-0.1255	0.0326	0.1355	-0.0412	0.1224	-0.0167	-0.0169	0.1614	-0.0448	0.1277	17.0744	-0.7509	14.0453
4	4.0401	-3.4565	-0.306	4.4368	-0.2574	1.768	-0.1479	-0.3537	0.6251	0.211	0.104	-0.0411	-0.2059	-0.012	-0.0535	0.171	-0.0097	-0.0144	0.1701	-0.1045	0.2371	15.4205	7.1865	11.5844
5	0.0687	0.1027	0.2917	2.025	-1.0663	2.4257	-0.0488	-0.5865	0.4072	0.405	0.1107	0.0558	-0.2743	-0.1506	-0.0577	0.2282	0.0042	0.007	0.3176	-0.1341	0.2302	10.839	10.5111	18.043
6	1.4878	1.9053	0.1954	2.772	1.1296	2.3567	0.0788	0.0493	0.5094	-0.1596	-0.0577	0.1158	-0.3374	-0.2296	0.0701	0.1857	0.0554	0.0189	0.1128	0.0247	0.3344	-10.2914	16.8624	0.7095
7	0.6336	-0.1919	0.014	0.2977	-0.2706	0.6673	0.0398	-0.1933	0.1581	0.0165	0.0093	0.0837	-0.039	-0.003	-0.0539	0.1161	-0.0109	-0.003	0.0878	-0.0223	0.1265	0.6659	1.311	8.1368
8	2.9657	1.3153	0.629	2.0385	0.1084	0.7634	0.0688	-0.7227	0.3104	0.166	-0.0683	0.1904	-0.217	0.2138	0.0367	0.2391	0.0005	0.0063	0.3833	-0.0489	0.1366	4.2819	-3.8492	26.5848
9	1.2929	0.5028	-0.2638	0.9239	-0.6772	2.9153	-0.0173	-0.1365	0.043	0.0308	0.0257	0.1348	0.2147	-0.2035	-0.0071	0.136	0.0179	0.0044	0.1175	0.0053	0.1172	-10.1331	-12.3461	14.3805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -4:20 )	A	-4 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 21:42 )	A	21 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 43:75 )	A	43 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 76:91 )	A	76 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 92:115 )	A	92 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 116:133 )	A	116 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 134:195 )	A	134 - 195
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 196:237 )	A	196 - 237
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 238:275 )	A	238 - 275

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