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- PDB-4xey: Crystal structure of an SH2-kinase domain construct of c-Abl tyro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xey
タイトルCrystal structure of an SH2-kinase domain construct of c-Abl tyrosine kinase
要素Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / tyrosine kinase / kinase domain / SH2 domain / dasatinib / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of actin filament binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling ...positive regulation of actin filament binding / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / response to epinephrine / activation of protein kinase C activity / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / podocyte apoptotic process / delta-catenin binding / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / transitional one stage B cell differentiation / regulation of postsynaptic specialization assembly / regulation of modification of synaptic structure / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / DNA conformation change / cerebellum morphogenesis / neuroepithelial cell differentiation / B cell proliferation involved in immune response / : / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of extracellular matrix organization / microspike assembly / B-1 B cell homeostasis / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / mitochondrial depolarization / bubble DNA binding / regulation of cell motility / positive regulation of establishment of T cell polarity / activated T cell proliferation / cellular response to dopamine / myoblast proliferation / positive regulation of blood vessel branching / proline-rich region binding / syntaxin binding / regulation of Cdc42 protein signal transduction / mitogen-activated protein kinase binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of dendrite development / regulation of axon extension / regulation of T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of cell-cell adhesion / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Myogenesis / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / positive regulation of osteoblast proliferation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / regulation of microtubule polymerization / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / Bergmann glial cell differentiation / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / regulation of endocytosis / associative learning / negative regulation of mitotic cell cycle / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of cellular senescence / actin monomer binding / negative regulation of BMP signaling pathway / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of focal adhesion assembly / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / canonical NF-kappaB signal transduction / BMP signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / mismatch repair / regulation of cell adhesion / positive regulation of vasoconstriction / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / four-way junction DNA binding / spleen development / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / ephrin receptor binding / actin filament polymerization / ERK1 and ERK2 cascade / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of mitotic cell cycle / SH2 domain binding / response to endoplasmic reticulum stress / protein kinase C binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / thymus development / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / post-embryonic development / integrin-mediated signaling pathway / B cell receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1N1 / Tyrosine-protein kinase ABL1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.891 Å
データ登録者Lorenz, S. / Deng, P. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Leukemia & Lymphoma Society7393-06 米国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of an SH2-kinase construct of c-Abl and effect of the SH2 domain on kinase activity.
著者: Lorenz, S. / Deng, P. / Hantschel, O. / Superti-Furga, G. / Kuriyan, J.
履歴
登録2014年12月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6964
ポリマ－93,7202
非ポリマー9762
水00
1
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3482
ポリマ－46,8601
非ポリマー4881
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ABL1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3482
ポリマ－46,8601
非ポリマー4881
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.118, 125.449, 56.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto- ...Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 46860.000 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 119-515 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-1N1 / N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE / Dasatinib / ダサチニブ


分子量: 488.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26ClN7O2S / コメント: 薬剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 % / 解説: needle
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M sodium citrate, 8% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日
放射モノクロメーター: double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→46.96 Å / Num. obs: 18720 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 9.24
反射 シェル解像度: 2.89→2.95 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-20002.3.6データ削減
HKL-20002.3.6データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GQG,1OPK

2gqg

1opk


解像度: 2.891→46.799 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 957 5.13 %
Rwork0.2308 --
obs0.2323 18647 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.891→46.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5114 0 66 0 5180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035315
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8057195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1961971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003902
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.891-3.04340.30841430.30012406X-RAY DIFFRACTION97
3.0434-3.2340.3131510.28582479X-RAY DIFFRACTION100
3.234-3.48370.29361270.25152503X-RAY DIFFRACTION100
3.4837-3.83410.28581350.22782514X-RAY DIFFRACTION100
3.8341-4.38850.23421280.21582534X-RAY DIFFRACTION100
4.3885-5.52770.23671260.20762577X-RAY DIFFRACTION100
5.5277-46.80550.22571470.21452677X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03450.0747-0.02750.26150.0740.10910.16740.12110.2261-0.6558-0.2848-0.79770.11570.9471-00.81390.15050.15641.18810.02731.0322-18.2156-14.2157-17.3085
21.9949-0.4505-0.18282.55170.3731.9904-0.0298-0.0940.29520.0351-0.0321-0.1675-0.33370.149700.25670.0393-0.00730.2730.01150.3-16.8443-43.046512.8914
30.82930.1007-0.14521.6338-0.22552.5763-0.00470.0373-0.0651-0.04760.0127-0.11520.24870.207100.18470.053-0.00120.1791-0.03090.1969-45.9946-19.566813.169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 141 through 238)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 250 through 522)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 251 through 523)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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