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- PDB-4xej: IRES bound to bacterial Ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xej
タイトルIRES bound to bacterial Ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • IRES RNA
キーワードRIBOSOME / Internal Ribosome Entry Site / IRES / 70S / bacterial initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L11, bacterial-type ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / : / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / : / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein bTHX ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35
類似検索 - 構成要素
生物種Plautia stali intestine virus (ウイルス)
Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zhu, J. / Korostelev, A. / Noller, H.F. / Donohue, J.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Initiation of translation in bacteria by a structured eukaryotic IRES RNA.
著者: Colussi, T.M. / Costantino, D.A. / Zhu, J. / Donohue, J.P. / Korostelev, A.A. / Jaafar, Z.A. / Plank, T.D. / Noller, H.F. / Kieft, J.S.
履歴
登録2014年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Data collection
改定 1.32016年7月6日Group: Data collection
改定 1.42016年9月28日Group: Data collection
改定 1.52017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AL02: 50S ribosomal protein L2
AL03: 50S ribosomal protein L3
AL04: 50S ribosomal protein L4
AL05: 50S ribosomal protein L5
AL06: 50S ribosomal protein L6
AL09: 50S ribosomal protein L9
AL11: 50S ribosomal protein L11
AL13: 50S ribosomal protein L13
AL14: 50S ribosomal protein L14
AL15: 50S ribosomal protein L15
AL16: 50S ribosomal protein L16
AL17: 50S ribosomal protein L17
AL18: 50S ribosomal protein L18
AL19: 50S ribosomal protein L19
AL20: 50S ribosomal protein L20
AL21: 50S ribosomal protein L21
AL22: 50S ribosomal protein L22
AL23: 50S ribosomal protein L23
AL24: 50S ribosomal protein L24
AL25: 50S ribosomal protein L25
AL27: 50S ribosomal protein L27
AL28: 50S ribosomal protein L28
AL29: 50S ribosomal protein L29
AL30: 50S ribosomal protein L30
AL32: 50S ribosomal protein L32
AL33: 50S ribosomal protein L33
AL34: 50S ribosomal protein L34
AL35: 50S ribosomal protein L35
AS02: 30S ribosomal protein S2
AS03: 30S ribosomal protein S3
AS04: 30S ribosomal protein S4
AS05: 30S ribosomal protein S5
AS06: 30S ribosomal protein S6
AS07: 30S ribosomal protein S7
AS08: 30S ribosomal protein S8
AS09: 30S ribosomal protein S9
AS10: 30S ribosomal protein S10
AS11: 30S ribosomal protein S11
AS12: 30S ribosomal protein S12
AS13: 30S ribosomal protein S13
AS14: 30S ribosomal protein S14
AS15: 30S ribosomal protein S15
AS16: 30S ribosomal protein S16
AS17: 30S ribosomal protein S17
AS18: 30S ribosomal protein S18
AS19: 30S ribosomal protein S19
AS20: 30S ribosomal protein S20
ATHX: 30S ribosomal protein Thx
BL02: 50S ribosomal protein L2
BL03: 50S ribosomal protein L3
BL04: 50S ribosomal protein L4
BL05: 50S ribosomal protein L5
BL06: 50S ribosomal protein L6
BL09: 50S ribosomal protein L9
BL11: 50S ribosomal protein L11
BL13: 50S ribosomal protein L13
BL14: 50S ribosomal protein L14
BL15: 50S ribosomal protein L15
BL16: 50S ribosomal protein L16
BL17: 50S ribosomal protein L17
BL18: 50S ribosomal protein L18
BL19: 50S ribosomal protein L19
BL20: 50S ribosomal protein L20
BL21: 50S ribosomal protein L21
BL22: 50S ribosomal protein L22
BL23: 50S ribosomal protein L23
BL24: 50S ribosomal protein L24
BL25: 50S ribosomal protein L25
BL27: 50S ribosomal protein L27
BL28: 50S ribosomal protein L28
BL29: 50S ribosomal protein L29
BL30: 50S ribosomal protein L30
BL32: 50S ribosomal protein L32
BL33: 50S ribosomal protein L33
BL34: 50S ribosomal protein L34
BL35: 50S ribosomal protein L35
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BS11: 30S ribosomal protein S11
BS12: 30S ribosomal protein S12
BS13: 30S ribosomal protein S13
BS14: 30S ribosomal protein S14
BS15: 30S ribosomal protein S15
BS16: 30S ribosomal protein S16
BS17: 30S ribosomal protein S17
BS18: 30S ribosomal protein S18
BS19: 30S ribosomal protein S19
BS20: 30S ribosomal protein S20
BTHX: 30S ribosomal protein Thx
AL31: 50S ribosomal protein L31
BL31: 50S ribosomal protein L31
A16S: 16S ribosomal RNA
A23S: 23S ribosomal RNA
A5S: 5S ribosomal RNA
B16S: 16S ribosomal RNA
B23S: 23S ribosomal RNA
B5S: 5S ribosomal RNA
AIRE: IRES RNA
BIRE: IRES RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,366,159110
ポリマ－4,365,898106
非ポリマー2624
水00
1
AL02: 50S ribosomal protein L2
AL03: 50S ribosomal protein L3
AL04: 50S ribosomal protein L4
AL05: 50S ribosomal protein L5
AL06: 50S ribosomal protein L6
AL09: 50S ribosomal protein L9
AL11: 50S ribosomal protein L11
AL13: 50S ribosomal protein L13
AL14: 50S ribosomal protein L14
AL15: 50S ribosomal protein L15
AL16: 50S ribosomal protein L16
AL17: 50S ribosomal protein L17
AL18: 50S ribosomal protein L18
AL19: 50S ribosomal protein L19
AL20: 50S ribosomal protein L20
AL21: 50S ribosomal protein L21
AL22: 50S ribosomal protein L22
AL23: 50S ribosomal protein L23
AL24: 50S ribosomal protein L24
AL25: 50S ribosomal protein L25
AL27: 50S ribosomal protein L27
AL28: 50S ribosomal protein L28
AL29: 50S ribosomal protein L29
AL30: 50S ribosomal protein L30
AL32: 50S ribosomal protein L32
AL33: 50S ribosomal protein L33
AL34: 50S ribosomal protein L34
AL35: 50S ribosomal protein L35
AS02: 30S ribosomal protein S2
AS03: 30S ribosomal protein S3
AS04: 30S ribosomal protein S4
AS05: 30S ribosomal protein S5
AS06: 30S ribosomal protein S6
AS07: 30S ribosomal protein S7
AS08: 30S ribosomal protein S8
AS09: 30S ribosomal protein S9
AS10: 30S ribosomal protein S10
AS11: 30S ribosomal protein S11
AS12: 30S ribosomal protein S12
AS13: 30S ribosomal protein S13
AS14: 30S ribosomal protein S14
AS15: 30S ribosomal protein S15
AS16: 30S ribosomal protein S16
AS17: 30S ribosomal protein S17
AS18: 30S ribosomal protein S18
AS19: 30S ribosomal protein S19
AS20: 30S ribosomal protein S20
ATHX: 30S ribosomal protein Thx
AL31: 50S ribosomal protein L31
A16S: 16S ribosomal RNA
A23S: 23S ribosomal RNA
A5S: 5S ribosomal RNA
AIRE: IRES RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,183,08055
ポリマ－2,182,94953
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BL02: 50S ribosomal protein L2
BL03: 50S ribosomal protein L3
BL04: 50S ribosomal protein L4
BL05: 50S ribosomal protein L5
BL06: 50S ribosomal protein L6
BL09: 50S ribosomal protein L9
BL11: 50S ribosomal protein L11
BL13: 50S ribosomal protein L13
BL14: 50S ribosomal protein L14
BL15: 50S ribosomal protein L15
BL16: 50S ribosomal protein L16
BL17: 50S ribosomal protein L17
BL18: 50S ribosomal protein L18
BL19: 50S ribosomal protein L19
BL20: 50S ribosomal protein L20
BL21: 50S ribosomal protein L21
BL22: 50S ribosomal protein L22
BL23: 50S ribosomal protein L23
BL24: 50S ribosomal protein L24
BL25: 50S ribosomal protein L25
BL27: 50S ribosomal protein L27
BL28: 50S ribosomal protein L28
BL29: 50S ribosomal protein L29
BL30: 50S ribosomal protein L30
BL32: 50S ribosomal protein L32
BL33: 50S ribosomal protein L33
BL34: 50S ribosomal protein L34
BL35: 50S ribosomal protein L35
BS02: 30S ribosomal protein S2
BS03: 30S ribosomal protein S3
BS04: 30S ribosomal protein S4
BS05: 30S ribosomal protein S5
BS06: 30S ribosomal protein S6
BS07: 30S ribosomal protein S7
BS08: 30S ribosomal protein S8
BS09: 30S ribosomal protein S9
BS10: 30S ribosomal protein S10
BS11: 30S ribosomal protein S11
BS12: 30S ribosomal protein S12
BS13: 30S ribosomal protein S13
BS14: 30S ribosomal protein S14
BS15: 30S ribosomal protein S15
BS16: 30S ribosomal protein S16
BS17: 30S ribosomal protein S17
BS18: 30S ribosomal protein S18
BS19: 30S ribosomal protein S19
BS20: 30S ribosomal protein S20
BTHX: 30S ribosomal protein Thx
BL31: 50S ribosomal protein L31
B16S: 16S ribosomal RNA
B23S: 23S ribosomal RNA
B5S: 5S ribosomal RNA
BIRE: IRES RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,183,08055
ポリマ－2,182,94953
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.050, 447.220, 608.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 AL02BL02AL03BL03AL04BL04AL05BL05AL06BL06AL09BL09AL11BL11AL13BL13AL14BL14AL15BL15AL16BL16AL17BL17AL18BL18AL19BL19AL20BL20...

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29828.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I07
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22249.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I04
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22487.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I05
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20944.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I16
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 17363.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I19
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16107.884 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72GV5
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 15526.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62442
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15568.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72IN1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I14
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15858.526 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I23
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15148.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I11
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13618.952 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I33
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 10941.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I20
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 16247.915 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72JU9
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13648.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72L76
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72HR2
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12678.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I09
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10273.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I06
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I15
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 21021.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72IA7
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8587.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72HR3
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9884.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72G84
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7457.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I12
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6670.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72I22
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 5818.950 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62652
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5473.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72GW3
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5975.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P80340
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7245.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72L77
#49: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L31


分子量: 3278.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: Q72JR0

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 AS02BS02AS03BS03AS04BS04AS05BS05AS06BS06AS07BS07AS08BS08AS09BS09AS10BS10AS11BS11AS12BS12AS13BS13AS14BS14AS15BS15AS16BS16...

#29: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26987.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62662
#30: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22862.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62663
#31: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62664
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16460.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62665
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62666
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62667
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62668
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14298.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62669
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11299.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62653
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12014.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62654
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13604.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P61941
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13308.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62655
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62656
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62657
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9924.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62238
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 11721.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62658
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8155.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62659
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 8949.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62660
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 10907.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62661
#48: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 2960.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: UniProt: P62613

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RNA鎖 , 4種, 8分子 A16SB16SA23SB23SA5SB5SAIREBIRE

#50: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 489042.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#51: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 936302.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#52: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38553.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
参照: GenBank: 46197919
#53: RNA鎖 IRES RNA


分子量: 62739.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plautia stali intestine virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 2344756

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非ポリマー , 1種, 4分子

#54: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS BELIEVE THAT THE C1161U CONFLICT IS AN ERROR IN THE SEQUENCE DATABASE. G2808U CHANGE IS ...THE AUTHORS BELIEVE THAT THE C1161U CONFLICT IS AN ERROR IN THE SEQUENCE DATABASE. G2808U CHANGE IS A SUBSTITUTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Initial crystallization screening was performed around conditions previously reported (31, 48) by dispensing 0.2 + 0.2 mL sitting drops with a Phoenix robotic liquid handling system (Art ...詳細: Initial crystallization screening was performed around conditions previously reported (31, 48) by dispensing 0.2 + 0.2 mL sitting drops with a Phoenix robotic liquid handling system (Art Robbins) on 96-well plates. Once optimal crystallization conditions were determined, crystals were grown by the sitting-drop vapor-diffusion method using drops dispensed by the Phoenix with 1- to 2-mL ribosome complexes mixed with 1-2 mL of reservoir solution [100 mM Tris-OAc, pH 7.0, 200 mM potassium thiocyanate (KSCN), 3.6-5% PEG 20,000, 6-14% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)] at 22.5C. Crystals emerged after 5-7 d and matured between 2-3 wk. Crystals were then subjected to cryoprotection by gradually replacing the mother liquor with cryoprotection buffer I (100 mM Tris-OAc, pH 7.0, 200 mM KSCN, 5% PEG 20,000, 25% MPD, 14% PEG 200, and 10 mM Mg(OAc)2). The crystals then were flash-frozen by plunging into liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→60 Å / Num. obs: 555726 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 8.28
反射 シェル解像度: 3.8→4 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 1.6 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4V83

4v83


解像度: 3.8→60 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 2000 -
Rwork0.246 553726 -
obs-555726 99.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数92320 194969 4 0 287293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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