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- PDB-4xe5: Crystal structure of the Na,K-ATPase from bovine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xe5
タイトルCrystal structure of the Na,K-ATPase from bovine
要素(Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ...) x 3
キーワードHYDROLASE / alpha-helical transmembrane protein / ATPase / sodium ion transport / potassium ion transport / ATP binding / sodium binding / receptor for cardiotonic steroids / plasma membrane / membrane protein / multisubunit complex / beryllium trifluoride
機能・相同性
機能・相同性情報


Ion transport by P-type ATPases / : / positive regulation of calcium:sodium antiporter activity / positive regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / : / Ion homeostasis / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity ...Ion transport by P-type ATPases / : / positive regulation of calcium:sodium antiporter activity / positive regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / : / Ion homeostasis / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / membrane repolarization / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / ion channel regulator activity / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / relaxation of cardiac muscle / sodium ion transport / potassium ion import across plasma membrane / organelle membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / intercalated disc / lateral plasma membrane / sperm flagellum / sodium channel regulator activity / cardiac muscle contraction / regulation of sodium ion transport / ATP metabolic process / proton transmembrane transport / T-tubule / protein localization to plasma membrane / potassium ion transport / sarcolemma / intracellular calcium ion homeostasis / ATPase binding / regulation of gene expression / basolateral plasma membrane / membrane => GO:0016020 / protein stabilization / cell adhesion / membrane raft / apical plasma membrane / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta, chordates / Na, k-atpase alpha subunit. / Ion-transport regulator, FXYD motif / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta ...Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta, chordates / Na, k-atpase alpha subunit. / Ion-transport regulator, FXYD motif / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / OUABAIN / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit gamma / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.901 Å
データ登録者Gregersen, J.L. / Mattle, D. / Fedosova, N.U. / Nissen, P. / Reinhard, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Isolation, crystallization and crystal structure determination of bovine kidney Na(+),K(+)-ATPase.
著者: Gregersen, J.L. / Mattle, D. / Fedosova, N.U. / Nissen, P. / Reinhard, L.
履歴
登録2014年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年4月13日Group: Database references
改定 1.32016年7月20日Group: Database references
改定 1.42018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta
G: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,8769
ポリマ－154,4453
非ポリマー1,4316
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area57700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.750, 301.070, 242.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 / Na(+)/K(+) ATPase alpha-1 subunit / Sodium pump subunit alpha-1


分子量: 112824.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: BFD374 is an aspartate 374 that is covalently modified with beryllium fluoride
由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Kidney / 参照: UniProt: Q08DA1, EC: 3.6.3.9
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta


分子量: 35068.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Kidney / 参照: UniProt: G3MWR4
#3: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit gamma / Na(+)/K(+) ATPase subunit gamma / FXYD domain-containing ion transport regulator 2 / Sodium pump gamma chain


分子量: 6552.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Kidney / 参照: UniProt: Q04645

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非ポリマー , 4種, 11分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-OBN / OUABAIN / ウアバイン


分子量: 584.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H44O12
#6: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.82 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3,350, manganese chloride, 3-(N-morpholino)propansulfonic acid (pH adjusted with N-Methyl-D-glucamin), 2-Mercaptoethanol, Octaethylene glycol monododecyl ether

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→30 Å / Num. obs: 15157 / % possible obs: 59.2 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル最高解像度: 3.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1888精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HYT

4hyt


解像度: 3.901→29.74 Å / SU ML: 0.78 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 36.79 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: data was anisotropically truncated using the Diffraction Anisotropy Server (http://services.mbi.ucla.edu/anisoscale/)
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3363 731 5.08 %
Rwork0.3224 --
obs0.3231 14398 64.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.901→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10257 0 100 5 10362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90614378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0183898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9005-4.20090.4576630.43411087X-RAY DIFFRACTION26
4.2009-4.62230.38041100.42731842X-RAY DIFFRACTION44
4.6223-5.28790.43611470.3862686X-RAY DIFFRACTION65
5.2879-6.64990.36711750.35943739X-RAY DIFFRACTION88
6.6499-29.74130.25882360.2444313X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4122-1.4919-0.12481.7473-0.8040.9693-0.18911.0143-0.0829-1.4803-0.2565-0.46930.57940.4874-0.11412.42150.25430.29920.7343-0.18931.97251.7808-58.4506-42.2949
21.9851-1.6515-1.26872.16140.89891.29490.5360.2864-0.4249-0.4667-0.80240.6610.3818-0.7851-0.00321.25910.3432-0.05610.95950.17490.9498-18.5449-50.8104-23.4906
32.3486-0.8153-1.65573.429-1.89593.0521-0.1115-0.1103-0.73140.04940.0146-0.37540.3607-0.3692-0.00141.43320.37050.25041.2380.31941.9215.5803-74.635-10.9655
41.154-0.96280.38233.5602-0.07541.11380.17610.0222-0.2207-1.2115-0.04440.17340.128-0.29280.03260.56630.03480.0141.02220.44250.7552-24.2229-5.0015-21.602
50.4159-0.4595-0.7334.15041.59021.12860.5620.32570.7255-0.9857-0.3771-0.2432-1.35670.13570.10751.4370.4936-0.15661.36040.36390.9455-26.099941.5352-30.8703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 27:85 or resseq 160:280)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 354:381 or resseq 594:751 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 382:593
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 86:159 or resseq 281:353 or resseq 752:1021 ) or chain B and resseq 19:62 or chain G
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and (resseq 63:299 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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