PDB-4xdi: Structure of Chlamydomonas reinhardtii THB1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xdi

タイトル

Structure of Chlamydomonas reinhardtii THB1

要素

Chlamydomonas reinhardtii THB1

キーワード

Heme Binding Protein / Group 1 truncated hemoglobin / TrHbN / TrHb1

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / oxygen binding / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.893 Å

データ登録者

Rice, S.L. / Boucher, L.E. / Schlessman, J.L. / Bosch, J. / Lecomte, J.T.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of Chlamydomonas reinhardtii THB1, a group 1 truncated hemoglobin with a rare histidine-lysine heme ligation.
著者: Rice, S.L. / Boucher, L.E. / Schlessman, J.L. / Preimesberger, M.R. / Bosch, J. / Lecomte, J.T.

履歴

登録	2014年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月20日	Group: Data collection
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.4	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xdi.cif.gz	119.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xdi.ent.gz	93.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xdi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xdi_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xdi_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4xdi_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	4xdi_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/4xdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/4xdi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lax-d 2pma-1 3lgl-d 3mxu-d 2wob-2 6o56-2 2wdb-4 2iay-d 3obs-d 1r3m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (4) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (4)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chlamydomonas reinhardtii THB1

B: Chlamydomonas reinhardtii THB1

ヘテロ分子

30.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chlamydomonas reinhardtii THB1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chlamydomonas reinhardtii THB1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.513, 144.513, 79.913
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-314- HOH

#1: タンパク質	Chlamydomonas reinhardtii THB1 / Putative truncated hemoglobin / Truncated hemoglobin 1 分子量: 14583.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: THB1, CHLREDRAFT_81856 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8JAR4
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	4.13	70.21
2

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 20% glycerol, 0.1 M glycine

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	110	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25		1	1.1
SEALED TUBE			OTHER	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
PSI PILATUS 6M	1	PIXEL	2014年8月15日
AGILENT ATLAS CCD	2	CCD	2014年8月15日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	1.5418	1

反射

解像度: 1.893→47.3 Å / Num. obs: 39522 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.0816 / Net I/σ(I): 13.81

反射シェル

解像度: 1.893→1.961 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / % possible all: 98.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データスケーリング
SHELX		位相決定
SHELXDE		位相決定
CrysalisPro		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.893→47.3 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2175	1993	5.05 %	Random selection
R_work	0.1869	-	-	-
obs	0.1884	39472	99.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.893→47.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1931	0	86	209	2226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2075
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.118	2825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.749	741
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	367

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.893-1.9404	0.3857	125	0.3782	2608	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9404-1.9929	0.3937	171	0.3357	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9929-2.0516	0.3409	132	0.317	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0516-2.1178	0.3319	145	0.2803	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1178-2.1935	0.2888	158	0.2213	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1935-2.2813	0.2436	136	0.2032	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2813-2.3851	0.2315	134	0.1911	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3851-2.5108	0.1805	127	0.1866	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5108-2.6681	0.2315	160	0.1987	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6681-2.8741	0.2273	124	0.1924	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8741-3.1633	0.2396	144	0.2053	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1633-3.6209	0.2215	162	0.184	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6209-4.5614	0.187	148	0.1481	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5614-47.3177	0.1644	127	0.162	2941	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8668	0.2876	1.0531	4.7519	-1.4166	6.4797	0.0599	0.515	-0.3483	-0.5238	0.1679	0.7629	0.3463	-0.1534	-0.1274	0.3582	-0.0085	-0.0576	0.2606	0.1148	0.4901	-34.661	52.4021	6.8414
2	6.0843	0.3461	2.7131	5.3408	-0.0866	1.3799	0.0368	0.4879	-0.1337	-0.5021	0.0692	0.3021	0.2196	0.3155	-0.0914	0.3432	-0.0191	-0.0195	0.3847	0.076	0.1921	-22.0327	49.2119	7.9201
3	5.1905	2.6406	6.4876	7.5932	2.7878	8.0585	0.2878	0.2588	-0.187	-0.3246	0.0148	0.423	0.6278	0.4659	-0.4442	0.3726	0.0076	0.0282	0.3022	0.022	0.2837	-21.5008	40.1092	13.4006
4	4.8653	-5.5621	5.9325	7.1704	-6.273	7.6663	-0.3994	-0.5145	0.0834	0.4152	0.4215	0.38	-0.4086	-0.1182	-0.0345	0.3025	-0.0047	0.082	0.3591	0.0656	0.3674	-29.2863	55.7778	17.9519
5	2.3436	-2.0522	0.7511	7.7523	1.2176	0.9774	-0.1956	-0.3375	-0.5881	0.4775	0.3902	0.9409	0.0216	-0.1506	-0.1825	0.3829	-0.0212	0.1333	0.4534	0.2394	0.5015	-32.6054	45.6706	20.4245
6	6.3915	-5.3929	3.4431	8.0121	-1.8519	5.4659	-0.2229	0.5144	0.6493	-1.0256	0.3893	0.245	-0.6364	-0.1313	-0.0979	0.6286	-0.1162	-0.011	0.5713	0.2254	0.5167	-2.4198	62.8465	3.8578
7	7.0659	0.4502	1.2206	3.376	-0.312	2.9923	-0.0164	1.0377	0.1451	-0.7948	0.1652	-0.3827	0.0931	0.4103	-0.2012	0.4549	-0.0644	0.1253	0.5563	0.0208	0.3744	4.7269	52.151	1.6398
8	6.2123	0.6298	0.9187	6.7001	0.0991	3.1086	-0.1214	0.5148	-0.0103	-0.4063	0.2069	-0.2016	0.0944	0.1154	-0.0866	0.2603	-0.0476	0.0579	0.3886	0.0312	0.2072	-0.3366	52.0911	10.9649

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 6 through 34 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 35 through 62 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 63 through 128 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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