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- PDB-4xcv: Probable 2-hydroxyacid dehydrogenase from Rhizobium etli CFN 42 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xcv
タイトルProbable 2-hydroxyacid dehydrogenase from Rhizobium etli CFN 42 in complex with NADPH
要素NADP-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / 2-hydroxyacid dehydrogenase / NADP / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Probable hydroxyacid dehydrogenase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Langner, K.M. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Stead, M. / Hillerich, B.S. / Chowdhury, S. / Hammonds, J. / Zimmerman, M.D. / Al Obadi, N. ...Langner, K.M. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Stead, M. / Hillerich, B.S. / Chowdhury, S. / Hammonds, J. / Zimmerman, M.D. / Al Obadi, N. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of 2-hydroxyacid dehydrogenase from Rhizobium etli CFN 42 in complex with NADPH
著者: Langner, K.M. / Shabalin, I.G. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O.A. / Zimmerman, M.D. / Minor, W.
履歴
登録2014年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4074
ポリマ-35,5201
非ポリマー8873
8,755486
1
A: NADP-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADP-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8138
ポリマ-71,0392
非ポリマー1,7746
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.663, 65.663, 151.458
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-648-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 NADP-dependent 2-hydroxyacid dehydrogenase


分子量: 35519.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (根粒菌)
: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: RHE_CH00179 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q2KDT2
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP 10 mM NADP and 10 mM glycolic acid were mixed with 0.2 ul of the MCSG-I condition ...詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP 10 mM NADP and 10 mM glycolic acid were mixed with 0.2 ul of the MCSG-I condition #45 (0.2 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris:HCl pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization the protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml TEV solution at 289 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月23日
放射モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 62557 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.072 / Rsym value: 0.067 / Χ2: 1.346 / Net I/av σ(I): 30.92 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 426874
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.426.40.9142.128910.7770.3610.9860.79289
1.42-1.456.80.8129230.7940.3110.8710.83390.3
1.45-1.486.70.65229500.8790.2480.70.88591.8
1.48-1.516.60.54829740.9010.2110.5890.85592.2
1.51-1.546.50.45530250.9250.180.4920.99792.7
1.54-1.586.40.38430490.9360.150.4150.87793.8
1.58-1.626.30.31830710.9530.1250.3430.91294.5
1.62-1.666.30.27231080.9650.1080.2940.93195.5
1.66-1.716.20.22631070.9750.090.2440.94296.1
1.71-1.766.20.1931620.9840.0760.2051.00996.2
1.76-1.836.30.15431780.9870.0620.1671.03197
1.83-1.96.30.12131950.9920.0490.1311.14697.6
1.9-1.996.40.10932260.9950.0440.1181.43397.7
1.99-2.096.60.08432090.9960.0340.0911.45897.9
2.09-2.226.80.06732270.9970.0270.0721.44497.6
2.22-2.397.10.06832210.9970.0270.0731.78497.3
2.39-2.637.50.06132440.9970.0230.0661.94396.9
2.63-3.027.90.0532340.9980.0180.0531.98896
3.02-3.88.30.04232250.9980.0150.0452.21894.7
3.8-508.60.03833380.9980.0140.042.12791.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
HKL-3000データスケーリング
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KBO
解像度: 1.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / WRfactor Rfree: 0.1728 / WRfactor Rwork: 0.1448 / FOM work R set: 0.8842 / SU B: 1.756 / SU ML: 0.037 / SU R Cruickshank DPI: 0.0559 / SU Rfree: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1775 3104 5 %RANDOM
Rwork0.1493 59503 --
obs0.1507 59503 94.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.9 Å2 / Biso mean: 20.534 Å2 / Biso min: 7.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.4 Å2-0 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2473 0 55 499 3027
Biso mean--11.71 33.9 -
残基数----317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192699
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7481.993679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0736012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4145338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15923.178129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.63315464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3291528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6990.7721295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6990.7721294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1061.1591623
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 220 -
Rwork0.238 3989 -
all-4209 -
obs--87.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9535.22132.568616.16448.500111.0005-0.09430.2132-0.1167-0.12320.1843-0.15770.1018-0.1383-0.090.0387-0.01120.03280.11820.01880.060318.380.48118.959
22.74910.05340.63035.5278-0.97911.64960.1499-0.1059-0.2629-0.1871-0.1030.17060.38670.0036-0.0470.1215-0.02590.00080.0939-0.01110.083121.541-6.55924.227
34.5515-0.7714-1.69946.70070.23633.5178-0.10920.1914-0.1446-0.05470.07860.35260.1587-0.36470.03060.0502-0.02850.01330.1428-0.00740.08119.063-0.20522.915
42.7338-1.5335-2.23251.87320.45113.55050.10540.5068-0.0455-0.1632-0.13640.2347-0.0327-0.5110.0310.0502-0.0144-0.01220.18750.00470.076316.173.77212.531
52.9629-1.4973-1.64642.7010.68095.28080.29920.7413-0.0925-0.254-0.3980.220.1621-1.08660.09890.13340.0174-0.0210.3765-0.02120.078719.5412.4084.731
60.9906-0.1648-0.01623.04771.04561.8849-0.0251-0.08090.03990.1311-0.02990.03730.0067-0.0510.05510.0339-0.00760.00350.0365-0.01070.049535.443-21.160.563
73.31260.0551-0.78814.0034-0.61731.96610.01220.0572-0.0061-0.07230.02320.23930.1293-0.1343-0.03530.0944-0.03690.00370.0372-0.01730.07133.948-42.869-4.858
80.6276-0.3270.0371.3657-0.45630.9355-0.00960.07650.0791-0.1382-0.0193-0.1250.0117-0.04530.02880.0603-0.00660.01310.04820.00730.075938.838-12.972-11.853
91.0127-0.1092-0.47891.66290.71391.5276-0.02550.1330.0589-0.223-0.02010.1336-0.0804-0.26410.04570.0757-0.0109-0.02390.08080.00250.06824.215-12.908-11.672
105.6735-2.50130.95285.8053-1.13883.32630.09550.4312-0.1108-0.3418-0.125-0.05110.30360.06960.02960.1625-0.02950.01410.0999-0.03980.032432.686-23.654-20.53
110.6709-0.1585-0.23141.59410.68291.4493-0.06870.09370.0087-0.0925-0.04070.18530.0538-0.23470.10930.0539-0.0285-0.00980.0824-0.01640.078321.386-19.082-8.834
121.53120.5944-0.40641.1337-0.19211.1516-0.05360.0729-0.0171-0.12820.00670.1070.0607-0.24030.04690.0565-0.024-0.01120.0981-0.01960.078819.46-25.46-6.439
132.32220.493-0.58764.61992.335.1793-0.0067-0.11210.05290.0775-0.06750.16910.0582-0.11830.07430.01980.00390.0040.0567-0.00640.068225.246-24.6441.151
140.307-0.0724-0.69490.68190.38453.25220.0837-0.02040.0471-0.0722-0.0954-0.02550.02710.0180.01170.0728-0.010.01080.07190.00840.076129.5452.61310.594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2A14 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3A32 - 43
4X-RAY DIFFRACTION4A44 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5A78 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6A94 - 117
7X-RAY DIFFRACTION7A118 - 132
8X-RAY DIFFRACTION8A133 - 194
9X-RAY DIFFRACTION9A195 - 215
10X-RAY DIFFRACTION10A216 - 227
11X-RAY DIFFRACTION11A228 - 246
12X-RAY DIFFRACTION12A247 - 272
13X-RAY DIFFRACTION13A273 - 289
14X-RAY DIFFRACTION14A290 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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