[日本語] English
万見
- PDB-4xcp: Fatty Acid and Retinol binding protein Na-FAR-1 from Necator amer... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xcp
タイトルFatty Acid and Retinol binding protein Na-FAR-1 from Necator americanus
要素Nematode fatty acid retinoid binding protein
キーワードretinol-binding protein / Fatty acid retinol binding
機能・相同性Nematode fatty acid retinoid binding / Nematode fatty acid retinoid binding protein (Gp-FAR-1) / lipid binding / extracellular region / PALMITIC ACID / Fatty-acid and retinol-binding protein 1
機能・相同性情報
生物種Necator americanus (あめりかこうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Rey-Burusco, M.F. / Ibanez-Shimabukuro, M. / Griffiths, K. / Kennedy, M.W. / Corsico, B. / Smith, B.O.
資金援助 英国, アルゼンチン, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust083625 英国
National Research Council of Argentina アルゼンチン
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/G011389/1 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Diversity in the structures and ligand-binding sites of nematode fatty acid and retinol-binding proteins revealed by Na-FAR-1 from Necator americanus.
著者: Rey-Burusco, M.F. / Ibanez-Shimabukuro, M. / Gabrielsen, M. / Franchini, G.R. / Roe, A.J. / Griffiths, K. / Zhan, B. / Cooper, A. / Kennedy, M.W. / Corsico, B. / Smith, B.O.
履歴
登録2014年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02024年10月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nematode fatty acid retinoid binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5513
ポリマ－19,0381
非ポリマー5132
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area8530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.123, 121.123, 121.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-431-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nematode fatty acid retinoid binding protein


分子量: 19038.008 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-175 / 変異: M1MSE, M15MSE, M70MSE, M115MSE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Necator americanus (あめりかこうちゅう)
遺伝子: NECAME_14208 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: W2SRJ3
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.53 % / 解説: Cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 38 % PEG 300, 100 mM phosphate citrate pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→29.38 Å / Num. all: 17353 / Num. obs: 17353 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 28.9 % / Biso Wilson estimate: 30.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 2.14→2.27 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.785 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14→29.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9252 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9201 / SU R Cruickshank DPI: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2223 877 5.06 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.2039 17346 99.91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.273 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→29.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1213 0 36 136 1385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011302HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.931765HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d481SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes30HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes178HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1302HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion155SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1631SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.27 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 155 5.72 %
Rwork0.1861 2553 -
all0.1898 2708 -
obs--99.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.7537 Å / Origin y: 30.7686 Å / Origin z: 11.0724 Å
111213212223313233
T-0.0502 Å20.0237 Å20.0188 Å2-0.0244 Å20.0215 Å2---0.0589 Å2
L0.864 °2-0.1051 °2-0.816 °2-0.5911 °20.0762 °2--1.1149 °2
S-0.0605 Å °-0.0178 Å °-0.0247 Å °-0.0181 Å °0.0712 Å °-0.02 Å °0.007 Å °0.1787 Å °-0.0107 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る