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- PDB-4xbm: X-ray crystal structure of Notch ligand Delta-like 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xbm
タイトルX-ray crystal structure of Notch ligand Delta-like 1
要素Delta-like protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / ectodomain EGF-like repeat Ligand C2 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar molecular layer formation / regulation of skeletal muscle tissue growth / Notch signaling pathway involved in arterial endothelial cell fate commitment / negative regulation of epidermal cell differentiation / proximal tubule development / regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of hemocyte differentiation / somite specification / lateral inhibition / loop of Henle development ...cerebellar molecular layer formation / regulation of skeletal muscle tissue growth / Notch signaling pathway involved in arterial endothelial cell fate commitment / negative regulation of epidermal cell differentiation / proximal tubule development / regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of hemocyte differentiation / somite specification / lateral inhibition / loop of Henle development / retina morphogenesis in camera-type eye / skin epidermis development / endothelial tip cell fate specification / nephron development / marginal zone B cell differentiation / cerebellar Purkinje cell layer structural organization / skeletal muscle tissue growth / Nephron development / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / regulation of somitogenesis / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / compartment pattern specification / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / neuron fate specification / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / left/right axis specification / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of myeloid cell differentiation / proximal/distal pattern formation / negative regulation of glial cell apoptotic process / inner ear auditory receptor cell differentiation / neuroepithelial cell differentiation / type B pancreatic cell development / neuronal stem cell population maintenance / astrocyte development / Tat protein binding / myeloid cell differentiation / clathrin-dependent endocytosis / cell fate determination / negative regulation of myoblast differentiation / regulation of growth / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / determination of left/right symmetry / Notch binding / organ growth / Somitogenesis / negative regulation of epithelial cell differentiation / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of Notch signaling pathway / spinal cord development / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of sprouting angiogenesis / heart looping / positive regulation of endocytosis / hemopoiesis / regulation of cell division / regulation of neurogenesis / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of neuron differentiation / somitogenesis / regulation of cell adhesion / energy homeostasis / Notch signaling pathway / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / adherens junction / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of blood pressure / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / retina development in camera-type eye / cytoplasmic vesicle / scaffold protein binding / cell differentiation / apical plasma membrane / receptor ligand activity / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Laminin - #140 / Immunoglobulin-like - #3510 / : / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / Delta-like/Jagged, EGF-like domain ...Laminin - #140 / Immunoglobulin-like - #3510 / : / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / Delta-like/Jagged, EGF-like domain / Human growth factor-like EGF / Laminin / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Delta-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kershaw, N.J. / Burgess, A.W. / Church, N.L. / Luo, C.S. / Adam, T.E.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)487922 オーストラリア
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Notch ligand delta-like1: X-ray crystal structure and binding affinity.
著者: Kershaw, N.J. / Church, N.L. / Griffin, M.D. / Luo, C.S. / Adams, T.E. / Burgess, A.W.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22015年5月27日Group: Data collection / Structure summary
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-like protein 1
B: Delta-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0263
ポリマ－114,8622
非ポリマー1641
水00
1
A: Delta-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4311
ポリマ－57,4311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Delta-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5952
ポリマ－57,4311
非ポリマー1641
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.150, 118.870, 134.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Delta-like protein 1 / Drosophila Delta homolog 1 / H-Delta-1


分子量: 57430.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLL1, UNQ146/PRO172 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00548
#2: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.4M potassium thiocyanate 16% PEG3350 0.1M Bis-tris propane pH 7.5 5mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→67.4 Å / Num. obs: 29271 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Net I/σ(I): 6.27
反射 シェル解像度: 3.2→3.314 Å

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CBZ

4cbz


解像度: 3.2→67.3 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 1997 6.83 %
Rwork0.2584 --
obs0.2601 29260 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→67.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4987 0 10 0 4997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9286964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7281857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007929
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.31440.37711960.36672675X-RAY DIFFRACTION100
3.3144-3.44710.39541950.34372673X-RAY DIFFRACTION100
3.4471-3.6040.3421990.32072706X-RAY DIFFRACTION100
3.604-3.7940.30561960.2892675X-RAY DIFFRACTION100
3.794-4.03160.30041980.27132725X-RAY DIFFRACTION100
4.0316-4.34290.27961980.24222710X-RAY DIFFRACTION100
4.3429-4.77980.23951990.20852708X-RAY DIFFRACTION100
4.7798-5.47120.22722010.20312736X-RAY DIFFRACTION100
5.4712-6.8920.25772020.24842774X-RAY DIFFRACTION100
6.892-67.30.28852130.26152881X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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