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- PDB-4xbf: Structure of LSD1:CoREST in complex with ssRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xbf
タイトルStructure of LSD1:CoREST in complex with ssRNA
要素
  • Lysine-specific histone demethylase 1A
  • REST corepressor 1
  • RNA (5'-R(*UP*UP*AP*GP*G)-3')
キーワードOxidoreductase/Transcription/RNA / LSD1 / lysine specific demethylase / demethylase / demethylation / RNA / CoREST / REST Co-repressor 1 / amine oxidase / coiled-coil / SWIRM / chromatin remodelling enzyme / epigenetics / histone modifying enzyme / non-coding RNA / ncRNA / KDM1A / Oxidoreductase-Transcription-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation ...positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / MRF binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA repair complex / negative regulation of DNA binding / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase complex / histone demethylase activity / positive regulation of cell size / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to cAMP / transcription repressor complex / negative regulation of protein binding / erythrocyte differentiation / epigenetic regulation of gene expression / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / HDACs deacetylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / transcription corepressor activity / cellular response to UV / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of protein localization / chromatin organization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / SANT domain profile. / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / RNA / Lysine-specific histone demethylase 1A / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Luka, Z. / Loukachevitch, L.V. / Martin, W.J. / Wagner, C. / Reiter, N.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Cancer SocietyIRG-58-009-54 米国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2016
タイトル: G-quadruplex RNA binding and recognition by the lysine-specific histone demethylase-1 enzyme.
著者: Hirschi, A. / Martin, W.J. / Luka, Z. / Loukachevitch, L.V. / Reiter, N.J.
履歴
登録2014年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Data collection / Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
D: RNA (5'-R(*UP*UP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,38910
ポリマ－91,0313
非ポリマー1,3587
水41423
1
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
D: RNA (5'-R(*UP*UP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
D: RNA (5'-R(*UP*UP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
D: RNA (5'-R(*UP*UP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
D: RNA (5'-R(*UP*UP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,55740
ポリマ－364,12512
非ポリマー5,43228
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_865-x+3,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_855-x+3,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area42310 Å2
ΔGint-539 kcal/mol
Surface area145990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.073, 178.411, 234.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2


分子量: 74126.781 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 171-836 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: recombinant plasmid (residues 171-852) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / プラスミド: pGEX-6P1
詳細 (発現宿主): MJ23, N-terminal 6X HIS-tag expression vector
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 REST corepressor 1 / Protein CoREST


分子量: 15317.435 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 308-440 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: amino acids residues 286-482, gift from Dr. Phillip Cole.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCOR1, KIAA0071, RCOR / プラスミド: Pet28 / 詳細 (発現宿主): MJ65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: Q9UKL0

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 D

#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*AP*GP*G)-3')


分子量: 1586.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 30分子

#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶溶媒含有率: 80 % / 解説: orthorhombic I222 space group
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: The LSD1-CoREST complex 10-12 mg/ml concentration (in 25 mM HEPES-Na, pH 7.4, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 1 mM PMSF) was mixed (1:1) with the reservoir solution [0.60 M Li2SO4, 0.63 M (NH4)2SO4, 0. ...詳細: The LSD1-CoREST complex 10-12 mg/ml concentration (in 25 mM HEPES-Na, pH 7.4, 100 mM NaCl, 5 mM DTT, 1 mM PMSF) was mixed (1:1) with the reservoir solution [0.60 M Li2SO4, 0.63 M (NH4)2SO4, 0.25 M NaCl, 100 mM Na-citrate, pH 5.6, 10 mM DTT]
PH範囲: 5.6-6.4 / Temp details: room temp

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月13日
詳細: 12.7 KeV energy range, focused beam size: 50uM x 50uM
放射モノクロメーター: Diamond (C111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.803→49.018 Å / Num. all: 62563 / Num. obs: 62270 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.6 % / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.803→2.8732 Å / 冗長度: 12.5 % / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
HKL-2000Version v706データ削減
CootVersion 0.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IW5

2iw5


解像度: 2.803→49.018 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 2000 3.21 %
Rwork0.2011 --
obs0.202 62268 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.803→49.018 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6293 86 84 23 6486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7438974
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9662472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271004
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041138
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.803-2.87320.32551360.28944073X-RAY DIFFRACTION96
2.8732-2.95090.32611410.27494277X-RAY DIFFRACTION99
2.9509-3.03770.28591410.2754255X-RAY DIFFRACTION100
3.0377-3.13580.30691420.2634279X-RAY DIFFRACTION100
3.1358-3.24780.27321420.25234294X-RAY DIFFRACTION100
3.2478-3.37780.25061430.23964291X-RAY DIFFRACTION100
3.3778-3.53150.22011420.22234284X-RAY DIFFRACTION100
3.5315-3.71760.24561430.21434318X-RAY DIFFRACTION100
3.7176-3.95050.25221420.19524278X-RAY DIFFRACTION100
3.9505-4.25530.24241440.17484330X-RAY DIFFRACTION100
4.2553-4.68320.16331440.15774359X-RAY DIFFRACTION100
4.6832-5.36020.17371430.16534328X-RAY DIFFRACTION100
5.3602-6.75050.23631470.19274398X-RAY DIFFRACTION100
6.7505-49.02530.18291500.17554504X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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