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- PDB-4xav: Crystal structure of olfactomedin domain from gliomedin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xav
タイトルCrystal structure of olfactomedin domain from gliomedin
要素Gliomedin
キーワードCELL ADHESION / beta propeller / 5 bladed propeller / olfactomedin
機能・相同性
機能・相同性情報


clustering of voltage-gated sodium channels / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / microvillus organization / collagen trimer / membrane => GO:0016020 / axon / cell surface / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gliomedin / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain profile. / Olfactomedin-like domains / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies)
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Gliomedin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Hill, S.E. / Nguyen, E. / Lieberman, R.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI) 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Molecular Details of Olfactomedin Domains Provide Pathway to Structure-Function Studies.
著者: Hill, S.E. / Donegan, R.K. / Nguyen, E. / Desai, T.M. / Lieberman, R.L.
履歴
登録2014年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gliomedin
B: Gliomedin
C: Gliomedin
D: Gliomedin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,76319
ポリマ－123,6354
非ポリマー1,12815
水14,448802
1
A: Gliomedin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2145
ポリマ－30,9091
非ポリマー3054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Gliomedin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1164
ポリマ－30,9091
非ポリマー2073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Gliomedin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1224
ポリマ－30,9091
非ポリマー2133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Gliomedin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3126
ポリマ－30,9091
非ポリマー4035
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.164, 140.643, 78.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Gliomedin / Cancer-related gene liver 2 protein / CRG-L2


分子量: 30908.846 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 279-549 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gldn, Crgl2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BMF8
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.96 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: phosphate citrate pH 5.5 PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→44.65 Å / Num. obs: 59953 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 9.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.052→44.646 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2137 1998 3.34 %
Rwork0.1662 --
obs0.1678 59848 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.052→44.646 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7900 0 62 802 8764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92411039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0742890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.052-2.10310.23431380.17173920X-RAY DIFFRACTION94
2.1031-2.15990.26851440.18194082X-RAY DIFFRACTION97
2.1599-2.22350.23151390.18274120X-RAY DIFFRACTION98
2.2235-2.29520.25311380.18034106X-RAY DIFFRACTION98
2.2952-2.37730.23121480.17834184X-RAY DIFFRACTION98
2.3773-2.47240.24221410.18514135X-RAY DIFFRACTION98
2.4724-2.58490.27781450.18354090X-RAY DIFFRACTION98
2.5849-2.72120.2741390.18594136X-RAY DIFFRACTION98
2.7212-2.89170.23351430.18534150X-RAY DIFFRACTION99
2.8917-3.11490.24551480.18374154X-RAY DIFFRACTION99
3.1149-3.42830.18911440.15584188X-RAY DIFFRACTION99
3.4283-3.92410.1841430.1464203X-RAY DIFFRACTION99
3.9241-4.94290.14461470.13144186X-RAY DIFFRACTION99
4.9429-44.65610.20291410.17514196X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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