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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xav | ||||||
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タイトル | Crystal structure of olfactomedin domain from gliomedin | ||||||
![]() | Gliomedin | ||||||
![]() | CELL ADHESION / beta propeller / 5 bladed propeller / olfactomedin | ||||||
機能・相同性 | ![]() clustering of voltage-gated sodium channels / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / microvillus organization / collagen trimer / membrane => GO:0016020 / axon / cell surface / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hill, S.E. / Nguyen, E. / Lieberman, R.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular Details of Olfactomedin Domains Provide Pathway to Structure-Function Studies. 著者: Hill, S.E. / Donegan, R.K. / Nguyen, E. / Desai, T.M. / Lieberman, R.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 227.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30908.846 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 279-549 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.96 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: phosphate citrate pH 5.5 PEG 600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→44.65 Å / Num. obs: 59953 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 9.05 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.052→44.646 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.052→44.646 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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