PDB-4xau: Crystal structure of AtS13 from Actinomadura melliaura

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xau

タイトル

Crystal structure of AtS13 from Actinomadura melliaura

要素

Putative aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / sugar aminotransferase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Actinomadura melliaura (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.0012 Å

データ登録者

Wang, F. / Singh, S. / Xu, W. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of AtmS13, a putative sugar aminotransferase involved in indolocarbazole AT2433 aminopentose biosynthesis.
著者: Singh, S. / Kim, Y. / Wang, F. / Bigelow, L. / Endres, M. / Kharel, M.K. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Joachimiak, A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2014年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.3	2015年8月26日	Group: Data collection
改定 1.4	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xau.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xau.ent.gz	875.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xau.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xau	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zwvC 4rxk PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zas-2 3bn1-1 2vi9-1 4zas-1 4piw-1 3dr7-1 4zah-2 3bn1-2 6ti4-d 2vgs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NatPro-GO.119440

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative aminotransferase

B: Putative aminotransferase

C: Putative aminotransferase

D: Putative aminotransferase

E: Putative aminotransferase

F: Putative aminotransferase

G: Putative aminotransferase

ヘテロ分子

303 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative aminotransferase

B: Putative aminotransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative aminotransferase

E: Putative aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.7 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Putative aminotransferase

F: Putative aminotransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Putative aminotransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	233.149, 233.149, 460.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-402- HOH
2	1	E-406- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLY	GLY	TRP	TRP	chain A	A	A	-2 - 369	18 - 389
2	SER	SER	TRP	TRP	chain B	B	B	-8 - 369	12 - 389
3	PRO	PRO	PLP	PLP	chain C	C	C - H	-4 - 500	16
4	SER	SER	TRP	TRP	chain D	D	D	-8 - 369	12 - 389
5	ARG	ARG	TRP	TRP	chain E	E	E	-3 - 369	17 - 389
6	ARG	ARG	TRP	TRP	chain F	F	F	-3 - 369	17 - 389
7	ARG	ARG	TRP	TRP	chain G	G	G	-3 - 369	17 - 389

#1: タンパク質	Putative aminotransferase 分子量: 43230.875 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomadura melliaura (バクテリア) 遺伝子: atS13 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q0H2X1
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.5 M sodium formate pH 7.0, cryoprotected by adding 20% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月12日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→30 Å / Num. obs: 95972 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 87.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.138 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.146 / R_sym value: 0.146 / Χ²: 0.616 / Net I/av σ(I): 9.9 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 975827

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
3-3.05	9.5	4750	0.483	0.726	0.546	100
3.05-3.11	10	4788	0.617	0.557	0.554	100
3.11-3.17	10.2	4710	0.755	0.461	0.576	100
3.17-3.23	10.3	4785	0.754	0.407	0.573	100
3.23-3.3	10.3	4743	0.861	0.305	0.579	100	0.932	0.981
3.3-3.38	10.3	4778	0.906	0.235	0.607	100	0.718	0.756
3.38-3.46	10.3	4779	0.933	0.199	0.614	100	0.607	0.639
3.46-3.56	10.3	4738	0.953	0.153	0.625	100	0.467	0.492
3.56-3.66	10.3	4800	0.973	0.117	0.643	100	0.358	0.377
3.66-3.78	10.3	4773	0.986	0.087	0.667	100	0.265	0.279
3.78-3.91	10.3	4791	0.988	0.072	0.681	100	0.219	0.231
3.91-4.07	10.3	4757	0.992	0.056	0.667	100	0.172	0.181
4.07-4.25	10.3	4800	0.995	0.047	0.673	100	0.142	0.149
4.25-4.48	10.2	4792	0.995	0.042	0.677	100	0.127	0.134
4.48-4.76	10.2	4805	0.994	0.04	0.689	100	0.121	0.127
4.76-5.12	10.2	4807	0.993	0.041	0.737	100	0.126	0.132
5.12-5.64	10.2	4829	0.992	0.044	0.744	100	0.134	0.141
5.64-6.44	10.2	4855	0.994	0.039	0.592	100	0.118	0.124
6.44-8.09	10.1	4885	0.997	0.025	0.412	100	0.075	0.079
8.09-30	9.8	5007	0.994	0.022	0.457	99.9	0.066	0.07

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RXK

4rxk
PDB 未公開エントリ

解像度: 3.0012→29.953 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2201	1999	2.08 %	Random selection
R_work	0.1873	93913	-	-
obs	0.188	95912	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 279.35 Å² / B_iso mean: 109.5 Å² / B_iso min: 30.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.0012→29.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20446	0	16	252	20714
B_iso mean	-	-	73.16	84.05	-
残基数	-	-	-	-	2621

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	20938
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.197	28474
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	3137
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3728
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.888	7581

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	12468	X-RAY DIFFRACTION	5.248	TORSIONAL
1	2	B	12468	X-RAY DIFFRACTION	5.248	TORSIONAL
1	3	C	12468	X-RAY DIFFRACTION	5.248	TORSIONAL
1	4	D	12468	X-RAY DIFFRACTION	5.248	TORSIONAL
1	5	E	12468	X-RAY DIFFRACTION	5.248	TORSIONAL
1	6	F	12468	X-RAY DIFFRACTION	5.248	TORSIONAL
1	7	G	12468	X-RAY DIFFRACTION	5.248	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.0012-3.0762	0.3206	141	0.3135	6616	6757	99
3.0762-3.1593	0.3148	143	0.2983	6680	6823	100
3.1593-3.2521	0.3177	140	0.2865	6621	6761	100
3.2521-3.357	0.2875	143	0.2562	6667	6810	100
3.357-3.4768	0.2589	141	0.2419	6665	6806	100
3.4768-3.6158	0.2404	142	0.2231	6689	6831	100
3.6158-3.78	0.2295	143	0.2013	6694	6837	100
3.78-3.9789	0.2188	142	0.1762	6663	6805	100
3.9789-4.2275	0.2028	143	0.1632	6709	6852	100
4.2275-4.5529	0.1764	143	0.1546	6729	6872	100
4.5529-5.0092	0.1865	143	0.1558	6705	6848	100
5.0092-5.7296	0.216	143	0.1717	6737	6880	100
5.7296-7.2021	0.2126	145	0.183	6807	6952	100
7.2021-29.9548	0.2073	147	0.1635	6931	7078	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0028	-0.4467	0.2028	1.4439	0.2785	0.795	-0.0484	-0.1292	0.0197	0.3152	0.0475	-0.2899	0.1935	0.3053	-0.0175	0.9834	0.3126	-0.0961	0.8548	-0.0248	0.7525	-6.7107	-70.9013	-68.2104
2	1.8144	0.0402	0.3038	1.2268	-0.1233	1.5461	-0.0885	0.1668	0.5929	0.1027	-0.0167	-0.163	-0.2003	0.2127	0.0948	0.8905	0.2137	-0.0396	0.72	0.0541	0.9285	-25.1878	-46.3054	-82.1924
3	1.0168	-0.2212	0.1291	1.5938	0.2627	1.8099	0.1028	0.0738	0.2332	-0.1092	-0.141	-0.0592	-0.3835	0.4498	0.0361	1.1985	-0.079	0.1395	0.923	0.006	0.6803	-34.8286	-45.9377	-21.8851
4	2.3077	-0.3304	-0.5525	0.9591	0.0858	1.5145	-0.5608	0.2777	-1.5444	-0.2033	-0.016	-0.3605	0.7206	0.0543	0.5495	1.4077	-0.2752	0.6951	1.13	-0.2398	1.8305	5.1807	-92.6542	3.1329
5	1.2154	0.4915	0.0856	1.2881	0.6981	2.9124	0.0079	-0.1024	-0.3621	0.3285	-0.1233	0.0335	1.0012	0.4871	0.0987	1.4828	0.1818	0.1487	0.8477	0.0188	0.7416	-39.1176	-79.0943	-27.0969
6	2.4839	0.7642	-0.0996	1.4436	-0.0152	1.316	-0.4872	0.963	-0.5678	-0.5198	0.055	-0.2719	0.2391	0.0415	0.4049	1.2776	-0.3701	0.4878	1.587	-0.2584	1.2843	20.8432	-72.2266	-18.8923
7	0.2806	-0.5824	0.0093	0.5439	-0.37	1.0779	-0.6773	-0.5107	2.3192	0.7104	0.0585	-1.4286	-0.5678	0.2229	0.529	1.2662	0.2056	-0.7134	1.4205	-0.3034	3.2443	54.4692	-61.5864	-63.5579

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid -2 through 369)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid -8 through 369)	B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid -4 through 500)	C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid -8 through 369)	D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid -3 through 369)	E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid -3 through 369)	F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid -3 through 369)	G

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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