PDB-4xap: Crystal structure of aldo-keto reductase from Sinorhizobium melil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xap

タイトル

Crystal structure of aldo-keto reductase from Sinorhizobium meliloti 1021

要素

Aldo-keto reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / aldo-keto reductase / NADP-binding / NYSGRC

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of aldo-keto reductase from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

履歴

登録	2014年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年10月14日	Group: Data collection
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xap.cif.gz	123 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xap.ent.gz	93.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xap_validation.pdf.gz	418.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xap_full_validation.pdf.gz	419.1 KB	表示
XML形式データ	4xap_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	4xap_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pmjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3t0i-1 4j24-3 4pmj-d 4s15-1 5q16-1 5q1h-2 2eyu-1 6cng-1 3qav-d 5iaw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-012048

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Aldo-keto reductase

30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.533, 78.068, 79.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Aldo-keto reductase 分子量: 30844.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌) 株: 1021 / 遺伝子: R02112, SMc01429 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL 参照: UniProt: Q92NR7, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Aldo-keto reductase

分子量: 30844.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌)
株: 1021 / 遺伝子: R02112, SMc01429 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q92NR7, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the PEG/Ion HT condition #70 (0.2M Ammonium Citrate ...詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the PEG/Ion HT condition #70 (0.2M Ammonium Citrate Tribasic anhydrous, 20% w/v PEG 3350 pH=7) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 1 mg/ml TEV solution at 289 K for 1 hour

結晶

マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.37 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the PEG/Ion HT condition #70 (0.2M Ammonium Citrate ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 14216 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.08 / R_sym value: 0.072 / Χ²: 0.883 / Net I/av σ(I): 20.282 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 65764

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	4.5	0.692	2.1	694	0.805	0.327	0.768	0.717	98.7
2.24-2.28	4.6	0.595		680	0.853	0.285	0.662	0.783	98.3
2.28-2.32	4.6	0.479		714	0.88	0.227	0.532	0.722	98.6
2.32-2.37	4.6	0.387		676	0.901	0.184	0.43	0.741	97.5
2.37-2.42	4.6	0.379		682	0.887	0.181	0.421	0.77	98
2.42-2.48	4.7	0.354		709	0.926	0.17	0.394	0.788	98.6
2.48-2.54	4.7	0.309		689	0.936	0.147	0.343	0.763	98.9
2.54-2.61	4.6	0.257		702	0.961	0.123	0.286	0.81	98.3
2.61-2.69	4.7	0.208		688	0.969	0.1	0.232	0.837	97.9
2.69-2.77	4.7	0.175		713	0.981	0.085	0.195	0.805	97.8
2.77-2.87	4.7	0.148		691	0.983	0.071	0.164	0.886	98.6
2.87-2.99	4.7	0.128		709	0.985	0.062	0.143	0.95	98.2
2.99-3.12	4.7	0.094		703	0.994	0.046	0.105	0.895	99.2
3.12-3.29	4.7	0.075		719	0.995	0.037	0.084	0.92	99.9
3.29-3.49	4.7	0.059		721	0.997	0.029	0.066	0.979	100
3.49-3.76	4.7	0.048		730	0.998	0.024	0.054	1.071	100
3.76-4.14	4.6	0.04		726	0.998	0.02	0.045	1.048	100
4.14-4.74	4.6	0.033		737	0.998	0.017	0.038	1.04	100
4.74-5.97	4.5	0.031		758	0.999	0.015	0.034	0.799	100
5.97-50	4.3	0.037		775	0.998	0.019	0.042	1.308	95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BLU-MAX		データ収集
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0049	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PMJ

4pmj

解像度: 2.21→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.2053 / WR_factor R_work: 0.146 / FOM work R set: 0.8229 / SU B: 13.137 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.2534 / SU R_free: 0.2067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2246	770	5.4 %	RANDOM
R_work	0.1599	13410	-	-
obs	0.1634	13410	98.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.16 Å² / B_iso mean: 42.116 Å² / B_iso min: 22.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.41 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.12 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.21→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2119	0	0	103	2222
B_iso mean	-	-	-	44.37	-
残基数	-	-	-	-	281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.72	1.97	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.855	3	4744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.894	5	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.377	23.404	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.546	15	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.444	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.507	2.358	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.503	2.357	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.195	3.531	1402

LS精密化シェル

解像度: 2.207→2.264 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	45	-
R_work	0.246	925	-
all	-	970	-
obs	-	-	92.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	24.3256	30.172	10.0993	37.553	12.5761	4.2391	-1.3504	1.4046	-1.6033	-1.9509	1.9637	-2.0498	-0.6996	0.6316	-0.6133	0.8383	-0.3727	0.0996	0.57	-0.3064	0.3249	-3.18	14.912	13.562
2	1.7728	-1.9219	1.6719	4.3106	-2.5883	3.6493	0.1048	-0.0091	-0.1166	0.0852	-0.0224	0.0505	-0.0587	0.095	-0.0823	0.1275	0.0084	-0.0076	0.1872	-0.0151	0.1157	-7.405	-2.442	9.308
3	0.3066	-0.3632	-0.5472	1.0586	0.694	2.0406	0.0537	-0.1191	0.0269	0.0995	-0.0918	0.0352	0.0105	0.0076	0.0382	0.2144	-0.0266	-0.0011	0.2139	-0.0308	0.0941	-7.273	-2.89	16.894
4	3.6612	-1.2819	-1.2548	2.5837	0.9025	4.129	0.1458	-0.4132	0.1108	0.3132	0.0441	-0.1756	0.209	0.2253	-0.1898	0.2076	-0.0629	0.0117	0.1923	0.0145	0.0702	-11.949	-10.052	16.661
5	2.2999	1.6009	-0.2725	3.9448	1.7858	2.016	0.0194	-0.0166	-0.0309	0.1394	0.0488	0.1981	0.0814	-0.0841	-0.0682	0.1515	0.0051	-0.0044	0.1751	0.0497	0.1028	-16.078	-12.936	4.667
6	0.8714	0.0123	-0.3858	1.4648	1.0755	2.3929	0.0055	0.0054	-0.1974	-0.028	-0.0734	0.3015	-0.0042	-0.0918	0.068	0.1524	-0.0112	-0.004	0.1844	0.0054	0.1515	-15.566	-13.641	4.157
7	1.8228	0.3217	-0.0679	1.0338	-0.2099	0.1626	-0.0064	0.0314	-0.0131	-0.1446	0.0188	0.0481	0.046	0.0284	-0.0123	0.1581	0.0135	-0.0086	0.2074	-0.0035	0.0772	-10.853	-6.872	-5.884
8	2.6695	0.0437	1.4045	1.0613	-0.1803	1.1897	0.0661	-0.0131	-0.0099	-0.021	-0.0557	-0.1735	-0.0204	0.1058	-0.0104	0.1465	-0.0053	0.0059	0.201	0.0125	0.121	4.725	2.583	3.859
9	2.8294	1.1034	-4.5522	7.978	-6.325	10.0825	-0.0159	-0.2694	0.0284	0.2513	-0.1207	-0.2466	-0.0962	0.4511	0.1366	0.1892	-0.0289	-0.0216	0.2121	-0.037	0.1346	1.662	5.92	15.881
10	1.1287	0.6019	1.7961	7.5225	3.0147	5.4425	-0.0778	0.1836	0.1268	-0.4229	0.0669	-0.2375	-0.5058	0.4278	0.0109	0.1182	-0.0589	0.0609	0.2346	0.0638	0.2205	12.567	10.139	-1.906
11	5.3646	1.5229	-5.2177	3.2592	0.4084	6.4182	-0.2564	-0.3432	-0.5167	-0.2153	-0.1206	-0.4244	0.2628	0.384	0.377	0.2141	0.0681	0.0711	0.347	0.0544	0.1866	5.586	-7.616	-9.768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	56 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	75 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	98 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	123 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	184 - 240
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	241 - 255
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	256 - 271
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	272 - 281

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)