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Yorodumi- PDB-4xap: Crystal structure of aldo-keto reductase from Sinorhizobium melil... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xap | ||||||
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Title | Crystal structure of aldo-keto reductase from Sinorhizobium meliloti 1021 | ||||||
Components | Aldo-keto reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / aldo-keto reductase / NADP-binding / NYSGRC | ||||||
Function / homology | Function and homology information Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / oxidoreductase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhizobium meliloti (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.21 Å | ||||||
Authors | Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of aldo-keto reductase from Sinorhizobium meliloti 1021 Authors: Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xap.cif.gz | 123 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xap.ent.gz | 93.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xap.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xap_validation.pdf.gz | 418.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xap_full_validation.pdf.gz | 419.1 KB | Display | |
Data in XML | 4xap_validation.xml.gz | 12.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4xap_validation.cif.gz | 17.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xap | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4pmjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 30844.154 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhizobium meliloti (strain 1021) (bacteria) Strain: 1021 / Gene: R02112, SMc01429 / Plasmid: pSGC-His / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) RIL References: UniProt: Q92NR7, Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the PEG/Ion HT condition #70 (0.2M Ammonium Citrate ...Details: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the PEG/Ion HT condition #70 (0.2M Ammonium Citrate Tribasic anhydrous, 20% w/v PEG 3350 pH=7) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 1 mg/ml TEV solution at 289 K for 1 hour |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.978 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 6, 2014 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 14216 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 37.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.072 / Χ2: 0.883 / Net I/av σ(I): 20.282 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 65764 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4PMJ Resolution: 2.21→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2053 / WRfactor Rwork: 0.146 / FOM work R set: 0.8229 / SU B: 13.137 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.2534 / SU Rfree: 0.2067 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.207 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.16 Å2 / Biso mean: 42.116 Å2 / Biso min: 22.23 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.21→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.207→2.264 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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