PDB-4xaf: Cycles of destabilization and repair underlie evolutionary transi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xaf

タイトル

Cycles of destabilization and repair underlie evolutionary transitions in enzymes

要素

Phosphotriesterase variant PTE-R1

キーワード

HYDROLASE / dynamics / evolution / phosphotriesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Tokuriki, N.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: The role of protein dynamics in the evolution of new enzyme function.
著者: Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Correy, G.J. / Carr, P.D. / Porebski, B.T. / Livingstone, E.K. / Afriat-Jurnou, L. / Buckle, A.M. / Weik, M. / Hollfelder, F. / Tokuriki, N. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2014年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.3	2016年10月26日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xaf.cif.gz	155.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xaf.ent.gz	121.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xaf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xaf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xaf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pbeC 4pbfC 4pcnC 4pcpC 4xagC 4xayC 4xazC 4xd3C 4xd4C 4xd5C 4xd6C 4gy0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xd5-d 2r1n-2 6fev-d 4pcp-d 3urn-d 2r1k-2 3so7-1 6gbj-1 4ker-2 3a3w-1 4ker-1 3oqe-1 6fvp-1 4xd6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase variant PTE-R1

G: Phosphotriesterase variant PTE-R1

ヘテロ分子

72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.687, 85.733, 88.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphotriesterase variant PTE-R1 分子量: 36075.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GZX0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Na-Cacodylate, 30% 2-methyl-2,4-pentanediol / PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.66→35.71 Å / Num. obs: 77440 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.07831 / Net I/σ(I): 17.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GY0

4gy0

解像度: 1.66→35.706 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	3995	5.16 %
R_work	0.1794	-	-
obs	0.1815	77419	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→35.706 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5030	0	30	333	5393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	5548
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.652	7581
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.869	2077
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	879
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	994

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.66-1.6795	0.3092	114	0.2604	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6795-1.7	0.2826	109	0.2492	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.7215	0.3197	125	0.2488	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7215-1.7442	0.2724	144	0.2452	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7442-1.7681	0.2951	119	0.233	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7681-1.7933	0.2934	127	0.2327	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7933-1.8201	0.2612	117	0.2263	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8201-1.8485	0.2412	143	0.2165	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8485-1.8788	0.3212	153	0.2177	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8788-1.9112	0.2591	145	0.2182	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9112-1.946	0.2451	164	0.2319	2504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9834	0.254	146	0.2214	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9834-2.0239	0.2646	119	0.205	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0239-2.0679	0.2779	131	0.205	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0679-2.116	0.2279	153	0.2055	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.116-2.1689	0.2525	184	0.1957	2473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1689-2.2276	0.2357	121	0.1883	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2276-2.2931	0.2541	139	0.1906	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2931-2.3671	0.2437	137	0.1878	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3671-2.4517	0.2261	112	0.1793	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.5498	0.2204	160	0.1809	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5498-2.6658	0.2263	155	0.177	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6658-2.8063	0.1983	153	0.1692	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8063-2.9821	0.2256	119	0.1693	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9821-3.2122	0.1987	191	0.1683	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2122-3.5352	0.198	129	0.1632	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5352-4.0461	0.174	105	0.1438	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0461-5.0953	0.1664	157	0.1375	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0953-35.7146	0.1794	124	0.1615	2753	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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