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万見
- PDB-4x9k: Beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III-2 (FabH2)(C113A) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x9k
タイトルBeta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III-2 (FabH2)(C113A) from Vibrio cholerae
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 2
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / FabH / beta-ketoacyl-(acyl carrier protein) synthase III
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III 2
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Hou, J. / Chruszcz, M. / Zheng, H. / Grabowski, M. / Chordia, M.D. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)HHSN272200700058C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural and enzymatic studies of beta-ketoacyl-(acyl carrier protein) synthase III (FabH) from Vibrio cholerae
著者: Hou, J. / Chruszcz, M. / Zheng, H. / Grabowski, M. / Chordia, M.D. / Anderson, W.F. / Minor, W.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22015年10月14日Group: Data collection
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2534
ポリマ－39,0361
非ポリマー2173
水7,584421
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 2
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5068
ポリマ－78,0722
非ポリマー4346
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.459, 61.521, 69.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-551-

HOH

21A-589-

HOH

31A-609-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer.

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 protein 2 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III protein 2 / Beta-ketoacyl-ACP synthase III 2 / KAS III 2


分子量: 39036.117 Da / 分子数: 1 / 変異: C113A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: fabH2, VC_A0751 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q9KLJ3, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M Sodium malonate pH 7.0,20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月9日 / 詳細: Beyllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5 % / 数: 237520 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.54 / D res high: 1.61 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 47520 / % possible obs: 98.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.375010.041.9235
3.474.3710.042.1225.1
3.033.4710.0522.5485.1
2.753.0310.0592.2795.1
2.562.7510.0642.0095.2
2.42.5610.0731.9795.2
2.282.410.0842.0535.2
2.192.2810.0932.0325.1
2.12.1910.0951.8425.1
2.032.110.1051.5985.2
1.972.0310.1151.3045.1
1.911.9710.1291.215.2
1.861.9110.1551.1155.1
1.811.8610.1711.0275.1
1.771.8110.1990.9475.1
1.731.7710.250.9135.1
1.71.7310.2750.8635
1.671.710.3190.8584.5
1.641.6710.3580.8394.2
1.611.6410.3760.8544
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 47520 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.544 / Net I/av σ(I): 31.122 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 237520
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.61-1.6440.37620770.9050.2050.430.85487.3
1.64-1.674.20.35823860.9120.1880.4060.839100
1.67-1.74.50.31923750.9150.1620.360.858100
1.7-1.7350.27523720.9560.130.3050.86399.9
1.73-1.775.10.2523620.9570.1170.2770.91399.8
1.77-1.815.10.19924050.9770.0930.220.94799.8
1.81-1.865.10.17124030.980.0790.1891.027100
1.86-1.915.10.15523530.9830.0720.1721.11599.7
1.91-1.975.20.12923870.9870.060.1431.2199.6
1.97-2.035.10.11523830.9880.0530.1271.30499.6
2.03-2.15.20.10523890.990.0480.1161.59899.5
2.1-2.195.10.09523830.9910.0450.1051.84299.4
2.19-2.285.10.09323790.990.0440.1032.03298.8
2.28-2.45.20.08423930.9910.0390.0932.05399.3
2.4-2.565.20.07323900.9950.0340.0811.97998.7
2.56-2.755.20.06424030.9950.0290.0712.00998.8
2.75-3.035.10.05923960.9960.0270.0652.27998.3
3.03-3.475.10.05224050.9960.0240.0572.54897.7
3.47-4.375.10.0424080.9980.0190.0452.12296.9
4.37-5050.0424710.9970.020.0451.92394.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WZU

4wzu


解像度: 1.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.396 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1763 2408 5.1 %RANDOM
Rwork0.1517 45088 --
obs0.153 45088 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.1 Å2 / Biso mean: 17.768 Å2 / Biso min: 8.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å2-0 Å20 Å2
2--0.53 Å2-0 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.61→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2685 0 14 424 3123
Biso mean--42.08 29.63 -
残基数----358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.9393811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7936044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3315369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.1224.333120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.28815438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5191516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8871.581461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8861.5781460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3982.3691835
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.656 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 165 -
Rwork0.18 3322 -
all-3487 -
obs--99.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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