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- PDB-4x9j: EGR-1 with Doubly Methylated DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x9j
タイトルEGR-1 with Doubly Methylated DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*GP*GP*GP*(5CM)P*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*CP*AP*(5CM)P*GP*C)-3')
  • Early growth response protein 1
キーワードTranscription Regulator/DNA / DNA Binding / Methylated DNA / ZINC FINGER / TRANSCRIPTION / Transcription Regulator-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein sumoylation / glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process ...regulation of protein sumoylation / glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation / cellular response to interleukin-8 / regulation of progesterone biosynthetic process / cellular response to heparin / cellular response to mycophenolic acid / circadian temperature homeostasis / positive regulation of post-translational protein modification / positive regulation of hormone biosynthetic process / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / NGF-stimulated transcription / interleukin-1-mediated signaling pathway / histone acetyltransferase binding / locomotor rhythm / regulation of neuron apoptotic process / skeletal muscle cell differentiation / T cell differentiation / BMP signaling pathway / response to glucose / estrous cycle / positive regulation of chemokine production / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / circadian regulation of gene expression / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to gamma radiation / response to insulin / positive regulation of miRNA transcription / Interferon alpha/beta signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Early growth response protein 1, C-terminal / Early growth response, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3432) / Early growth response N-terminal domain / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Early growth response protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.412 Å
データ登録者White, M.A. / Zandarashvili, L. / Iwahara, J.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Structural impact of complete CpG methylation within target DNA on specific complex formation of the inducible transcription factor Egr-1.
著者: Zandarashvili, L. / White, M.A. / Esadze, A. / Iwahara, J.
#1: ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: Wilms tumor protein recognizes 5-carboxylcytosine within a specific DNA sequence.
著者: Hashimoto, H. / Olanrewaju, Y.O. / Zheng, Y. / Wilson, G.G. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年7月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Early growth response protein 1
B: DNA (5'-D(*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*GP*GP*GP*(5CM)P*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*CP*AP*(5CM)P*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6846
ポリマ－17,4883
非ポリマー1963
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.009, 55.989, 128.952
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-642-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Early growth response protein 1 / EGR-1 / AT225 / Nerve growth factor-induced protein A / NGFI-A / Transcription factor ETR103 / ...EGR-1 / AT225 / Nerve growth factor-induced protein A / NGFI-A / Transcription factor ETR103 / Transcription factor Zif268 / Zinc finger protein 225 / Zinc finger protein Krox-24


分子量: 10722.302 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 335-423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGR1, KROX24, ZNF225 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18146
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*(5CM)P*GP*TP*GP*GP*GP*(5CM)P*GP*T)-3')


分子量: 3458.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*(5CM)P*GP*CP*CP*CP*AP*(5CM)P*GP*C)-3')


分子量: 3307.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25mM BisTris pH8, 10% PEG-600, 450mM NaCl / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月2日
放射モノクロメーター: Si DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→43 Å / Num. obs: 29071 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 10.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 1.321 / Net I/av σ(I): 30.828 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 447598
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.4-1.425.70.6537430.6710.2920.7190.39246
1.42-1.4560.5228470.7950.2270.5710.41354.4
1.45-1.486.10.4219690.8530.1810.460.4360.5
1.48-1.516.30.33210950.9040.1410.3620.41970.5
1.51-1.546.50.313180.9380.1260.3270.45182.8
1.54-1.5813.515700.5430.4840.47598.6
1.58-1.6215.615780.9010.3590.503100
1.62-1.6615.90.91315690.970.2390.9440.621100
1.66-1.7116.30.61316170.980.1620.6340.868100
1.71-1.76170.53815830.9850.1390.5560.906100
1.76-1.8318.10.45515760.9880.1120.4690.999100
1.83-1.918.30.36316090.9690.0890.3741.094100
1.9-1.9918.30.28715960.9920.070.2951.249100
1.99-2.0918.40.21516030.990.0520.2211.456100
2.09-2.2218.30.17716030.9670.0430.1821.743100
2.22-2.3918.40.14416030.9890.0350.1481.914100
2.39-2.6318.40.12216110.9870.0290.1262.101100
2.63-3.0218.10.1116350.9880.0260.1132.396100
3.02-3.8180.08616490.9880.0220.0892.217100
3.8-4316.70.06116970.9950.0150.0631.49797.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1810)精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDb entry 4R2A

4r2a


解像度: 1.412→27.357 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 3489 7.48 %Random
Rwork0.1717 ---
obs0.1738 46626 78.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.412→27.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数722 449 3 208 1382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3381827
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.003505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.032163
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4119-1.43120.344130.305533X-RAY DIFFRACTION1
1.4312-1.45170.3119170.2704219X-RAY DIFFRACTION10
1.4517-1.47330.2572370.2539464X-RAY DIFFRACTION21
1.4733-1.49630.2765540.2466663X-RAY DIFFRACTION30
1.4963-1.52090.2356660.235816X-RAY DIFFRACTION37
1.5209-1.54710.256840.22561091X-RAY DIFFRACTION50
1.5471-1.57520.23461180.19661457X-RAY DIFFRACTION67
1.5752-1.60550.22351320.19041750X-RAY DIFFRACTION79
1.6055-1.63830.2021630.19211979X-RAY DIFFRACTION90
1.6383-1.67390.22281690.18472094X-RAY DIFFRACTION96
1.6739-1.71280.18081720.18712098X-RAY DIFFRACTION96
1.7128-1.75570.26721710.17492145X-RAY DIFFRACTION98
1.7557-1.80310.19981760.18012191X-RAY DIFFRACTION100
1.8031-1.85620.2311750.17662172X-RAY DIFFRACTION100
1.8562-1.91610.20331820.18242173X-RAY DIFFRACTION100
1.9161-1.98450.21081790.19052206X-RAY DIFFRACTION100
1.9845-2.0640.19081770.17522180X-RAY DIFFRACTION100
2.064-2.15790.20061790.17552175X-RAY DIFFRACTION100
2.1579-2.27160.18611780.16462200X-RAY DIFFRACTION100
2.2716-2.41380.1761770.16262181X-RAY DIFFRACTION100
2.4138-2.60010.21431750.17752183X-RAY DIFFRACTION100
2.6001-2.86150.21991760.18422183X-RAY DIFFRACTION100
2.8615-3.27490.22071810.17562213X-RAY DIFFRACTION100
3.2749-4.12380.17851710.14672145X-RAY DIFFRACTION99
4.1238-27.36240.16431770.14532126X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0059-0.00680.00630.0089-0.00860.0101-0.0244-0.02010.00940.03150.0029-0.00020.03820.0191-0.01070.2102-0.0224-0.03990.1615-0.01930.06616.4181-6.2665-3.4961
20.0011-0.00030.00130.000700.0018-0.0025-0.00240.0014-0.0037-0.01290.0056-0.0044-0.0047-00.2525-0.0512-0.01030.281-0.08270.147-5.528-2.5466-5.0991
30.0003-0.0005-0.00010.00110.00020.0005-0.00980.00660.01080.0104-0.0106-0.0052-0.0156-0.005600.1381-0.0398-0.00640.1949-0.0740.146-15.7982-1.6767-17.0065
40.0018-0.0001-0.00120.0089-0.00220.00290.0134-0.02050.0415-0.0069-0.0562-0.0088-0.0440.0681-0.00970.0907-0.02930.00130.1131-0.00480.0845-9.802-10.5535-24.3116
50.0004-0.0003-00.0009-0.00010.0008-0.00910.0117-0.00490.0114-0.0188-0.011-0.01520.0097-0.00190.0635-0.0113-00.1171-0.00060.073-7.3987-20.704-29.4115
60.0095-0.002-0.00690.0112-0.00020.0062-0.0033-0.0084-0.01050.0046-0.0137-0.00730.01110.01060.00120.05560.00350.03320.09040.0110.08-3.5278-30.2563-27.6462
70.0130.0035-0.00080.0016-0.00140.0018-0.0014-0.01-0.0115-0.0035-0.00560.01960.00370.0003-0.0110.1367-0.1482-0.00150.11640.00470.096-12.0992-17.7784-17.8239
80.000200.00190.0011-0.00180.0060.0079-0.0278-0.0256-0.0108-0.0013-0.02270.0149-0.01110.02540.1461-0.12920.01990.11110.03720.13655.8325-9.5535-16.1096
90.00340.00360.00110.0083-0.00360.0075-0.0112-0.00290.0118-0.003-0.01390.002-0.00860.0056-0.03370.1443-0.12850.00840.101-0.02150.11271.9398-5.6107-21.0824
100.01670.01070.00040.0121-0.00040.00040.002-0.0158-0.00180.0055-0.0056-0.0160.00390.0001-0.00480.1344-0.1056-0.01280.12010.0360.0946-3.4961-20.8602-13.7105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 102:125)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 126:133)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 134:143)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 144:166)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 167:178)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 179:187)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:5)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 6:11)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 51:56)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 57:61)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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