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- PDB-4x8d: Ergothioneine-biosynthetic sulfoxide synthase EgtB in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x8d
タイトルErgothioneine-biosynthetic sulfoxide synthase EgtB in complex with N,N-dimethyl-histidine and gamma-glutamyl-cysteine
要素Sulfoxide synthase EgtB
キーワードOXIDOREDUCTASE / sulfoxide synthase / ergothioneine biosynthesis / C-Lectin / DinB / non-heme Fe(II) enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-glutamyl hercynylcysteine S-oxide synthase / gamma-glutamyl hercynylcysteine sulfoxide synthase activity / monooxygenase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Hercynine oxygenase, Actinobacteria / Ergothioneine biosynthesis protein EgtB / DinB-like domain / DinB superfamily / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / : / Sulfatase-modifying factor enzyme / Sulfatase-modifying factor enzyme 1 / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-GLUTAMYLCYSTEINE / N,N-dimethyl-L-histidine / : / Hercynine oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Vit, A. / Goncharenko, K.V. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation147005 スイス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Structure of the Sulfoxide Synthase EgtB from the Ergothioneine Biosynthetic Pathway.
著者: Goncharenko, K.V. / Vit, A. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P.
履歴
登録2014年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.symmetry
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfoxide synthase EgtB
B: Sulfoxide synthase EgtB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,87030
ポリマ－99,1252
非ポリマー1,74528
水18,2851015
1
A: Sulfoxide synthase EgtB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,55318
ポリマ－49,5631
非ポリマー99017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sulfoxide synthase EgtB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,31712
ポリマ－49,5631
非ポリマー75411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.292, 135.292, 141.293
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

MG

詳細The biological assembly is a monomer. This was confirmed by size exclusion chromatography. The asymmetric unit contains two biological assemblies

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sulfoxide synthase EgtB


分子量: 49562.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The amino acids GH are left overs from an N-terminal TEV protease cleavage site. The other N- and C-terminal residues are not visible in the electron density and have not been built.
由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
遺伝子: KEK_08772 / プラスミド: pET19m / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CFI3

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非ポリマー , 8種, 1043分子

#2: 化合物 ChemComp-3GC / GAMMA-GLUTAMYLCYSTEINE / γ-グルタミルシステイン


分子量: 250.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14N2O5S
#3: 化合物 ChemComp-AVI / N,N-dimethyl-L-histidine / Nα,Nα-ジメチルヒスチジン


分子量: 183.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N3O2
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1015 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris/HCl pH 7-7.5, 6-12% PEG 8000, 0.2 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→47.83 Å / Num. obs: 91436 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 26.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 1216498
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.98-2.0112.71.2672.15679644560.740.368100
10.84-47.8310.90.0436.871586580.9990.01298.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.8データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4x8b

4x8b


解像度: 1.98→47.83 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1727 4413 4.83 %random selection
Rwork0.1505 86936 --
obs0.1516 91349 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.44 Å2 / Biso mean: 36.7373 Å2 / Biso min: 14.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→47.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6710 0 145 1015 7870
Biso mean--31.51 42.99 -
残基数----854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0459726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8132563
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.98-2.00250.25751370.227828292966
2.0025-2.02610.24151350.211128773012
2.0261-2.05080.25081610.199828733034
2.0508-2.07670.21211410.197228532994
2.0767-2.10410.2151380.196428653003
2.1041-2.13290.19021510.183528412992
2.1329-2.16330.19571450.177928643009
2.1633-2.19560.2111480.173728813029
2.1956-2.22990.19621680.171328232991
2.2299-2.26650.17861320.160728733005
2.2665-2.30560.18141240.160429033027
2.3056-2.34750.18341320.155428683000
2.3475-2.39270.17021440.157328763020
2.3927-2.44150.17351540.153728853039
2.4415-2.49460.17761430.148228673010
2.4946-2.55260.19841370.149529123049
2.5526-2.61640.20121370.150928823019
2.6164-2.68720.17261600.153428643024
2.6872-2.76620.1941390.156628983037
2.7662-2.85550.17141640.150328713035
2.8555-2.95760.16181430.145629073050
2.9576-3.0760.19221580.137228853043
3.076-3.21590.14961400.140929303070
3.2159-3.38540.17531400.14629053045
3.3854-3.59750.15231650.139328983063
3.5975-3.87510.14571330.125829623095
3.8751-4.26490.13151230.118529733096
4.2649-4.88150.14061690.1229483117
4.8815-6.14810.17611900.147229703160
6.1481-47.84690.17971620.180531533315
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.79120.50510.552.110.45063.2783-0.0162-0.0575-0.11270.0393-0.03030.18920.1012-0.16730.03590.1551-0.02140.05090.1190.05570.222524.167951.823644.7937
24.1161-0.59982.91874.8911-2.65098.74260.02610.2888-0.4234-0.60670.13410.40240.9713-0.3821-0.20040.2374-0.07690.06140.2105-0.04940.303920.210444.580133.3376
31.21240.6481-0.16761.4541-0.11320.88240.03740.01110.04210.0163-0.02080.0704-0.037-0.0224-0.01770.11560.01750.02790.12010.04370.13835.273.094538.2911
42.5097-0.0816-0.49622.45740.04053.1985-0.0122-0.07730.1885-0.00110.1008-0.50980.01090.5769-0.06530.2266-0.015-0.00030.4348-0.06630.348860.894828.024826.6597
52.18990.1512-0.18921.68830.21151.77450.0120.4015-0.0263-0.35290.0545-0.3099-0.05650.2648-0.06140.3255-0.00120.0640.3249-0.00960.223751.875826.401315.4038
62.4535-0.6618-0.56482.33870.43972.205-0.11930.2242-0.3155-0.1836-0.04340.29960.2694-0.39790.14250.2685-0.0308-0.00520.2289-0.0280.241529.529116.830324.6267
71.5832-0.0061-0.40982.26430.54451.50180.00780.1617-0.0177-0.21260.06480.101-0.013-0.143-0.07230.27120.01880.03150.27620.00810.183231.813325.654224.8557
81.44380.1439-0.06894.16331.95982.77740.0550.6247-0.0747-1.14880.0627-0.2329-0.3683-0.1452-0.13480.62930.02930.0670.4957-0.03480.251538.858325.39815.7731
92.3251-0.4781-0.49572.51410.45462.4125-0.01070.2303-0.3171-0.37520.0147-0.10580.34360.1354-0.00310.35460.01440.04540.264-0.05740.217842.814216.494219.2843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 97 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 98 through 125 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 126 through 434 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 97 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 98 through 193 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 194 through 245 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 246 through 304 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 305 through 345 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 346 through 433 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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