ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHASER | 2.3.0位相決定 | PHENIX | | 精密化 | PDB_EXTRACT | 3.15 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.192→24.848 Å / FOM work R set: 0.8489 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.96 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.232 | 1050 | 5.23 % |
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Rwork | 0.2009 | 19035 | - |
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obs | 0.2026 | 20085 | 93.81 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.392 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 111.49 Å2 / Biso mean: 28.28 Å2 / Biso min: 10.09 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -2.8438 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -4.7404 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 7.5841 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.192→24.848 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3108 | 0 | 2 | 259 | 3369 |
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Biso mean | - | - | 32.83 | 33.44 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 391 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.02 | 3210 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.291 | 4375 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.084 | 451 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 570 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.524 | 1130 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.1917-2.2914 | 0.3213 | 120 | 0.2414 | 2306 | 2426 | 92 | 2.2914-2.4121 | 0.2528 | 118 | 0.2229 | 2336 | 2454 | 94 | 2.4121-2.5631 | 0.2816 | 117 | 0.2325 | 2365 | 2482 | 94 | 2.5631-2.7608 | 0.2746 | 127 | 0.2285 | 2366 | 2493 | 94 | 2.7608-3.0382 | 0.2386 | 148 | 0.2187 | 2367 | 2515 | 95 | 3.0382-3.4768 | 0.2338 | 168 | 0.2015 | 2341 | 2509 | 94 | 3.4768-4.3765 | 0.1988 | 124 | 0.1719 | 2426 | 2550 | 94 | 4.3765-24.8496 | 0.2006 | 128 | 0.1827 | 2528 | 2656 | 94 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.2185 | -0.3183 | 0.2202 | 0.2728 | -0.1615 | 0.1488 | 0.0349 | 0.0464 | 0.0019 | -0.0418 | -0.1665 | -0.1505 | 0.0165 | 0.1179 | -0.0325 | 0.1551 | -0.0411 | 0.0018 | 0.1798 | 0.0162 | 0.171 | 19.4746 | -8.3861 | -17.5857 | 2 | 0.1786 | -0.0606 | 0.1023 | 0.2485 | 0.0966 | 0.3611 | -0.1062 | -0.2294 | 0.1438 | 0.0616 | -0.197 | -0.0881 | -0.2902 | -0.3463 | -0.0193 | 0.2533 | 0.0128 | 0.002 | 0.2809 | 0.0497 | 0.2878 | 25.9782 | -17.5155 | -13.0059 | 3 | 0.2236 | -0.2519 | 0.1439 | 0.2609 | -0.0932 | -0.0029 | -0.082 | -0.0117 | -0.1707 | -0.0974 | 0.0338 | 0.1649 | 0.0789 | -0.0397 | -0.0113 | 0.163 | -0.0233 | 0.0199 | 0.1479 | 0.018 | 0.1222 | 15.102 | -22.9633 | -10.5067 | 4 | 0.0539 | 0.1439 | 0.0362 | 0.5846 | 0.1015 | 0.1557 | -0.0124 | 0.0581 | 0.0897 | -0.0163 | -0.008 | -0.0222 | 0.0077 | 0.0274 | 0.0034 | 0.1673 | -0.0029 | -0.0006 | 0.1616 | 0.0154 | 0.1169 | 11.8221 | -10.7945 | -26.6709 | 5 | 0.1077 | 0.0287 | 0.0328 | 0.2281 | 0.1482 | 0.2658 | -0.0474 | -0.0897 | -0.1073 | -0.0173 | -0.0314 | 0.0119 | 0.1326 | 0.0581 | 0 | 0.1594 | -0.0168 | 0.0167 | 0.183 | -0.0039 | 0.1738 | 10.6122 | -18.5295 | -31.1392 | 6 | 0.5084 | -0.0132 | 0.1993 | 0.9909 | -0.1036 | 0.3179 | 0.0463 | 0.0088 | 0.0536 | 0.1137 | -0.0409 | 0.1617 | 0.0063 | 0.0227 | -0 | 0.1808 | -0.0037 | 0.0173 | 0.1712 | 0.0096 | 0.2 | -2.2719 | -5.172 | -16.1502 | 7 | 0.476 | 0.0712 | -0.0674 | 0.2148 | 0.2765 | 0.3598 | 0.0348 | 0.0648 | 0.0381 | 0.2288 | 0.1533 | 0.0101 | -0.0238 | -0.0359 | 0.0012 | 0.2568 | -0.0123 | -0.0229 | 0.1686 | -0.008 | 0.1953 | 10.91 | 3.3134 | -7.4772 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resseq 5:86)A5 - 86 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resseq 87:107)A87 - 107 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resseq 108:149)A108 - 149 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resseq 150:212)A150 - 212 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 5 | chain 'A' and (resseq 213:254)A213 - 254 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | 6 | chain 'A' and (resseq 255:360)A255 - 360 | 7 | X-RAY DIFFRACTION | 7 | chain 'A' and (resseq 361:395)A361 - 395 | | | | | | | | | | | | | | |
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