PDB-4x7w: MycF mycinamicin III 3'-O-methyltransferase (E35Q, E139A variant)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x7w

タイトル

MycF mycinamicin III 3'-O-methyltransferase (E35Q, E139A variant) in complex with Mg, SAH and mycinamicin VI (MycE substrate)

要素

Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

キーワード

Transferase/Antiobiotic / macrolide / methyltransferase / antibiotic / natural product / Transferase-Antiobiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mycinamicin III 3''-O-methyltransferase / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / small molecule binding / methylation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora griseorubida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Bernard, S.M. / Smith, J.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Substrate Specificity and Regiochemistry in the MycF/TylF Family of Sugar O-Methyltransferases.
著者: Bernard, S.M. / Akey, D.L. / Tripathi, A. / Park, S.R. / Konwerski, J.R. / Anzai, Y. / Li, S. / Kato, F. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.

履歴

登録	2014年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x7w.cif.gz	226.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x7w.ent.gz	180.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x7w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x7w_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x7w_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4x7w_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	4x7w_validation.cif.gz	40.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x7uC 4x7vC 4x7xC 4x7yC 4x7zC 4x81C 4xvySC 4xvzC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x7u-d 4xvy-d 4x81-d 4x7y-d 4x7z-d 1e4y-d 2ar6-d 3oqh-d 3oqj-d 6qi1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

B: Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

ヘテロ分子

63.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.121, 92.528, 128.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase / Mycinamicin biosynthesis protein F 分子量: 30757.541 Da / 分子数: 2 / 変異: E35Q, E139A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora griseorubida (バクテリア) 遺伝子: mycF / プラスミド: pET28b-mycF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q49492, mycinamicin III 3''-O-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-MVI / Mycinamicin VI / [(2R,3R,4E,6E,9R,11S,12S,13S,14E)-2-ethyl-9,11,13-trimethyl-8,16-dioxo-12-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}oxacyclohexadeca-4,6,14-trien-3-yl]methyl 6-deoxy-beta-D-allopyranoside 分子量: 667.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₅₇NO₁₁
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化	温度: 293.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20-30% PEG 5000 MME, 100 mM ammonium acetate, and 100 mM BisTrisPropane pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 56748 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.9 % / R_sym value: 0.119 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XVY

4xvy

解像度: 1.75→32.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 4.785 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20889	3014	5 %	RANDOM
R_work	0.17264	-	-	-
obs	0.17448	56748	97.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.601 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→32.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3964	0	148	518	4630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.017	1.958	5830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.982	3	9017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.258	5	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.065	22.958	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.943	15	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.074	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	4890
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.368	1.455	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.367	1.455	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.855	2.174	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.854	2.174	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.563	1.84	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.562	1.842	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.856	2.661	3277
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.248	14.178	5366
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.251	14.185	5367
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.751→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	211	-
R_work	0.254	4105	-
obs	-	-	96.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0717	-0.0758	0.1832	1.5931	0.5833	0.8749	-0.0148	0.0428	0.0167	0.0007	-0.027	-0.0368	-0.0338	0.1095	0.0418	0.0813	-0.0055	-0.0199	0.0458	-0.0016	0.0488	27.8759	41.2773	64.5781
2	0.2845	-0.3481	0.1471	0.977	-0.1295	0.4745	-0.0243	0.0134	0.0585	0.0203	-0.0108	-0.0613	0.0236	0.064	0.0351	0.0608	0.0008	-0.0185	0.0348	0.0042	0.0612	26.5037	42.116	58.3008
3	0.2572	-0.003	0.2489	0.605	0.0119	0.3227	-0.0688	-0.0451	0.0165	0.054	-0.0022	-0.04	-0.0543	-0.0775	0.071	0.0844	0.0078	-0.0173	0.0299	-0.0146	0.0627	14.0311	51.6069	59.8508
4	0.3089	0.4436	0.6347	0.7893	0.5329	2.2724	0.0233	0.0091	0.0037	-0.0025	0.0146	0.0294	0.0819	0.0244	-0.0379	0.0779	-0.006	-0.0114	0.0011	-0.0032	0.0768	12.1646	28.532	47.8463
5	0.4278	0.1982	0.2604	0.5923	-0.2636	0.6319	0.0025	-0.0741	-0.0027	0.0786	0.0222	0.048	-0.0116	-0.1743	-0.0247	0.0507	0.0014	0.0075	0.069	-0.0064	0.0447	6.8601	44.7506	60.3461
6	0.4398	-0.4662	-0.0424	0.5766	0.2579	0.5794	0.002	0.0537	0.0256	0.0088	-0.0505	-0.0146	-0.0035	-0.0075	0.0485	0.0639	0.0044	-0.0042	0.0324	0.0038	0.0655	14.0652	46.2638	45.6843
7	0.6842	-0.3647	0.1693	0.3467	0.1933	0.7138	0.0487	0.1158	0.0498	-0.007	-0.0598	-0.0362	-0.0295	0.046	0.0111	0.048	-0.0013	-0.0039	0.0362	0.0333	0.0744	20.0727	48.1737	40.4294
8	0.0404	-0.1513	0.1589	1.5135	-0.8696	0.7498	-0.0355	-0.0227	0.0047	0.0716	0.0252	0.0789	-0.0777	-0.0723	0.0103	0.0969	0.0127	-0.0184	0.0305	-0.0062	0.0544	22.3091	41.3666	79.4578
9	0.373	0.2564	0.2902	0.6289	0.261	0.4361	-0.0362	-0.0216	0.0659	-0.0251	-0.0235	0.0577	0.0417	-0.0387	0.0596	0.0698	0.0026	-0.0129	0.0188	-0.0154	0.0713	23.684	42.2065	85.7344
10	0.3072	-0.0214	0.3774	0.4207	-0.0386	0.4749	-0.0695	0.0708	0.0307	-0.0781	0.0109	0.0232	-0.0697	0.0903	0.0586	0.0913	-0.0147	-0.0118	0.0218	0.0121	0.0685	36.2419	51.6407	84.1888
11	0.0314	-0.0642	-0.007	0.7659	0.2866	2.4267	0.0238	0.0135	-0.0343	0.0835	-0.0004	-0.0489	0.1376	0.0651	-0.0234	0.0833	0.0215	-0.0186	0.0106	-0.0142	0.0838	37.9617	28.6534	96.4213
12	0.3575	-0.195	0.2648	0.4638	0.2859	0.8468	0.0028	0.0971	-0.0071	-0.0541	0.0248	-0.0422	-0.0336	0.1955	-0.0276	0.0462	-0.012	0.0073	0.0565	0.0028	0.0475	43.3627	44.7568	83.7994
13	0.4275	0.3281	0.1432	0.3907	-0.1524	0.547	0.0142	-0.0679	0.0355	0.007	-0.0711	0.0076	-0.0004	0.0127	0.057	0.063	-0.0029	0.0003	0.0288	-0.0121	0.0701	36.0714	46.4104	98.3975
14	0.922	0.4637	0.1278	0.2627	0.0506	1.014	0.0381	-0.1711	0.0634	-0.0023	-0.1015	0.0716	-0.0319	-0.0367	0.0634	0.0428	0.0029	-0.008	0.0408	-0.0366	0.0829	30.0402	48.3711	103.5966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	73 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	116 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	146 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	183 - 223
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	224 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	4 - 36
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	37 - 72
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	73 - 115
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	116 - 145
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	146 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	183 - 223
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	224 - 253

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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