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万見
- PDB-4x7q: PIM2 kinase in complex with Compound 1s -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x7q
タイトルPIM2 kinase in complex with Compound 1s
要素Serine/threonine-protein kinase pim-2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of autophagy / regulation of mitotic cell cycle / macroautophagy / response to virus / G1/S transition of mitotic cell cycle / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity ...apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of autophagy / regulation of mitotic cell cycle / macroautophagy / response to virus / G1/S transition of mitotic cell cycle / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Serine/threonine-protein kinase pim-1/2/3 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3YR / PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein kinase pim-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Marcotte, D.J. / Silvian, L.F.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Structure-based design of low-nanomolar PIM kinase inhibitors.
著者: Ishchenko, A. / Zhang, L. / Le Brazidec, J.Y. / Fan, J. / Chong, J.H. / Hingway, A. / Raditsis, A. / Singh, L. / Elenbaas, B. / Hong, V.S. / Marcotte, D. / Silvian, L. / Enyedy, I. / Chao, J.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Serine/threonine-protein kinase pim-2
A: Serine/threonine-protein kinase pim-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5335
ポリマ－68,6332
非ポリマー9003
水1,38777
1
B: Serine/threonine-protein kinase pim-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7192
ポリマ－34,3161
非ポリマー4021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serine/threonine-protein kinase pim-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8143
ポリマ－34,3161
非ポリマー4972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.265, 142.265, 61.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase pim-2 / Pim-2h


分子量: 34316.375 Da / 分子数: 2 / 断片: PIM2 Kinase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9P1W9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3YR / 2-(2,6-difluorophenyl)-N-{4-[(3S)-pyrrolidin-3-yloxy]pyridin-3-yl}-1,3-thiazole-4-carboxamide


分子量: 402.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16F2N4O2S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Sodium Potassium Phosphate / PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.326→71.132 Å / Num. obs: 19972 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.1 % / Net I/σ(I): 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IWI

2iwi


解像度: 2.33→43.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 18.723 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2581 946 4.7 %RANDOM
Rwork0.196 19001 --
obs0.199 19972 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.51 Å2 / Biso mean: 41.034 Å2 / Biso min: 13.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0.09 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→43.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3543 0 61 77 3681
Biso mean--36.23 40.57 -
残基数----460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193704
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7741.995041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9437961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1995450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.58822.987154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.83315550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9651524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0442.6621829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0442.6611828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2863.9642268
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 76 -
Rwork0.265 1398 -
all-1474 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0252-0.76480.2171.25450.2860.16350.02180.2288-0.16550.0509-0.01250.08720.02350.0515-0.00920.0812-0.02230.0070.1752-0.02230.0149PIM2 Chain B47.148326.6755-1.4277
21.7415-0.4096-0.4640.22390.28031.3824-0.018-0.4215-0.2616-0.0970.02330.0450.0396-0.0341-0.00530.13090.00420.010.22870.06920.044PIM2 Chain A18.521612.63157.3526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 287
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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