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- PDB-4x6h: Development of N-(Functionalized benzoyl)-homocycloleucyl-glycino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x6h
タイトルDevelopment of N-(Functionalized benzoyl)-homocycloleucyl-glycinonitriles as Potent Cathepsin K Inhibitors.
要素Cathepsin K
キーワードHYDROLASE / cathepsin K / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin K / negative regulation of cartilage development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / thyroid hormone generation / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process ...cathepsin K / negative regulation of cartilage development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / thyroid hormone generation / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / fibronectin binding / extracellular matrix disassembly / bone resorption / mitophagy / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / cysteine-type peptidase activity / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / apical plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / proteolysis / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3XT / Chem-I37 / Cathepsin K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Borisek, J. / Mohar, B. / Vizovisek, M. / Sosnowski, P. / Turk, D. / Turk, B. / Novic, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Development of N-(Functionalized benzoyl)-homocycloleucyl-glycinonitriles as Potent Cathepsin K Inhibitors.
著者: Borisek, J. / Vizovisek, M. / Sosnowski, P. / Turk, B. / Turk, D. / Mohar, B. / Novic, M.
履歴
登録2014年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7399
ポリマ－23,5231
非ポリマー1,2158
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.439, 54.551, 88.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cathepsin K / Cathepsin O / Cathepsin O2 / Cathepsin X


分子量: 23523.480 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 115-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSK, CTSO, CTSO2 / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P43235, cathepsin K
#2: 化合物 ChemComp-3XT / 4-amino-3-fluoro-N-(1-{[(2Z)-2-iminoethyl]carbamoyl}cyclohexyl)benzamide


分子量: 320.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21FN4O2
#3: 化合物 ChemComp-I37 / 4-amino-N-{1-[(cyanomethyl)carbamoyl]cyclohexyl}-3-fluorobenzamide / N-(1-(シアノメチルアミノカルボニル)シクロヘキサン-1-イル)-3-フルオロ-4-アミノベンズアミド


分子量: 318.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19FN4O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Tri-Sodium Citrate, 2.4 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.000008 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000008 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1 Å / Num. obs: 92375 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 8.75 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 15.89 / Num. measured all: 540950
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1-1.060.7780.5222.225272615236122480.59380.4
1.06-1.130.9310.3324.368116514391143890.366100
1.13-1.220.9720.2037.298083213374133680.223100
1.22-1.340.9870.14210.077561912383123750.15599.9
1.34-1.50.9940.09615.37222611189111860.105100
1.5-1.730.9970.06523.1563932996199530.07199.9
1.73-2.120.9980.04633.7552387845684380.05199.8
2.12-2.990.9990.03743.3240706662566080.04199.7
2.990.9990.03147.9821357383638100.03499.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1 Å46.37 Å
Translation1 Å46.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
PROTEUM PLUS2011.4-1データ削減
PROTEUM PLUS2011.4-1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ATK

1atk


解像度: 1→33.668 Å / FOM work R set: 0.9145 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1655 4618 5 %RANDOM
Rwork0.1548 87755 --
obs0.1553 92373 96.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.59 Å2 / Biso mean: 13.26 Å2 / Biso min: 5.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1→33.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1649 0 59 290 1998
Biso mean--18.14 28.05 -
残基数----215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0221885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.2992574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.144258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.091726
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.0002-1.01150.29591000.26311910201063
1.0115-1.02340.24761120.26042113222572
1.0234-1.03590.22721260.23962405253180
1.0359-1.0490.23171410.22522673281490
1.049-1.06280.22411560.204329703126100
1.0628-1.07740.20511590.202330133172100
1.0774-1.09280.19781560.188929783134100
1.0928-1.10910.20281580.18329983156100
1.1091-1.12640.18421560.180129693125100
1.1264-1.14490.16711590.175330113170100
1.1449-1.16460.17611560.166729743130100
1.1646-1.18580.16511590.162530153174100
1.1858-1.20860.13511580.161430003158100
1.2086-1.23330.17281580.162829963154100
1.2333-1.26010.16921580.163630003158100
1.2601-1.28940.15381570.159929923149100
1.2894-1.32170.17861590.154830113170100
1.3217-1.35740.16091580.15630133171100
1.3574-1.39730.14661600.14930283188100
1.3973-1.44250.14521570.151530013158100
1.4425-1.4940.17871590.145630113170100
1.494-1.55380.13981580.148230073165100
1.5538-1.62450.14881600.141130333193100
1.6245-1.71020.14511610.138530523213100
1.7102-1.81730.15111600.141630533213100
1.8173-1.95760.15121600.139730363196100
1.9576-2.15460.15611610.13623058321999
2.1546-2.46630.14481620.14330843246100
2.4663-3.10690.16021630.15713098326199
3.1069-33.68680.1851710.15043253342499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.6481 Å / Origin y: -0.777 Å / Origin z: -12.016 Å
111213212223313233
T0.0528 Å20.0017 Å20.006 Å2-0.0573 Å20.0049 Å2--0.0571 Å2
L0.3523 °20.0988 °20.1219 °2-0.4862 °20.2097 °2--0.5231 °2
S0.0176 Å °-0.0104 Å °0.0099 Å °0.0252 Å °-0.015 Å °0.0123 Å °0.0198 Å °-0.0075 Å °-0.0019 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 301
2X-RAY DIFFRACTION1allB500 - 789
3X-RAY DIFFRACTION1allC790 - 795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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