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- PDB-4x6f: CD1a binary complex with sphingomyelin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x6f
タイトルCD1a binary complex with sphingomyelin
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1a
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD1a / Immune complex / Lipid antigen / TCR
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / immune response / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3XU / T-cell surface glycoprotein CD1a / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2015
タイトル: alpha beta T cell antigen receptor recognition of CD1a presenting self lipid ligands.
著者: Birkinshaw, R.W. / Pellicci, D.G. / Cheng, T.Y. / Keller, A.N. / Sandoval-Romero, M. / Gras, S. / de Jong, A. / Uldrich, A.P. / Moody, D.B. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2014年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32015年3月4日Group: Structure summary
改定 1.42022年12月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1a
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3513
ポリマ－44,5372
非ポリマー8141
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.380, 90.210, 107.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1a / T-cell surface antigen T6/Leu-6 / hTa1 thymocyte antigen


分子量: 32178.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06126
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 12358.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769
#3: 化合物 ChemComp-3XU / (4S,7S,23Z)-4-hydroxy-7-[(1S,2Z)-1-hydroxyhexadec-2-en-1-yl]-N,N,N-trimethyl-9-oxo-3,5-dioxa-8-aza-4-phosphadotriacont- 23-en-1-aminium 4-oxide / N_nervonoyl_D_erythro_sphingosylphosphorylcholine


分子量: 814.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H94N2O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20 mM DL-malic acid, 40 mM MES, 40 mM tris, PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→41.61 Å / Num. obs: 31962 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 10.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1onq

1onq


解像度: 1.91→34.59 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 1539 4.82 %
Rwork0.1874 --
obs0.1893 31907 95.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→34.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2945 0 56 174 3175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2074185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9851125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005535
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96130.31871280.26092154X-RAY DIFFRACTION77
1.9613-2.03140.24241290.22022403X-RAY DIFFRACTION85
2.0314-2.11280.24711300.21032634X-RAY DIFFRACTION93
2.1128-2.20890.24571310.19792816X-RAY DIFFRACTION98
2.2089-2.32530.25381360.18912855X-RAY DIFFRACTION100
2.3253-2.4710.25161450.20262869X-RAY DIFFRACTION100
2.471-2.66170.25361370.20082877X-RAY DIFFRACTION100
2.6617-2.92950.25321470.21022886X-RAY DIFFRACTION100
2.9295-3.3530.22641450.19342904X-RAY DIFFRACTION100
3.353-4.22330.20511570.16772938X-RAY DIFFRACTION100
4.2233-34.59550.18971540.16693032X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.32652.1696-3.09843.806-0.3797.0708-0.08740.42490.38490.0073-0.0474-0.079-0.7808-1.1262-0.16010.33550.157-0.0210.3046-0.07550.321423.9414103.172613.484
25.98840.8627-0.50484.78181.3966.1374-0.0474-0.1760.58960.6416-0.02820.1918-0.2422-1.26550.04220.41520.1435-0.01750.6238-0.08740.328313.8895102.304921.8875
32.1572-0.4685-0.7042.31280.66741.41310.516-0.68311.00080.4334-0.3870.1228-0.7191-0.3086-1.29391.21190.4252-0.23010.3785-0.60610.927824.9646111.960222.8475
45.6926-0.0515-1.01632.28510.74015.93520.05310.35590.83350.06570.1354-0.5071-1.22420.4714-0.18170.5033-0.0783-0.07490.2959-0.01920.469335.873107.86519.1402
54.22120.5151-0.39162.4965-0.10316.13960.0104-0.477-0.14170.41260.2348-0.58850.40120.8774-0.15620.33110.0981-0.11880.3314-0.11110.339237.219598.676817.6949
63.11720.16520.33182.18041.05114.1620.0594-1.10290.53640.35130.1277-0.3490.08350.2323-0.18330.44080.1019-0.11620.5229-0.17870.363931.6431100.951324.6961
72.4782-0.1982-0.69252.87421.70644.42580.0316-0.1333-0.1445-0.01130.01340.0263-0.17270.1534-0.15380.1487-0.0222-0.01830.14250.04260.18759.994775.03482.83
83.0778-1.0048-1.46524.99941.71162.8085-0.0336-0.3659-0.16860.07620.2499-0.1456-0.00340.1945-0.17260.1242-0.0141-0.03320.19890.03610.186214.448774.86064.55
93.1077-1.3847-1.37614.72094.64834.86840.08780.19-0.2574-0.23010.2903-0.5020.02050.1475-0.07620.2262-0.0360.00440.15470.0020.199713.26273.2294-2.8914
102.54640.11640.26761.9016-0.35693.6945-0.0198-0.1986-0.56060.0910.16270.08950.2313-0.2058-0.10190.1774-0.0118-0.01120.20510.0880.3174.98968.08643.9953
118.23194.87391.66756.92390.71843.6801-0.20940.4485-0.1924-0.20280.341-0.44270.02430.7046-0.17210.22380.02810.04470.245-0.07060.238121.521791.1798-2.0612
123.8307-4.26754.15444.9848-4.92884.96860.0637-0.4135-0.5271-0.36580.32720.6390.3169-0.9112-0.51560.24190.0071-0.01460.30890.0070.3659-2.046184.5034-0.5933
133.62893.37392.35173.53581.68192.0116-0.2860.0050.2257-0.05990.13810.2419-0.11520.07840.09160.2442-0.00850.01710.1698-0.00390.194211.79291.81670.7692
145.53790.14357.00632.75770.69148.9418-0.70930.88410.9299-0.53070.2343-0.1247-0.84170.43940.50090.4052-0.0182-0.00950.25860.04130.269417.108199.953-4.1175
153.62974.72290.6528.45460.43140.1906-0.52590.81411.4133-1.5693-0.13880.8611-1.19740.09450.69870.54950.0627-0.17520.43060.10420.45695.236299.5552-11.2418
161.4544-0.19343.23796.0835-1.91059.1744-0.4685-0.17221.0385-0.14240.12261.2049-1.1414-1.530.32340.3140.1048-0.0450.3681-0.07920.54046.8358101.87230.7628
174.13522.94223.9752.8372.15454.0479-0.1406-0.5120.04360.1160.10530.0398-0.0572-0.2105-0.01450.21630.0150.01580.12280.00210.185916.992595.47375.2978
189.77827.5437-6.50266.8772-5.96385.4155-0.15232.2336-1.2024-0.77790.63860.60871.1643-0.5821-0.50760.50480.0203-0.11580.5552-0.1410.523-1.98588.6576-12.1614
190.0333-0.1783-0.14282.3183-0.21542.6932-0.21131.65410.6906-0.6470.44640.0244-0.58620.1912-0.22550.4329-0.09750.02590.48790.07290.228918.862797.1275-9.6466
206.98760.9783-2.88433.836-3.24586.4819-0.25440.6506-1.0783-0.9444-0.03660.0707-0.0483-0.0540.3140.3998-0.0343-0.01150.4147-0.17020.28729.542486.7209-9.6429
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 102 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 103 through 134 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 135 through 181 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 182 through 222 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 223 through 242 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 243 through 255 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 256 through 282 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 11 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 12 through 19 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 20 through 30 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 31 through 41 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 42 through 46 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 47 through 51 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 52 through 71 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 72 through 77 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 78 through 90 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 91 through 98 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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