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- PDB-4x6c: CD1a ternary complex with lysophosphatidylcholine and BK6 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x6c
タイトルCD1a ternary complex with lysophosphatidylcholine and BK6 TCR
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1a
  • TCR alpha
  • TCR beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD1a / TCR / Immune complex / Lipid antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules ...exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / immune response / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-42H / T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1 / T-cell surface glycoprotein CD1a / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2015
タイトル: alpha beta T cell antigen receptor recognition of CD1a presenting self lipid ligands.
著者: Birkinshaw, R.W. / Pellicci, D.G. / Cheng, T.Y. / Keller, A.N. / Sandoval-Romero, M. / Gras, S. / de Jong, A. / Uldrich, A.P. / Moody, D.B. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2014年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32015年3月4日Group: Structure summary
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1a
B: Beta-2-microglobulin
C: T-cell surface glycoprotein CD1a
D: Beta-2-microglobulin
E: TCR alpha
F: TCR beta
G: TCR alpha
H: TCR beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,97613
ポリマ－190,2678
非ポリマー1,7095
水37821
1
A: T-cell surface glycoprotein CD1a
B: Beta-2-microglobulin
G: TCR alpha
H: TCR beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0987
ポリマ－95,1334
非ポリマー9653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: T-cell surface glycoprotein CD1a
D: Beta-2-microglobulin
E: TCR alpha
F: TCR beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8776
ポリマ－95,1334
非ポリマー7442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.273, 142.144, 175.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1a / T-cell surface antigen T6/Leu-6 / hTa1 thymocyte antigen


分子量: 32178.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06126
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 12358.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 TCR alpha


分子量: 22998.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#4: タンパク質 TCR beta


分子量: 27597.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01850*PLUS

-
糖 , 1種, 3分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 23分子

#6: 化合物 ChemComp-42H / (4R,7R,18Z)-4,7-dihydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphaheptacos-18-en-1-aminium 4-oxide / 1-オレオイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン


分子量: 522.675 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H53NO7P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium citrate, bis-tris propane, PEG 3350 / PH範囲: 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→79.59 Å / Num. obs: 55926 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4408 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Chain A and B from 1ONQ and chain G and H from 4PJ5

1onq

4pj5


解像度: 2.8→74.746 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 2647 4.75 %
Rwork0.1756 --
obs0.1785 55760 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→74.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12732 0 112 21 12865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26917916
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4264777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531888
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.85090.37891230.30182772X-RAY DIFFRACTION100
2.8509-2.90580.31051380.26762741X-RAY DIFFRACTION100
2.9058-2.96510.33681310.24362787X-RAY DIFFRACTION100
2.9651-3.02960.29221210.22472751X-RAY DIFFRACTION100
3.0296-3.10.31131490.22672762X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.17760.30411360.22222772X-RAY DIFFRACTION100
3.1776-3.26350.28071390.22182739X-RAY DIFFRACTION100
3.2635-3.35950.28891270.19342796X-RAY DIFFRACTION100
3.3595-3.4680.27711350.18742786X-RAY DIFFRACTION100
3.468-3.59190.23951520.17842764X-RAY DIFFRACTION100
3.5919-3.73570.23741500.17362786X-RAY DIFFRACTION100
3.7357-3.90570.24321350.16672788X-RAY DIFFRACTION100
3.9057-4.11160.23841420.15662778X-RAY DIFFRACTION100
4.1116-4.36920.21881430.1442782X-RAY DIFFRACTION100
4.3692-4.70650.19281510.13142815X-RAY DIFFRACTION100
4.7065-5.180.18851490.13252803X-RAY DIFFRACTION100
5.18-5.92930.21881410.15672850X-RAY DIFFRACTION100
5.9293-7.46920.2221540.17992837X-RAY DIFFRACTION100
7.4692-74.77220.19731310.17813004X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79910.41390.39384.66992.68972.2826-0.0438-0.0229-0.0521-0.1942-0.16910.2577-0.129-0.17570.17750.26860.0567-0.02320.5296-0.08130.3674108.5544196.515216.3448
25.3674-1.3877-1.01627.90250.25082.6480.0077-0.00920.42950.4311-0.35151.0356-0.711-1.43950.30990.79020.26110.01690.9701-0.30620.624796.1144208.7515226.8146
31.62830.08150.53745.18553.08153.90810.12980.1376-0.402-0.3119-0.1492-0.24960.3040.0530.01840.29380.03060.04860.40820.0130.686116.9198149.6526182.3953
42.0068-0.61980.11282.66161.29142.13330.0662-0.0373-0.1904-0.02190.0186-0.18260.3305-0.1262-0.07130.2439-0.08340.03680.34190.00530.491797.8776150.2154178.8412
50.56630.21830.33553.85612.24083.34380.042-0.13610.12690.0390.09510.0993-0.4973-0.1446-0.1480.55320.03470.05180.362-0.02530.6574107.6353233.2376179.5869
63.29070.66540.34825.94940.51072.799-0.1815-0.12780.40680.02540.6342-0.9959-1.37341.3557-0.32911.1401-0.31210.1070.7421-0.33651.0442120.8029248.1142183.8993
70.96210.48870.51266.68923.93733.27030.03090.2420.06780.078-0.13750.23030.1827-0.18340.11280.169-0.03320.05120.4390.08860.435594.7269184.6801153.7663
82.95611.39181.05432.70371.02931.4873-0.00790.6246-0.1582-0.10030.1815-0.43270.11070.2169-0.12270.194-0.0040.10530.48610.04590.4324114.0983181.045156.2136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 7 through 278)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 98)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'G' and resid 1 through 201)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'H' and resid 2 through 244)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resid 7 through 277)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'D' and resid 1 through 98)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'E' and resid 2 through 202)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'F' and resid 1 through 243)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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