PDB-4x5u: X-ray crystal structure of CagL at pH 4.2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x5u

タイトル

X-ray crystal structure of CagL at pH 4.2

要素

Cag pathogenicity island protein (Cag18)

キーワード

CELL ADHESION / RGD Motif / Type IV Secretion System / Integrin

機能・相同性

Cag pathogenicity island protein (Cag18)

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Sundberg, E.J. / Bonsor, D.A. / Diederichs, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Integrin Engagement by the Helical RGD Motif of the Helicobacter pylori CagL Protein Is Regulated by pH-induced Displacement of a Neighboring Helix.
著者: Bonsor, D.A. / Pham, K.T. / Beadenkopf, R. / Diederichs, K. / Haas, R. / Beckett, D. / Fischer, W. / Sundberg, E.J.

履歴

登録	2014年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x5u.cif.gz	96.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x5u.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x5u_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x5u_full_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示
XML形式データ	4x5u_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	4x5u_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/4x5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/4x5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zciS 4cii S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3syv-2 1u4q-d 6ixp-d 497 3i3n-d 5und-d 218 4cii-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cag pathogenicity island protein (Cag18)

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cag pathogenicity island protein (Cag18)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.018, 63.018, 243.763
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- HOH
2	1	A-302- HOH

#1: タンパク質	Cag pathogenicity island protein (Cag18) 分子量: 25878.434 Da / 分子数: 1 / 断片: RGD motif (UNP residues 21-237) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: C694_02780, HP_0539 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: O25272
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Cag pathogenicity island protein (Cag18)

分子量: 25878.434 Da / 分子数: 1 / 断片: RGD motif (UNP residues 21-237) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: C694_02780, HP_0539 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: O25272

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 30% v/v ethanol, 200 mM sodium phosphate/citric acid, pH 4.2, 5% w/v PEG 1000, 1% v/v glycerol, Microseeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月1日
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→54.58 Å / Num. obs: 13696 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.2 % / R_merge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 39.5 % / R_merge(I) obs: 5.247 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0102	精密化
Blu-Ice		データ収集
XDS		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3zci

3zci

解像度: 2.3→54.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 31.108 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31283	675	5 %	RANDOM
R_work	0.25449	-	-	-
obs	0.25734	12955	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.162 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.79 Å²	1.4 Å²	0 Å²
2-	-	2.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→54.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1646	0	0	3	1649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.094	1.992	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.846	3	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.131	5	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.688	26.5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.298	15	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.728	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	349
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.389	6.235	818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.388	6.232	817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.326	9.342	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.325	9.346	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.688	6.49	842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.689	6.484	840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.859	9.64	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.039	48.169	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.038	48.192	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	44	-
R_work	0.459	932	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1839	-2.6498	-2.2589	4.6555	4.3376	7.6766	-0.1744	0.3967	-0.0899	-0.4214	-0.4708	0.5413	-0.4083	-1.2136	0.6452	0.3509	0.0042	-0.1193	0.2711	0.0069	0.2138	23.857	-5.032	10.896
2	1.1649	-0.1123	-1.9335	1.4911	1.2227	9.4204	-0.1361	-0.0755	-0.1318	0.173	-0.1391	0.207	0.5315	-0.0718	0.2753	0.1138	0.0017	0.0146	0.0411	0.0108	0.1351	25.906	-5.801	34.429
3	0.6419	0.5231	1.9288	0.9656	3.0617	11.985	0.0651	0.0699	-0.0727	0.0007	0.0593	0.0806	0.2943	0.2749	-0.1245	0.2294	-0.0435	-0.0472	0.0601	0.009	0.1066	24.867	-7.067	-45.386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	60 - 184
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	185 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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