PDB-4x5t: alpha 1 glycine receptor transmembrane structure fused to the ext...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x5t

タイトル

alpha 1 glycine receptor transmembrane structure fused to the extracellular domain of GLIC

要素

Proton-gated ion channel,GLRA1 protein,GLRA1 protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN /

Cys-loop / receptor pentameric /

glycine receptor /

transmembrane receptor (細胞表面受容体)

機能・相同性

機能・相同性情報

transmitter-gated monoatomic ion channel activity /

sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity /

glycine binding /

chloride channel activity / transmembrane transporter complex /

potassium channel activity / plasma membrane => GO:0005886 /

chloride channel complex /

regulation of membrane potential ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Sauguet, L. / Corringer, P.J. / Huon, C. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Allosteric and hyperekplexic mutant phenotypes investigated on an alpha 1 glycine receptor transmembrane structure.
著者: Moraga-Cid, G. / Sauguet, L. / Huon, C. / Malherbe, L. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Murail, S. / Taly, A. / Baaden, M. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2014年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年3月18日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x5t.cif.gz	597.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x5t.ent.gz	496.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/4x5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/4x5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hfiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	20385 5hcm-d 3tls-d 4zzc-d 6hyx-d 5v6n-d 3lsv-d 5l4e-d 4f8h-d 6f0r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (12) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel,GLRA1 protein,GLRA1 protein

B: Proton-gated ion channel,GLRA1 protein,GLRA1 protein

C: Proton-gated ion channel,GLRA1 protein,GLRA1 protein

D: Proton-gated ion channel,GLRA1 protein,GLRA1 protein

E: Proton-gated ion channel,GLRA1 protein,GLRA1 protein

ヘテロ分子

190 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.894, 132.304, 190.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel,GLRA1 protein,GLRA1 protein / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 37879.629 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197, GLRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8, UniProt: Q14C71
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3 詳細: 16 % PEG 2000MME, 50 mM NiCl2, 4% DMSO, 11% ethylene glycol and 0.1 M NaAcetate pH 3.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9725 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→49.42 Å / Num. obs: 38553 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 127.53 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 1.41 / Mean I/σ(I) obs: 0.638 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.4	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HFI

4hfi

解像度: 3.5→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8845 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.5

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	1935	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2535	-	-	-
obs	0.2543	38364	99.85 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 185.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.9629 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	13.2831 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.3201 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 1.016 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11448	0	32	0	11480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11700	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.16	15998	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3777	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		223	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1749	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11700	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.88
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.14
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1653	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12709	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.6 Å / Total num. of bins used: 19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	147	5.04 %
R_work	0.2407	2770	-
all	0.2399	2917	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9885	0.5724	-1.573	1.3386	-0.108	0	0.0151	-0.229	0.0815	-0.4165	0.0318	0.5135	-0.043	0.314	-0.0469	0.3318	-0.0096	-0.304	-0.1729	0.082	-0.1705	-74.9864	1.9662	16.5116
2	0.9525	-1.2845	-1.618	0.7591	-1.1824	0	0.0303	-0.1938	-0.3526	-0.3326	-0.0148	0.3916	-0.1494	0.1746	-0.0155	0.1607	-0.2462	0.304	0.5504	-0.1332	-0.6032	-30.8394	-1.9309	-5.3404
3	1.1268	0.3964	-0.5709	0	0.7073	0.6159	-0.0653	-0.291	0.2054	-0.4055	0.0371	0.3261	0.0568	0.2854	0.0281	0.2769	0.0216	0.0181	-0.4942	0.1773	0.1555	-64.5737	22.5667	32.4548
4	4.2313	-1.2489	-5.8208	1.1188	1.7751	3.1932	-0.0303	0.1494	-0.2357	-0.1328	-0.0667	0.1562	-0.2259	0.0732	0.097	-0.1503	-0.304	0.304	0.255	0.304	-0.1009	-24.1653	15.9414	5.1322
5	1.3628	-0.6124	-0.9867	0.6899	-0.4306	0	-0.2481	0.1815	0.1507	0.3417	0.0501	-0.2463	0.0523	-0.1666	0.198	0.2548	-0.0199	-0.1018	-0.3256	-0.0966	0.0727	-50.9755	11.0795	53.9346
6	1.6418	0.0446	-3.2479	0.3346	0.2317	1.3671	-0.0371	0.1102	-0.2115	0.2223	-0.0299	-0.2393	-0.5962	-0.0897	0.067	-0.5999	-0.3023	0.304	0.123	0.0742	0.5622	-13.1456	10.0292	22.4371
7	0.3662	0.6449	-1.2421	0.9171	0.7918	0	-0.1989	0.2638	-0.2918	0.3746	-0.1156	-0.4036	-0.229	-0.3211	0.3145	0.2605	0.0531	-0.0918	-0.3563	0.0442	0.0727	-52.9381	-16.7333	51.2766
8	0.7221	1.0552	-3.6369	0.8475	-0.5214	1.5125	0.0788	0.1801	-0.0625	0.362	-0.0838	-0.2535	-0.058	0.2103	0.0049	-0.5179	0.2752	0.304	-0.029	0.0124	0.604	-12.8637	-11.5213	22.9709
9	0.3104	0.3971	0.0584	0	-0.2037	1.0634	0.1246	0.1333	-0.0761	0.0857	0.0805	0.0897	0.056	0.09	-0.2051	0.372	-0.0712	-0.0252	-0.4209	-0.1665	0.0096	-67.6665	-22.4435	28.2536
10	6.2101	-0.1725	-5.5887	0.1074	0.4568	0	0.1386	-0.074	-0.2031	0.3913	-0.24	-0.2735	-0.0086	0.0226	0.1014	0.0612	0.132	0.304	0.2813	-0.304	-0.286	-24.1311	-18.8629	6.5577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|5 - A\|189 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|190 - A\|411 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|5 - B\|189 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|190 - B\|411 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|5 - C\|189 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|190 - C\|411 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ D\|5 - D\|189 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|190 - D\|411 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ E\|5 - E\|189 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ E\|190 - E\|411 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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