[日本語] English
万見
- PDB-4x52: Human PARP13 (ZC3HAV1), C-Terminal PARP Domain (H810N; N830Y variant) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x52
タイトルHuman PARP13 (ZC3HAV1), C-Terminal PARP Domain (H810N; N830Y variant)
要素Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIVIRAL DEFENSE / PARP / ZAP / MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of interferon-beta production / response to virus / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / defense response to virus ...positive regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of interferon-beta production / response to virus / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / defense response to virus / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cadherin binding / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
ZAP, zinc finger / ZAP, helix turn helix N-terminal domain / Zap helix turn helix N-terminal domain / Zinc-finger antiviral protein (ZAP) zinc finger domain 3 / WWE domain / PARP12-like CCCH zinc finger tandem / : / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain ...ZAP, zinc finger / ZAP, helix turn helix N-terminal domain / Zap helix turn helix N-terminal domain / Zinc-finger antiviral protein (ZAP) zinc finger domain 3 / WWE domain / PARP12-like CCCH zinc finger tandem / : / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Karlberg, T. / Thorsell, A.G. / Klepsch, M. / Schuler, H.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Foundation for Strategic Research スウェーデン
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Lack of ADP-ribosyltransferase Activity in Poly(ADP-ribose) Polymerase-13/Zinc Finger Antiviral Protein.
著者: Karlberg, T. / Klepsch, M. / Thorsell, A.G. / Andersson, C.D. / Linusson, A. / Schuler, H.
履歴
登録2014年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
B: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
C: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
D: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9859
ポリマ－81,5134
非ポリマー4725
水2,468137
1
A: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5663
ポリマ－20,3781
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4742
ポリマ－20,3781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4742
ポリマ－20,3781
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4702
ポリマ－20,3781
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.930, 50.000, 153.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 13 / ARTD13 / Zinc finger CCCH domain-containing ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 13 / ARTD13 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 2 / Zinc finger antiviral protein / ZAP


分子量: 20378.238 Da / 分子数: 4 / 変異: H810N, N830Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZC3HAV1, ZC3HDC2, PRO1677 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 pRARE / 参照: UniProt: Q7Z2W4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 25% PEG3350, 0.4M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, 10mM 3-Aminobenzamide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.9077 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9077 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→30 Å / Num. all: 50705 / Num. obs: 50705 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 41.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2x5y

2x5y


解像度: 2.08→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9401 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9304 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.2 / SU Rfree Blow DPI: 0.161 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.165
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2536 5 %RANDOM
Rwork0.2132 ---
obs0.2142 50704 99.43 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8233 Å20 Å2-3.5203 Å2
2---8.6522 Å20 Å2
3---6.8288 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.418 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.08→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5718 0 27 137 5882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0125906HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.077975HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2729SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes152HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes834HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5906HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion740SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6621SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.13 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2709 178 5.02 %
Rwork0.2637 3370 -
obs--99.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00140.8468-0.43522.17340.53074.29450.1288-0.16570.08660.0175-0.00620.01380.2719-0.1302-0.1226-0.08650.0021-0.029-0.1165-0.0431-0.0718-31.26564.017113.6056
24.65330.3141-1.09131.531-0.08854.9009-0.1669-0.6870.22030.07470.1966-0.1638-0.2430.3913-0.0297-0.1767-0.1746-0.00360.0949-0.1364-0.2996-13.137222.9958.7203
37.4890.9241.48351.96970.67053.71130.44560.5487-0.1904-0.0113-0.1832-0.07250.16860.7146-0.2624-0.25630.018-0.0352-0.0182-0.0634-0.2314-4.356113.208921.2121
42.21530.63910.9182.19411.16215.58750.05-0.2630.01750.4591-0.2280.27820.728-0.52850.178-0.0756-0.29060.13290.0343-0.0959-0.2792-36.31556.216352.9753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る