PDB-4x52: Human PARP13 (ZC3HAV1), C-Terminal PARP Domain (H810N; N830Y variant)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x52

タイトル

Human PARP13 (ZC3HAV1), C-Terminal PARP Domain (H810N; N830Y variant)

要素

Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ANTIVIRAL DEFENSE / PARP / ZAP / MUTANT

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interferon-beta production / response to virus / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Karlberg, T. / Thorsell, A.G. / Klepsch, M. / Schuler, H.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Lack of ADP-ribosyltransferase Activity in Poly(ADP-ribose) Polymerase-13/Zinc Finger Antiviral Protein.
著者: Karlberg, T. / Klepsch, M. / Thorsell, A.G. / Andersson, C.D. / Linusson, A. / Schuler, H.

履歴

登録	2014年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x52.cif.gz	299.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x52.ent.gz	245.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x52_validation.pdf.gz	476.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x52_full_validation.pdf.gz	483.8 KB	表示
XML形式データ	4x52_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	4x52_validation.cif.gz	36.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/4x52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/4x52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pqfC 2x5ySC 3bljC 3geyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fyw-d 4kak-2 4qle-1 4keb-1 1f0u-d 1k1l-d 1o3a-d 6dzf-d 3iti-d 6bfp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1

B: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1

C: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1

D: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1

ヘテロ分子

82 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.930, 50.000, 153.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 13 / ARTD13 / Zinc finger CCCH domain-containing ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 13 / ARTD13 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 2 / Zinc finger antiviral protein / ZAP 分子量: 20378.238 Da / 分子数: 4 / 変異: H810N, N830Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZC3HAV1, ZC3HDC2, PRO1677 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 pRARE / 参照: UniProt: Q7Z2W4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 25% PEG3350, 0.4M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, 10mM 3-Aminobenzamide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.9077 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9077 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→30 Å / Num. all: 50705 / Num. obs: 50705 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 41.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.08→2.13 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB 2x5y

2x5y

解像度: 2.08→29.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9401 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9304 / SU R Cruickshank DPI: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.2 / SU R_free Blow DPI: 0.161 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.165

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	2536	5 %	RANDOM
R_work	0.2132	-	-	-
obs	0.2142	50704	99.43 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.8233 Å²	0 Å²	-3.5203 Å²
2-	-	-8.6522 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.8288 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.418 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.08→29.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5718	0	27	137	5882

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.012	5906	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	7975	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2729	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		152	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		834	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5906	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.83
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.14
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		740	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6621	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.13 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	178	5.02 %
R_work	0.2637	3370	-
obs	-	-	99.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0014	0.8468	-0.4352	2.1734	0.5307	4.2945	0.1288	-0.1657	0.0866	0.0175	-0.0062	0.0138	0.2719	-0.1302	-0.1226	-0.0865	0.0021	-0.029	-0.1165	-0.0431	-0.0718	-31.2656	4.0171	13.6056
2	4.6533	0.3141	-1.0913	1.531	-0.0885	4.9009	-0.1669	-0.687	0.2203	0.0747	0.1966	-0.1638	-0.243	0.3913	-0.0297	-0.1767	-0.1746	-0.0036	0.0949	-0.1364	-0.2996	-13.1372	22.99	58.7203
3	7.489	0.924	1.4835	1.9697	0.6705	3.7113	0.4456	0.5487	-0.1904	-0.0113	-0.1832	-0.0725	0.1686	0.7146	-0.2624	-0.2563	0.018	-0.0352	-0.0182	-0.0634	-0.2314	-4.3561	13.2089	21.2121
4	2.2153	0.6391	0.918	2.1941	1.1621	5.5875	0.05	-0.263	0.0175	0.4591	-0.228	0.2782	0.728	-0.5285	0.178	-0.0756	-0.2906	0.1329	0.0343	-0.0959	-0.2792	-36.3155	6.2163	52.9753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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