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- PDB-4x4t: Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x4t
タイトルCrystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCACCA
要素
  • (G70A tRNA minihelix ending in ...) x 2
  • CCA-adding enzyme
  • RNA (5'-D(P*CP*G)-3')
  • RNA (5'-D(P*GP*G)-3')
キーワードtransferase/RNA / protein-RNA complex / tRNA / non-coding RNA / CCA-adding enzyme / nucleotidyltransferase / ncRNA / transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / tRNA surveillance / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal ...CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / RNA (> 10) / CCA-adding enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kuhn, C.-D. / Joshua-Tor, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: On-Enzyme Refolding Permits Small RNA and tRNA Surveillance by the CCA-Adding Enzyme.
著者: Kuhn, C.D. / Wilusz, J.E. / Zheng, Y. / Beal, P.A. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2014年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn ...entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCA-adding enzyme
B: G70A tRNA minihelix ending in CCACCA
C: CCA-adding enzyme
D: G70A tRNA minihelix ending in CCACCA
E: CCA-adding enzyme
F: CCA-adding enzyme
G: G70A tRNA minihelix ending in CCACCA
H: RNA (5'-D(P*CP*G)-3')
I: RNA (5'-D(P*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,81513
ポリマ－248,4339
非ポリマー3824
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22320 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area94260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.422, 83.959, 135.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological units are chains A+B and C+D

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ACEF

#1: タンパク質
CCA-adding enzyme / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA adenylyl-/cytidylyl- ...CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA adenylyl-/cytidylyl- transferase / tRNA nucleotidyltransferase / tRNA-NT


分子量: 53672.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌)
株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: cca, AF_2156 / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: O28126, CCA tRNA nucleotidyltransferase

-
G70A tRNA minihelix ending in ... , 2種, 3分子 BDG

#2: RNA鎖 G70A tRNA minihelix ending in CCACCA


分子量: 11149.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 G70A tRNA minihelix ending in CCACCA


分子量: 10193.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 HI

#4: RNA鎖 RNA (5'-D(P*CP*G)-3')


分子量: 605.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: RNA鎖 RNA (5'-D(P*GP*G)-3')


分子量: 645.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 361分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M NaK tartrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 87980 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 47.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / % possible all: 97.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→39.34 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 8495 5.01 %
Rwork0.186 --
obs0.188 -99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14515 1890 25 357 16787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6923856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0726935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.52840.32452880.26725378X-RAY DIFFRACTION99
2.5284-2.55810.29362820.25585361X-RAY DIFFRACTION99
2.5581-2.58930.30252820.24455323X-RAY DIFFRACTION99
2.5893-2.62210.2762790.22965449X-RAY DIFFRACTION99
2.6221-2.65660.25682770.21865287X-RAY DIFFRACTION99
2.6566-2.6930.27312980.2145468X-RAY DIFFRACTION99
2.693-2.73150.29612730.22645293X-RAY DIFFRACTION99
2.7315-2.77220.25852810.21495324X-RAY DIFFRACTION99
2.7722-2.81550.25172830.22195390X-RAY DIFFRACTION99
2.8155-2.86170.27372840.22185430X-RAY DIFFRACTION100
2.8617-2.9110.27162930.22725392X-RAY DIFFRACTION100
2.911-2.96390.25942810.22055335X-RAY DIFFRACTION100
2.9639-3.02090.26822870.22155424X-RAY DIFFRACTION99
3.0209-3.08250.30922830.23465353X-RAY DIFFRACTION99
3.0825-3.14950.26682870.22085357X-RAY DIFFRACTION99
3.1495-3.22280.26762860.21025404X-RAY DIFFRACTION99
3.2228-3.30330.23322810.2045340X-RAY DIFFRACTION99
3.3033-3.39260.25912830.19865402X-RAY DIFFRACTION99
3.3926-3.49240.22752820.19845333X-RAY DIFFRACTION99
3.4924-3.6050.23712780.18795375X-RAY DIFFRACTION99
3.605-3.73380.20562800.1875360X-RAY DIFFRACTION100
3.7338-3.88310.21662810.17595402X-RAY DIFFRACTION100
3.8831-4.05970.22192810.17425377X-RAY DIFFRACTION99
4.0597-4.27350.20012810.16075354X-RAY DIFFRACTION99
4.2735-4.54090.20682830.15425387X-RAY DIFFRACTION99
4.5409-4.89090.20022870.14345379X-RAY DIFFRACTION99
4.8909-5.3820.17922800.15595393X-RAY DIFFRACTION99
5.382-6.15820.19862850.16835369X-RAY DIFFRACTION99
6.1582-7.74890.19712800.16385374X-RAY DIFFRACTION100
7.7489-39.34360.21182890.16285355X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01080.00250.00290.0028-0.00930.01390.00820.36550.1162-0.1067-0.15-0.12420.05030.2486-00.70120.14180.22161.00320.11450.758677.257715.5508126.4688
2-0.00630.00310.00250.0127-0.02010.00730.18210.1143-0.2154-0.0512-0.0282-0.1540.19630.071100.84840.2226-0.06780.75250.01150.752467.1465-1.3868129.9599
30.2381-0.08120.05780.0768-0.00240.0360.26470.4051-0.0108-0.2759-0.1658-0.0750.1894-0.02510.15110.49130.14390.0310.62320.15810.328559.246717.4804139.7396
40.0178-0.00340.0186-0.00390.00060.00950.0990.04110.26780.05440.0409-0.1678-0.04090.181-00.39940.04630.04670.47690.1170.503674.96625.2881151.3519
50.069-0.03280.01630.1318-0.05420.06250.15040.0420.1079-0.14380.00150.07690.19970.1830.00020.40540.069-0.05090.2941-0.04420.359475.09765.9693165.9161
60.1063-0.0870.09070.08820.03030.2270.02850.01560.0003-0.0247-0.03230.0590.20670.072200.42420.0241-0.05420.218-0.04370.453767.34381.0123180.3272
70.00660.00520.00330.0049-0.0019-0.00160.1297-0.0354-0.02980.0190.15470.01280.0834-0.094101.0757-0.0085-0.01111.03410.02510.790653.4641-3.2379157.6473
80.00010.0012-0.00310.0023-0.00270.00650.00840.02840.0798-0.02380.07150.06490.0830.057501.2738-0.14310.00551.094-0.06940.745850.346-7.367178.7394
90.0112-0.0188-0.00560.0242-0.0066-0.001-0.077-0.00250.1290.10780.00790.17430.1117-0.046501.2057-0.19070.09611.2234-0.00550.620654.3766-2.1661156.0122
100.0017-0.00430.00140.0150.01070.0049-0.13320.09080.0052-0.19070.0294-0.0409-0.29230.2386-01.3429-0.37580.01260.8480.11830.4796124.5596.7186123.3946
110.0007-0.00250.0042-0.00150.0056-0.0014-0.02160.01450.0108-0.0154-0.032-0.183-0.11090.0314-00.9766-0.42530.13690.9693-0.1460.6849137.0428-4.0353130.5997
120.0011-0.00060.003-0.00170.00260.00120.06210.0061-0.00450.03620.0682-0.0934-0.0115-0.009301.1957-0.4212-0.02121.5856-0.01941.434147.26391.6045135.9144
130.0035-0.0015-0.00670.00110.0015-0.0018-0.0524-0.06810.02970.01220.0066-0.0387-0.17020.1722-00.8633-0.2581-0.02921.4155-0.36641.1795138.964-5.9238135.8242
140.04280.05250.01340.14640.07410.0501-0.09840.0719-0.1236-0.41320.3202-0.0341-0.27470.34670.32960.6613-0.3043-0.05760.5513-0.4092-0.4283118.1644-6.8277140.0052
150.01670.0178-0.0080.0314-0.0460.0920.03560.05070.0582-0.1429-0.07790.0709-0.2573-0.04390.01730.7041-0.0541-0.12510.4531-0.00740.2814109.33849.1887144.737
160.1584-0.21560.11060.8361-0.32990.2253-0.23040.3483-0.0904-0.08670.30120.031-0.42190.2850.09440.4437-0.1437-0.0070.5138-0.08210.3233124.331515.0409162.6749
170.00970.03430.02460.04280.05330.0796-0.0361-0.26040.1019-0.1414-0.0706-0.0765-0.15870.3201-0.00090.27610.01950.00210.50850.02280.3187124.56346.7003194.4685
180.13740.12860.05370.26130.16680.1247-0.0864-0.0737-0.0862-0.12970.2011-0.0234-0.14340.10820.00880.4028-0.1074-0.00880.4672-0.01390.3407126.29815.2145171.8447
19-0.0067-0.0060.02350.0364-0.05370.04990.0884-0.105-0.0252-0.07130.2601-0.05720.150.0230.04881.3849-0.0260.30331.58-0.15540.5664135.9165-4.0525173.8836
200.0018-0.0007-0.00110.0039-0.00070.00080.0388-0.0321-0.07260.02750.0979-0.11080.05290.07120.00041.30150.01090.04861.0658-0.20941.074135.3654-10.0162155.0679
210.0799-0.01760.01920.0032-0.007-0.0024-0.17430.3613-0.2158-0.1632-0.01090.13430.05180.1055-0.00370.58-0.11540.05830.4937-0.13380.49694.5853-33.222161.3322
22-0.0025-0.0004-0.01340.00630.00640.0065-0.0390.0046-0.08380.0188-0.0490.13510.03790.101600.4281-0.01740.04060.4551-0.06520.4799101.0382-19.7243166.8658
230.0070.0041-0.00210.00720.00470.0048-0.013-0.02120.00030.08570.10970.2208-0.02860.0032-00.499400.03370.5452-0.00280.574194.8293-7.0768168.174
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250.09280.0996-0.08370.0889-0.09250.0965-0.0816-0.0542-0.1687-0.0298-0.0128-0.13260.03520.1151-00.32640.06430.04270.3382-0.02340.4946100.0548-33.8293183.9709
260.01410-0.0057-0.00880.00150.015-0.0014-0.1208-0.12880.0327-0.0574-0.14590.1315-0.157300.44670.00440.03130.2998-0.0480.531684.985-42.1997183.9232
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280.0183-0.0025-0.00920.00210.00240.04950.0035-0.0770.2081-0.09010.06950.1375-0.05-0.011200.3714-0.02750.01790.3151-0.03820.50366.3717-15.4684224.9882
290.0395-0.0034-0.04070.01220.02110.02960.2106-0.09650.0666-0.08920.12450.0575-0.03060.028200.370.00830.00410.2933-0.00790.431166.2795-18.0775215.2777
300.0791-0.0119-0.07780.0241-0.02250.09750.15330.18970.0043-0.2037-0.11270.02830.06670.0159-00.40150.0054-0.04490.2114-0.00520.401769.2542-21.7885190.7386
310.15510.136-0.13640.0832-0.13580.1914-0.00070.03410.35920.0578-0.06810.30810.04250.2004-0.00050.3383-0.05970.02040.4435-0.02350.527495.1254-7.0922227.2248
320.07330.0491-0.09280.0717-0.05060.08780.0337-0.0131-0.0390.0413-0.11280.05470.03680.1984-00.32160.02230.02120.51380.04770.3236112.3624-10.0801214.5159
330.0041-0.00850.00980.03610.01690.05130.1533-0.09690.1221-0.0932-0.22550.0431-0.31210.1602-0.00070.3062-0.0756-0.01840.59910.04010.4053119.26545.4907212.7939
340.3609-0.0053-0.13140.2928-0.2830.30410.0291-0.0597-0.0309-0.03130.05120.1075-0.2845-0.1887-00.33740.0445-0.00740.4069-0.03780.3993103.202512.3768185.5474
350.0347-0.01150.06110.102500.02290.0092-0.16320.2945-0.22420.21440.33170.17440.17570.00550.3729-0.02030.05660.478-0.0130.354993.2788-10.3666197.5686
360.00780.00050.00160.0012-0.00140.00450.0241-00.0002-0.0011-0.00070.0004-0.00810.001-00.6561-0.0733-0.04420.86010.03670.9158123.1806-8.6766191.5736
370.00350.0016-0.00350.0012-0.0030.0036-0.00470.02120.0186-0.01240.0117-0.00860.00410.0113-01.0311-0.056-0.26350.94190.02780.850246.4191.9387183.3223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 39 THROUGH 115 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 116 THROUGH 231 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 232 THROUGH 263 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 264 THROUGH 333 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 334 THROUGH 437 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 9 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 10 THROUGH 19 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 20 THROUGH 34 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 37 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 38 THROUGH 73 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 74 THROUGH 96 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 97 THROUGH 129 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND (RESID 130 THROUGH 231 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND (RESID 232 THROUGH 263 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID 264 THROUGH 333 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'C' AND (RESID 334 THROUGH 367 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'C' AND (RESID 368 THROUGH 437 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 25 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESID 26 THROUGH 34 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'E' AND (RESID 1 THROUGH 38 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'E' AND (RESID 39 THROUGH 71 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'E' AND (RESID 72 THROUGH 97 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'E' AND (RESID 98 THROUGH 140 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'E' AND (RESID 141 THROUGH 231 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'E' AND (RESID 232 THROUGH 263 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'E' AND (RESID 264 THROUGH 333 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'E' AND (RESID 334 THROUGH 367 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'E' AND (RESID 368 THROUGH 395 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'E' AND (RESID 396 THROUGH 437 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'F' AND (RESID 1 THROUGH 144 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'F' AND (RESID 145 THROUGH 231 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'F' AND (RESID 232 THROUGH 263 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'F' AND (RESID 264 THROUGH 437 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'G' AND (RESID 1 THROUGH 31 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'H' AND (RESID 1 THROUGH 2 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'I' AND (RESID 1 THROUGH 2 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る