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万見
- PDB-4x48: Crystal structure of GluR2 ligand-binding core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x48
タイトルCrystal structure of GluR2 ligand-binding core
要素Glutamate receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / AMPA receptor / allosteric modulator
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / immunoglobulin binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / ligand-gated monoatomic cation channel activity / AMPA glutamate receptor activity / immunoglobulin binding / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / kainate selective glutamate receptor activity / AMPA glutamate receptor complex / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / ionotropic glutamate receptor complex / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate-gated receptor activity / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor binding / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / presynaptic active zone membrane / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / glutamate-gated calcium ion channel activity / dendrite cytoplasm / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / establishment of protein localization / synaptic membrane / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / terminal bouton / cerebral cortex development / Schaffer collateral - CA1 synapse / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic membrane / neuron projection / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / Chem-XPF / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Pandit, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: The Discovery and Characterization of the alpha-Amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic Acid (AMPA) Receptor Potentiator N-{(3S,4S)-4-[4-(5-Cyano-2-thienyl)phenoxy]tetrahydrofuran- ...タイトル: The Discovery and Characterization of the alpha-Amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic Acid (AMPA) Receptor Potentiator N-{(3S,4S)-4-[4-(5-Cyano-2-thienyl)phenoxy]tetrahydrofuran-3-yl}propane-2-sulfonamide (PF-04958242).
著者: Shaffer, C.L. / Patel, N.C. / Schwarz, J. / Scialis, R.J. / Wei, Y. / Hou, X.J. / Xie, L. / Karki, K. / Bryce, D.K. / Osgood, S.M. / Hoffmann, W.E. / Lazzaro, J.T. / Chang, C. / McGinnis, D.F. ...著者: Shaffer, C.L. / Patel, N.C. / Schwarz, J. / Scialis, R.J. / Wei, Y. / Hou, X.J. / Xie, L. / Karki, K. / Bryce, D.K. / Osgood, S.M. / Hoffmann, W.E. / Lazzaro, J.T. / Chang, C. / McGinnis, D.F. / Lotarski, S.M. / Liu, J. / Obach, R.S. / Weber, M.L. / Chen, L. / Zasadny, K.R. / Seymour, P.A. / Schmidt, C.J. / Hajos, M. / Hurst, R.S. / Pandit, J. / O'Donnell, C.J.
履歴
登録2014年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,58513
ポリマ－91,0323
非ポリマー1,55310
水12,647702
1
A: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5718
ポリマ－60,6882
非ポリマー8836
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
2
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子

B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,02910
ポリマ－60,6882
非ポリマー1,3418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area23220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.759, 164.965, 47.363
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Biological unit is a dimer. The asymmetric unit has 3 chains (A,B,C) of which chains A and C make one NCS-related dimer, and chain B makes a dimer with a crystallographic two-fold related partner.

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 30343.840 Da / 分子数: 3 / 断片: Ligand binding domain, engineered single chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19491
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-XPF / N-{(3S,4S)-4-[4-(5-cyanothiophen-2-yl)phenoxy]tetrahydrofuran-3-yl}propane-2-sulfonamide / PF-04958242


分子量: 392.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N2O4S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The protein solution contained 7 mg/ml GluR2-S1S2J, 10mM (S)-Glu, 10mM HEPES (pH 7.5), 20mM NaCl and 1mM EDTA. Compound was added to a final concentration of 150micromolar from a 30mM DMSO ...詳細: The protein solution contained 7 mg/ml GluR2-S1S2J, 10mM (S)-Glu, 10mM HEPES (pH 7.5), 20mM NaCl and 1mM EDTA. Compound was added to a final concentration of 150micromolar from a 30mM DMSO stock. To this solution, an equal amount of reservoir solution containing 10% PEG 8000, 0.1 M ZnAc and 0.1M NaAc, pH 5.5 was added, and 2microlitre drops of this mixture were allowed to equilibrate by vapor diffusion over a 1mL reservoir. Crystals appeared in the drops in 3-5 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.886→164.965 Å / Num. all: 69522 / Num. obs: 69522 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 31.53 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.074 / Net I/av σ(I): 5.979 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 372534
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.89-1.992.20.3921.81668074870.2930.392271.9
1.99-2.112.80.2362.92638793210.1590.2363.793.9
2.11-2.254.30.16744049794310.0970.1676.999.5
2.25-2.436.40.1474.45650287900.0690.14710.6100
2.43-2.676.70.1135.55449781290.0520.11314.4100
2.67-2.986.90.0926.15092174070.0420.09218.7100
2.98-3.446.90.0787.14531665650.0350.07823.6100
3.44-4.226.80.0668.73778455860.0290.06627100
4.22-5.966.70.0589.52946344290.0260.05827.8100
5.96-164.9656.10.052121448723770.0240.05226.793.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.9データスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BUSTER-TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LZ5

4lz5


解像度: 1.89→27.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9508 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9426 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1972 3546 5.13 %RANDOM
Rwork0.1734 ---
obs0.1747 69180 94.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 115.96 Å2 / Biso mean: 37.53 Å2 / Biso min: 14.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5672 Å20 Å20 Å2
2---2.7214 Å20 Å2
3---7.2885 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.214 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→27.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6035 0 113 702 6850
Biso mean--29.81 48.3 -
残基数----772
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2222SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes141HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes898HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6257HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion804SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7528SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6257HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8421HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.64
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 209 5.98 %
Rwork0.2164 3286 -
all0.2188 3495 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1861-0.3873-0.23951.36990.38331.6983-0.0470.0196-0.0012-0.0218-0.0162-0.03770.10740.29470.0632-0.05590.0209-0.0171-0.00840.034-0.043676.769930.049541.8267
20.87850.08940.35171.54730.55311.2464-0.0215-0.0094-0.03060.02980.00310.02350.12010.120.0185-0.06330.03040.0191-0.06390.0172-0.036166.501570.275851.3508
31.8754-0.24410.14940.9807-0.27471.8269-0.0480.1013-0.0369-0.09260.0294-0.0243-0.0303-0.16650.0186-0.0374-0.0366-0.0057-0.0413-0.0401-0.050247.040923.485141.5787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|393 - A|508 A|632 - A|773 }A393 - 508
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|393 - A|508 A|632 - A|773 }A632 - 773
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|394 - B|508 B|632 - B|773 }B394 - 508
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|394 - B|508 B|632 - B|773 }B632 - 773
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|394 - C|508 C|632 - C|773 }C394 - 508
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|394 - C|508 C|632 - C|773 }C632 - 773

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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