PDB-4x44: Crystal Structure of Mutant R89Q of human Adenine phosphoribosylt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x44

タイトル

Crystal Structure of Mutant R89Q of human Adenine phosphoribosyltransferase

要素

Adenine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / APRT

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective APRT disrupts adenine salvage / adenine binding / adenine salvage / adenine phosphoribosyltransferase / adenine phosphoribosyltransferase activity / Purine salvage / grooming behavior / GMP salvage / IMP salvage / AMP salvage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.0535 Å

データ登録者

Pimenta, A. / Pereira, H.M. / Mercaldi, G. / Thiemann, O.H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Mutant R89Q of human Adenine phosphoribosyltransferase
著者: Pimenta, A. / Pereira, H.M. / Mercaldi, G. / Thiemann, O.H.

履歴

登録	2014年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x44.cif.gz	89.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x44.ent.gz	65.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/4x44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/4x44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x45
類似構造データ	6fcl-d 5y07-d 5yw5-1 6uff-2 6kd0-d 4m0k-2 1l1q-1 4f10-1 5b6h-1 6fd6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (5) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (5)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Adenine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.493, 59.493, 109.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1175- HOH

#1: タンパク質	Adenine phosphoribosyltransferase / APRT 分子量: 19600.662 Da / 分子数: 1 / 変異: R89Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APRT / プラスミド: pet29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P07741, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25.5% PEG 4000, 85mM Tris pH 8.5, 170mM Sodium acetate, 15% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.458 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.458 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.053→52.305 Å / Num. all: 12943 / Num. obs: 12943 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.137 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.149 / R_sym value: 0.137 / Net I/av σ(I): 5.034 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 85146

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.053-2.16	6.6	0.478	1.5	11962	1807	0.2	0.478	3.7	100
2.16-2.29	6.6	0.37	2	11667	1760	0.155	0.37	4.9	100
2.29-2.45	6.7	0.306	2.4	10922	1636	0.128	0.306	6	100
2.45-2.65	6.7	0.231	3.2	10316	1549	0.096	0.231	8.5	100
2.65-2.9	6.7	0.182	4.1	9483	1422	0.076	0.182	10.8	100
2.9-3.24	6.6	0.118	6.2	8661	1303	0.049	0.118	15.6	100
3.24-3.74	6.6	0.095	7	7699	1160	0.04	0.095	21	100
3.74-4.58	6.5	0.065	10.2	6549	1004	0.028	0.065	26.9	100
4.58-6.48	6.3	0.057	10.8	5099	803	0.024	0.057	30.7	100
6.48-54.886	5.6	0.046	13.1	2788	499	0.021	0.046	32.7	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.0535→52.305 Å / FOM work R set: 0.8731 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2033	628	4.87 %	Random selection
R_work	0.17	12261	-	-
obs	0.1716	12889	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.13 Å² / B_iso mean: 20.23 Å² / B_iso min: 7.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.0535→52.305 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1352	0	34	214	1600
B_iso mean	-	-	26.39	32.02	-
残基数	-	-	-	-	177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1414
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.661	1920
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	216
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.536	539

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0535-2.2601	0.2589	144	0.1993	2953	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2601-2.5872	0.2369	159	0.1842	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5872-3.2595	0.2174	159	0.1735	3050	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2595-52.32	0.1652	166	0.1526	3234	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2608	0.7104	0.1512	3.5641	0.0869	4.0435	-0.1049	-0.3385	-0.5608	0.281	-0.0891	-0.2208	0.3057	0.1753	0.0942	0.1588	0.0092	0.0287	0.1672	0.0562	0.2203	-8.9058	-14.5224	35.2639
2	2.6165	-0.0197	-0.5454	2.318	0.1771	2.0516	-0.0693	-0.0303	0.1179	0.0762	-0.0039	0.2138	-0.0781	-0.1081	0.0637	0.0914	0.0082	0.0113	0.13	0.021	0.1123	-17.7092	-1.3592	36.731
3	0.3612	0.391	0.5762	1.0342	0.8973	5.2911	0.0421	0.0335	-0.0553	-0.0255	-0.1143	0.0131	0.3454	0.2245	-0.0225	0.129	0.0353	0.019	0.101	0.0149	0.138	-3.8224	-11.7717	23.9115
4	2.265	-0.9669	-0.9087	2.5747	0.4969	2.8682	0.0477	0.0185	-0.1264	0.025	-0.0551	-0.0478	-0.0067	0.0641	0.0361	0.1192	-0.0152	0.0064	0.0934	0.0216	0.1292	-3.663	-1.8044	20.0445
5	1.045	-0.8295	0.5247	2.65	-0.6083	1.2919	-0.0934	-0.1273	0.2081	0.1797	0.0871	-0.0972	-0.1436	0.0638	0.0364	0.0999	-0.0169	0.002	0.1227	-0.0047	0.1347	-6.3198	9.6008	17.6422
6	1.8948	0.659	-0.0225	2.3853	-0.6206	2.0918	0.0554	-0.3522	-0.0326	0.2017	0.1509	0.39	-0.1073	-0.1758	-0.1318	0.1546	0.0414	0.0214	0.1892	0.0284	0.1866	-19.3027	9.8801	16.3553
7	0.7925	-0.0774	0.1198	1.5522	-0.7176	2.0573	-0.0163	0.0322	-0.0001	-0.1259	0.073	0.0147	0.1686	0.1204	-0.075	0.1081	0.0004	-0.0109	0.0886	0.0039	0.1187	-11.4499	1.9721	12.9393
8	1.6018	0.21	-0.9016	1.3302	-0.5009	1.9703	-0.1148	0.0893	-0.1339	-0.1878	0.0771	0.2313	0.2829	-0.266	0.021	0.137	-0.0119	-0.0196	0.1268	-0.0042	0.1472	-17.5304	-6.0822	17.2136
9	0.7598	0.2097	0.256	2.3579	-1.1697	4.8905	0.0315	-0.0245	-0.1754	-0.1416	0.0756	0.1502	0.1365	-0.4317	-0.0812	0.1308	-0.0056	-0.017	0.1292	-0.0166	0.1072	-17.4892	-10.3575	21.986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 12 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 35 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 54 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 55 through 79 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 80 through 95 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 96 through 113 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 114 through 146 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 147 through 168 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 169 through 180 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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