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万見
- PDB-4x3v: Crystal structure of human ribonucleotide reductase 1 bound to in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x3v
タイトルCrystal structure of human ribonucleotide reductase 1 bound to inhibitor
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Complex / reducatse / inhibitor / enzyme / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / cell proliferation in forebrain / ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / mitochondrial DNA replication / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase ...ribonucleoside-diphosphate reductase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / cell proliferation in forebrain / ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / mitochondrial DNA replication / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein heterotetramerization / response to ionizing radiation / DNA synthesis involved in DNA repair / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriolar satellite / male gonad development / disordered domain specific binding / nuclear envelope / retina development in camera-type eye / ciliary basal body / DNA repair / neuronal cell body / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal ...ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, class I , alpha subunit / Ribonucleotide reductase large subunit signature. / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3X4 / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Dealwis, C.G. / Ahmad, M.F. / Alam, I.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM100887-01 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA100827-04A1 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Identification of Non-nucleoside Human Ribonucleotide Reductase Modulators.
著者: Ahmad, M.F. / Huff, S.E. / Pink, J. / Alam, I. / Zhang, A. / Perry, K. / Harris, M.E. / Misko, T. / Porwal, S.K. / Oleinick, N.L. / Miyagi, M. / Viswanathan, R. / Dealwis, C.G.
履歴
登録2014年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月6日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,7415
ポリマ－180,3582
非ポリマー1,3833
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area49870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.880, 110.498, 216.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M1 / Ribonucleotide reductase large subunit


分子量: 90179.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRM1, RR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23921, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#3: 化合物 ChemComp-3X4 / N~6~-{N-[(1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)acetyl]-2-methyl-D-alanyl}-D-lysine


分子量: 418.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N4O6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.9
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.9, 0.2 M LiSO4, 19% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→200 Å / Num. obs: 19866 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HNC

3hnc


解像度: 3.7→108.361 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 1834 10.01 %
Rwork0.2323 --
obs0.2381 18327 95.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→108.361 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11296 0 88 0 11384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.78815836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0294184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082027
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7003-3.80040.40721440.33651289X-RAY DIFFRACTION98
3.8004-3.91220.39261400.29531262X-RAY DIFFRACTION98
3.9122-4.03850.32511400.28791261X-RAY DIFFRACTION97
4.0385-4.18290.30811390.27381258X-RAY DIFFRACTION97
4.1829-4.35030.33631410.25151254X-RAY DIFFRACTION97
4.3503-4.54830.2911400.2491261X-RAY DIFFRACTION95
4.5483-4.78810.33021400.25641259X-RAY DIFFRACTION96
4.7881-5.08810.3381400.25371262X-RAY DIFFRACTION96
5.0881-5.4810.28571400.23971267X-RAY DIFFRACTION96
5.481-6.03250.31221410.24281264X-RAY DIFFRACTION95
6.0325-6.90530.30231400.23291261X-RAY DIFFRACTION95
6.9053-8.69930.25581420.19151277X-RAY DIFFRACTION95
8.6993-108.40690.20961470.17351318X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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