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万見
- PDB-4x3o: Sirt2 in complex with a myristoyl peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x3o
タイトルSirt2 in complex with a myristoyl peptide
要素
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
  • peptide PRO-LYS-LYS-THR-GLY
キーワードHYDROLASE/PEPTIDE / complex / Sirt2 / myristoyl peptide / HYDROLASE-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / tubulin deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / peptidyl-lysine deacetylation / mitotic nuclear membrane reassembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / tubulin deacetylase activity / regulation of exit from mitosis / paranode region of axon / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / chromatin silencing complex / regulation of phosphorylation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / protein deacetylation / NAD-dependent histone deacetylase activity / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / protein lysine deacetylase activity / meiotic spindle / response to redox state / regulation of myelination / histone acetyltransferase binding / histone deacetylase activity / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of execution phase of apoptosis / glial cell projection / positive regulation of cell division / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA binding / heterochromatin / heterochromatin formation / epigenetic regulation of gene expression / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cellular response to epinephrine stimulus / substantia nigra development / centriole / negative regulation of autophagy / meiotic cell cycle / ubiquitin binding / negative regulation of protein catabolic process / mitotic spindle / autophagy / histone deacetylase binding / spindle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / myelin sheath / chromosome / midbody / cellular response to oxidative stress / growth cone / cellular response to hypoxia / perikaryon / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / microtubule / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / cell division / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3Y0 / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wang, Y. / Zhang, W.Z. / Hao, Q.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017
タイトル: Deacylation Mechanism by SIRT2 Revealed in the 1'-SH-2'-O-Myristoyl Intermediate Structure.
著者: Wang, Y. / Fung, Y.M.E. / Zhang, W. / He, B. / Chung, M.W.H. / Jin, J. / Hu, J. / Lin, H. / Hao, Q.
履歴
登録2014年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
C: peptide PRO-LYS-LYS-THR-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8846
ポリマ－34,9362
非ポリマー9474
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.433, 77.594, 56.249
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-like protein 2


分子量: 34404.691 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 52-355 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IXJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド peptide PRO-LYS-LYS-THR-GLY


分子量: 531.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 304分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-3Y0 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3R,4R,5R)-3-oxidanyl-5-sulfanyl-4-tridecoxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 757.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H49N5O13P2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES, 5% Glycerol / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97906 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97906 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→55.8 Å / Num. obs: 51055 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.851 / Net I/av σ(I): 16.736 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 208519
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.534.10.50624880.8530.2850.5830.875100
1.53-1.554.10.44825650.8710.2530.5160.90999.9
1.55-1.584.10.34325210.9280.1930.3950.906100
1.58-1.624.10.30825590.9390.1730.3540.926100
1.62-1.654.10.2625510.9450.1470.30.919100
1.65-1.694.10.23225220.960.130.2670.9100
1.69-1.734.10.19825410.9660.1110.2280.935100
1.73-1.784.10.16425400.9690.0920.1890.899100
1.78-1.834.10.13325390.980.0740.1530.86299.9
1.83-1.894.10.11325420.9820.0620.1290.887100
1.89-1.964.10.09825510.9840.0540.1120.81999.9
1.96-2.044.20.08225300.9880.0450.0940.8100
2.04-2.134.10.07225390.990.0390.0820.75100
2.13-2.244.10.06725570.990.0370.0770.70899.9
2.24-2.384.10.06525430.990.0360.0740.726100
2.38-2.564.10.06925520.9880.0390.080.867100
2.56-2.824.10.07325510.9880.0410.0841.085100
2.82-3.234.10.07125690.9880.040.0821.075100
3.23-4.0740.05325620.9910.0310.0610.62499.6
4.07-5040.0525010.9890.030.0590.53295.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.287 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1566 2479 5 %RANDOM
Rwork0.1211 ---
obs0.1229 46767 96.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.43 Å2 / Biso mean: 18.811 Å2 / Biso min: 6.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.06 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2407 0 58 300 2765
Biso mean--17.36 35.39 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.9983636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95635910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8455334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94623.814118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.37415477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3351517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5041.5311294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4981.5281293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9562.2941639
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.26135226
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free39.6586
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.58555367
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 154 -
Rwork0.159 2608 -
all-2762 -
obs--74.11 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.9915 Å / Origin y: 6.2592 Å / Origin z: 20.6993 Å
111213212223313233
T0.0033 Å2-0.0003 Å20.0025 Å2-0.0003 Å2-0.0005 Å2--0.0024 Å2
L0.0104 °2-0.0031 °2-0.012 °2-0.0238 °2-0.0109 °2--0.0308 °2
S-0.0006 Å °0.001 Å °-0.002 Å °-0.0001 Å °0.0006 Å °0.0014 Å °-0 Å °-0.0006 Å °-0 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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