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万見
- PDB-4x3e: Crystal structure of EED in complex with a trimethylated Jarid2 p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x3e
タイトルCrystal structure of EED in complex with a trimethylated Jarid2 peptide
要素
  • ALA-GLN-ARG-M3L-PHE-ALA-GLN-SER
  • Polycomb protein EED
キーワードTRANSCRIPTION / Gene regulation / histone binding / WD40
機能・相同性
機能・相同性情報


ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / chromosome / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb protein EED
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Justin, N. / Gamblin, S.J. / Margueron, R.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Jarid2 Methylation via the PRC2 Complex Regulates H3K27me3 Deposition during Cell Differentiation.
著者: Sanulli, S. / Justin, N. / Teissandier, A. / Ancelin, K. / Portoso, M. / Caron, M. / Michaud, A. / Lombard, B. / da Rocha, S.T. / Offer, J. / Loew, D. / Servant, N. / Wassef, M. / Burlina, F. ...著者: Sanulli, S. / Justin, N. / Teissandier, A. / Ancelin, K. / Portoso, M. / Caron, M. / Michaud, A. / Lombard, B. / da Rocha, S.T. / Offer, J. / Loew, D. / Servant, N. / Wassef, M. / Burlina, F. / Gamblin, S.J. / Heard, E. / Margueron, R.
履歴
登録2014年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年3月18日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
B: ALA-GLN-ARG-M3L-PHE-ALA-GLN-SER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9832
ポリマ－43,9832
非ポリマー00
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.419, 58.144, 127.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42314.145 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 77-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#2: タンパク質・ペプチド ALA-GLN-ARG-M3L-PHE-ALA-GLN-SER


分子量: 1668.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 16463 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 38.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IIW

3iiw


解像度: 2.3→29.072 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 837 5.08 %
Rwork0.171 --
obs0.1736 16463 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.35 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0225 Å20 Å20 Å2
2--2.5467 Å20 Å2
3---3.4757 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.072 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2972 0 0 175 3147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0744124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5641113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003528
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.4440.26011270.19722370X-RAY DIFFRACTION90
2.444-2.63260.25751400.1992619X-RAY DIFFRACTION99
2.6326-2.89730.29041500.19742608X-RAY DIFFRACTION100
2.8973-3.31610.23391420.17472629X-RAY DIFFRACTION99
3.3161-4.17590.17391360.14932650X-RAY DIFFRACTION99
4.1759-29.07430.20141420.15722750X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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