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- PDB-4x2h: Sac3N peptide bound to Mex67:Mtr2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x2h
タイトルSac3N peptide bound to Mex67:Mtr2
要素
  • Putative mRNA export protein
  • Putative uncharacterized protein
  • SER-SER-VAL-PHE-GLY-ALA-PRO-ALA
キーワードTRANSCRIPTION / mRNA nuclear export / TREX-2
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA transport / nucleus
類似検索 - 分子機能
SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP/THP3 / SAC3/GANP family / Mex67, RNA recognition motif / RNA recognition motif / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein ...SAC3/GANP/THP3, conserved domain / SAC3/GANP/THP3 / SAC3/GANP family / Mex67, RNA recognition motif / RNA recognition motif / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative mRNA export protein / NTF2 domain-containing protein / Putative SAC3 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Aibara, S. / Valkov, E. / Stewart, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Characterization of the Chaetomium thermophilum TREX-2 Complex and its Interaction with the mRNA Nuclear Export Factor Mex67:Mtr2.
著者: Dimitrova, L. / Valkov, E. / Aibara, S. / Flemming, D. / McLaughlin, S.H. / Hurt, E. / Stewart, M.
履歴
登録2014年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative mRNA export protein
B: Putative uncharacterized protein
C: SER-SER-VAL-PHE-GLY-ALA-PRO-ALA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6123
ポリマ－44,6123
非ポリマー00
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.019, 74.195, 54.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative mRNA export protein


分子量: 21617.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0059630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SET4
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 20909.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0065500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SG92
#3: タンパク質・ペプチド SER-SER-VAL-PHE-GLY-ALA-PRO-ALA


分子量: 2085.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SGL4*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 400, 0.1M NaCl, 0.1M MgCl2, 0.1 M Na Citrate, pH 5.5. See publication for complete details.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.9 Å / Num. obs: 36313 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.8→44.9 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 1839 5.07 %
Rwork0.1642 --
obs0.1654 36278 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2981 0 0 313 3294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043068
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8894184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7261123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004549
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.84870.24741250.2572630X-RAY DIFFRACTION100
1.8487-1.90310.24851410.22662653X-RAY DIFFRACTION100
1.9031-1.96450.22881410.20292624X-RAY DIFFRACTION100
1.9645-2.03470.23811380.19362650X-RAY DIFFRACTION100
2.0347-2.11620.21591550.1812637X-RAY DIFFRACTION100
2.1162-2.21250.20871460.1732619X-RAY DIFFRACTION100
2.2125-2.32910.22241110.172663X-RAY DIFFRACTION100
2.3291-2.47510.18571450.16342659X-RAY DIFFRACTION100
2.4751-2.66610.17791500.16662623X-RAY DIFFRACTION100
2.6661-2.93440.1851540.16032654X-RAY DIFFRACTION100
2.9344-3.35890.16531340.15312659X-RAY DIFFRACTION100
3.3589-4.23130.15941620.13882659X-RAY DIFFRACTION100
4.2313-44.91350.16161370.14112709X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3766-0.03440.06710.2998-0.02430.14330.0346-0.00290.0739-0.0389-0.006-0.0739-0.05130.09040.00010.1319-0.0133-0.01110.1267-0.00140.1551-59.8414-219.56668.3787
2-0.0021-0.00630.00790.00080.00520.0043-0.2227-0.0661-0.2237-0.1407-0.12340.06030.0240.0547-00.27110.0373-0.01250.27760.01580.3741-56.5839-233.763680.2217
30.35350.14080.05940.2488-0.01480.09340.0270.02950.07430.0451-0.0202-0.097-0.04120.0426-0.00320.1044-0.0082-0.00820.12330.00780.1306-62.1391-217.529168.7441
40.1089-0.01-0.1292-0.01660.02680.1724-0.08490.0333-0.04520.0353-0.0674-0.02240.2516-0.0098-0.02560.16980.010.00490.10090.0010.1379-75.134-237.55268.6105
50.137-0.0275-0.01930.0219-0.05050.0675-0.06380.09620.01310.0277-0.00120.02470.0375-0.12570.00030.1072-0.0084-0.00030.1151-0.01450.1211-87.2476-227.738669.52
60.0626-0.05920.0830.1224-0.13220.1133-0.04440.00940.0217-0.0539-0.03180.0431-0.0326-0.1427-0.04910.1053-0.0015-0.02640.1591-0.02110.125-83.3976-229.55952.252
70.0880.21640.06360.31220.06030.1159-0.0069-0.0113-0.06170.0302-0.0278-0.00740.0469-0.0161-0.00350.090.01510.00290.0864-0.00140.0773-74.1085-231.627469.0241
80.06580.0310.00220.035-0.00570.00250.0517-0.1628-0.07950.14480.03970.091-0.0061-0.13050.00610.1407-0.03680.02220.13260.04420.1443-85.7886-239.01279.5036
90.038-0.0208-0.00070.00730.02230.02050.03780.02540.076-0.01330.060.01680.02080.0036-0.00150.1138-0.00340.01050.09280.00580.1163-76.5915-225.472764.5293
100.0091-0.0014-0.00270.0038-0.00680.014-0.07190.04370.11570.10340.0218-0.0399-0.0282-0.1-0.00010.26850.01650.03010.1734-0.00110.1557-77.3678-209.63581.8458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 365 through 439 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 440 through 453 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 454 through 556 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 20 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 21 through 48 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 49 through 84 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 85 through 157 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 158 through 172 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 173 through 183 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 15 through 20 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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