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万見
- PDB-4x23: CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x23
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE
要素
  • (DNA (147-MER)) x 2
  • CENP-C
  • Histone H2A
  • Histone H2B
  • Histone H3
  • Histone H4
キーワードstructural protein/dna / NUCLEOSOME CORE PARTICLE / WIDOM 601 DNA FRAGMMENT / HISTONE FOLD / CENP-C COMPLEX / SEGREGATION / CHROMOSOME CENTROMERE / KINETOCHORE ASSEMBLY / CONSTITUTIVE CENTROMERE-ASSOCIATED NETWORK (CCAN) PROTEINS / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex ...HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex / RMTs methylate histone arginines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / polytene chromosome band / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Ub-specific processing proteases / RNA Polymerase I Promoter Escape / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / larval somatic muscle development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / HATs acetylate histones / spindle attachment to meiosis I kinetochore / UCH proteinases / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / polytene chromosome / centromeric DNA binding / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / inner kinetochore / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / pericentric heterochromatin / chromosome segregation / kinetochore / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / mitotic cell cycle / chromatin organization / chromosome / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / chromatin / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
CENP-C, middle DNMT3B-binding domain / Centromere assembly component CENP-C middle DNMT3B-binding region / Kinetochore assembly subunit CENP-C, N-terminal domain / Kinetochore assembly subunit CENP-C N-terminal / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / Histone, subunit A / Histone, subunit A / RmlC-like cupin domain superfamily ...CENP-C, middle DNMT3B-binding domain / Centromere assembly component CENP-C middle DNMT3B-binding region / Kinetochore assembly subunit CENP-C, N-terminal domain / Kinetochore assembly subunit CENP-C N-terminal / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / Histone, subunit A / Histone, subunit A / RmlC-like cupin domain superfamily / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / RmlC-like jelly roll fold / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B / Histone H3 / Histone H4 / Histone H2A / CENP-C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jiang, J.S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: A conserved mechanism for centromeric nucleosome recognition by centromere protein CENP-C.
著者: Kato, H. / Jiang, J.S. / Zhou, B.R. / Rozendaal, M. / Feng, H. / Ghirlando, R. / Xiao, T.S. / Straight, A.F. / Bai, Y.
履歴
登録2014年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年12月10日ID: 4INM
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Derived calculations
改定 1.22016年7月13日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: DNA (147-MER)
J: DNA (147-MER)
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B
V: CENP-C
U: CENP-C
S: DNA (147-MER)
T: DNA (147-MER)
K: Histone H3
L: Histone H4
M: Histone H2A
N: Histone H2B
O: Histone H3
P: Histone H4
Q: Histone H2A
R: Histone H2B
X: CENP-C
W: CENP-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,94424
ポリマ－359,94424
非ポリマー00
水00
1
I: DNA (147-MER)
J: DNA (147-MER)
A: Histone H3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B
E: Histone H3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B
V: CENP-C
U: CENP-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,97212
ポリマ－179,97212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
S: DNA (147-MER)
T: DNA (147-MER)
K: Histone H3
L: Histone H4
M: Histone H2A
N: Histone H2B
O: Histone H3
P: Histone H4
Q: Histone H2A
R: Histone H2B
X: CENP-C
W: CENP-C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,97212
ポリマ－179,97212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.994, 176.102, 208.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 ISJT

#1: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45138.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 147 BP WIDOM 601 DNA FRAGMENT (+ STRAND) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (147-MER)


分子量: 45610.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 147 BP WIDOM 601 DNA FRAGMENT (- STRAND) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 , 4種, 16分子 AEKOBFLPCGMQDHNR

#3: タンパク質
Histone H3


分子量: 11365.296 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 41-133 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02299
#4: タンパク質
Histone H4


分子量: 8910.394 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 25-103 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84040
#5: タンパク質
Histone H2A


分子量: 11093.877 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 16-117 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84051
#6: タンパク質
Histone H2B


分子量: 10019.455 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 33-122 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: His2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02283

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タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 VUXW

#7: タンパク質・ペプチド
CENP-C


分子量: 3222.686 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 710-734 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q66LH7

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詳細

配列の詳細THE DISCREPANCY AT THE C-TERM OF H3 SEQUENCES (CHAINS A,E,K,O) IS A RESULT OF CHIMERIC CENP-A, I.E. ...THE DISCREPANCY AT THE C-TERM OF H3 SEQUENCES (CHAINS A,E,K,O) IS A RESULT OF CHIMERIC CENP-A, I.E. THE LAST THREE RESIDUES OF H3 (-ERA) TO THE LAST SIX RESIDUES OF CENP-A (-IEGGLG)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K
PH範囲: 7.4 - 7.6

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12741
22741
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.033
シンクロトロンNSLS X29A21.075
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2012年8月13日
ADSC QUANTUM 3152CCD2012年6月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0331
21.0751
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 48623 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 122.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 78.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1690)精密化
XDSデータスケーリング
Blu-Iceデータ収集
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS1.3精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PYO, 3MVD

2pyo

3mvd


解像度: 3.5→49.543 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.82 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: CNS 1.3 WAS USED FOR LOW RESOLUTION REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2856 1838 3.78 %Random
Rwork0.2362 ---
obs0.2382 48623 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 157.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.543 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12002 11972 0 0 23974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00325588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55937074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.07110504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0224220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.59460.42491380.353537X-RAY DIFFRACTION100
3.5946-3.70030.36361400.33133545X-RAY DIFFRACTION100
3.7003-3.81970.38771400.31593554X-RAY DIFFRACTION100
3.8197-3.95620.40041390.30383540X-RAY DIFFRACTION100
3.9562-4.11450.32691400.29043572X-RAY DIFFRACTION100
4.1145-4.30170.35221400.2713564X-RAY DIFFRACTION100
4.3017-4.52830.27841410.24493574X-RAY DIFFRACTION100
4.5283-4.81180.24861400.24033564X-RAY DIFFRACTION100
4.8118-5.1830.26051420.24483618X-RAY DIFFRACTION100
5.183-5.70390.34261410.27713595X-RAY DIFFRACTION100
5.7039-6.52770.35331420.26713638X-RAY DIFFRACTION100
6.5277-8.21810.27181450.22553651X-RAY DIFFRACTION100
8.2181-49.54820.20191500.15933833X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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