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- PDB-4x11: JC Polyomavirus genotype 3 VP1 in complex with GD1a oligosaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x11
タイトルJC Polyomavirus genotype 3 VP1 in complex with GD1a oligosaccharide
要素Major capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / beta-sandwich / jelly-roll / viral major capsid protein
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種JC polyomavirus type 3 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stroh, L.J. / Stehle, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: The Greater Affinity of JC Polyomavirus Capsid for alpha 2,6-Linked Lactoseries Tetrasaccharide c than for Other Sialylated Glycans Is a Major Determinant of Infectivity.
著者: Stroh, L.J. / Maginnis, M.S. / Blaum, B.S. / Nelson, C.D. / Neu, U. / Gee, G.V. / O'Hara, B.A. / Motamedi, N. / DiMaio, D. / Atwood, W.J. / Stehle, T.
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 2.02018年1月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 2.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Major capsid protein
E: Major capsid protein
A: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,56932
ポリマ－150,1695
非ポリマー2,40027
水14,574809
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29590 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area44100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.140, 96.100, 127.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRASPASPAC31 - 5114 - 34
21THRTHRASPASPBA31 - 5114 - 34
31THRTHRASPASPCD31 - 5114 - 34
41THRTHRASPASPDE31 - 5114 - 34
51THRTHRASPASPEB31 - 5114 - 34
12PROPROILEILEAC72 - 8555 - 68
22PROPROILEILEBA72 - 8555 - 68
32PROPROILEILECD72 - 8555 - 68
42PROPROILEILEDE72 - 8555 - 68
52PROPROILEILEEB72 - 8555 - 68
13METMETSERSERAC101 - 12284 - 105
23METMETSERSERBA101 - 12284 - 105
33METMETSERSERCD101 - 12284 - 105
43METMETSERSERDE101 - 12284 - 105
53METMETSERSEREB101 - 12284 - 105
14GLYGLYTHRTHRAC124 - 162107 - 145
24GLYGLYTHRTHRBA124 - 162107 - 145
34GLYGLYTHRTHRCD124 - 162107 - 145
44GLYGLYTHRTHRDE124 - 162107 - 145
54GLYGLYTHRTHREB124 - 162107 - 145
15GLNGLNLEULEUAC177 - 189160 - 172
25GLNGLNLEULEUBA177 - 189160 - 172
35GLNGLNLEULEUCD177 - 189160 - 172
45GLNGLNLEULEUDE177 - 189160 - 172
55GLNGLNLEULEUEB177 - 189160 - 172
16ALAALATHRTHRAC194 - 205177 - 188
26ALAALATHRTHRBA194 - 205177 - 188
36ALAALATHRTHRCD194 - 205177 - 188
46ALAALATHRTHRDE194 - 205177 - 188
56ALAALATHRTHREB194 - 205177 - 188
17LEULEUTHRTHRAC251 - 263234 - 246
27LEULEUTHRTHRBA251 - 263234 - 246
37LEULEUTHRTHRCD251 - 263234 - 246
47LEULEUTHRTHRDE251 - 263234 - 246
57LEULEUTHRTHREB251 - 263234 - 246
18SERSERVALVALAC266 - 280249 - 263
28SERSERVALVALBA266 - 280249 - 263
38SERSERVALVALCD266 - 280249 - 263
48SERSERVALVALDE266 - 280249 - 263
58SERSERVALVALEB266 - 280249 - 263
19ASNASNASPASPAC207 - 238190 - 221
29ASNASNASPASPBA207 - 238190 - 221
39ASNASNASPASPCD207 - 238190 - 221
49ASNASNASPASPDE207 - 238190 - 221
59ASNASNASPASPEB207 - 238190 - 221
110PHEPHEASPASPAC240 - 249223 - 232
210PHEPHEASPASPBA240 - 249223 - 232
310PHEPHEASPASPCD240 - 249223 - 232
410PHEPHEASPASPDE240 - 249223 - 232
510PHEPHEASPASPEB240 - 249223 - 232

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.451519, 0.845478, 0.285126), (-0.848758, 0.308422, 0.429519), (0.27521, -0.435939, 0.856865)11.17803, 19.80594, -5.59297
3given(-0.4413, 0.519369, 0.731786), (-0.531224, -0.808442, 0.253421), (0.723225, -0.276908, 0.632667)31.76874, 14.2523, -15.88011
4given(-0.439507, -0.527521, 0.727018), (0.514447, -0.811317, -0.277687), (0.736327, 0.251967, 0.627961)32.88104, -9.09463, -16.85301
5given(0.450289, -0.847718, 0.280383), (0.845695, 0.304183, -0.43849), (0.286428, 0.434566, 0.85388)13.22305, -17.86649, -7.04965

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 BEACD

#1: タンパク質
Major capsid protein / VP1 / VP1 capsid protein


分子量: 30033.795 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) JC polyomavirus type 3 (ウイルス)
遺伝子: VP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P90498
#2: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 833分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 809 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M KSCN, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月12日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 81125 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NXG

3nxg


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.6 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20148 3823 5 %RANDOM
Rwork0.1608 ---
obs0.16285 71920 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0 Å2-0.53 Å2
2--1.99 Å2-0 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9855 0 149 809 10813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910218
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.96213887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.754321820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.50751273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.61324.315445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.599151601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3251554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3113.2655107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.313.2655106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9174.3876366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9184.3886367
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.574.0645111
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5674.0645111
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5375.1657519
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.1857.18411636
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.1887.18511637
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2780 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.190.5
Bmedium positional0.280.5
Cmedium positional0.220.5
Dmedium positional0.210.5
Emedium positional0.190.5
Amedium thermal1.522
Bmedium thermal1.592
Cmedium thermal1.572
Dmedium thermal1.592
Emedium thermal1.582
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 251 -
Rwork0.226 5298 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.26850.13990.48510.99310.23441.06220.0107-0.1418-0.00860.08860.04820.06660.0064-0.455-0.0590.0120.0175-0.00880.23170.01340.075311.76948.870639.116
20.58820.00470.25021.0888-0.02360.9071-0.0206-0.03510.03490.08740.0179-0.0589-0.0614-0.07260.00270.0130.01630.00080.09560.00390.035318.39389.739239.8941
31.2865-0.06572.32630.17140.19517.67060.088-0.0234-0.16850.09450.02390.03310.31290.1266-0.11190.0846-0.02940.00280.08740.00540.099527.9009-25.212337.8643
41.1955-0.24640.13470.43240.08541.0203-0.0053-0.06690.00370.00270.02490.0560.054-0.0707-0.01960.0122-0.0224-0.00060.0535-0.01180.043523.0146-16.882935.6802
51.0157-0.60350.71431.4106-2.904810.9604-0.014-0.04340.00140.18280.0468-0.0979-0.16890.2609-0.03280.10740.00890.00070.09230.01090.144865.111-19.99639.8265
60.97380.3280.28920.6032-0.02711.0026-0.00270.0316-0.0372-0.0433-0.01170.01810.0530.03920.01440.0064-0.00030.00110.0644-0.02710.016148.0577-19.338622.0892
70.6517-0.49280.13130.813-0.2280.8788-0.01180.12920.0364-0.0277-0.0255-0.0514-0.05590.10190.03730.0137-0.0297-0.00180.09950.0230.016158.58516.395316.0435
81.8864-0.40371.49270.6512-0.39252.81060.0849-0.0134-0.11010.04220.0083-0.02840.08870.0057-0.09330.0264-0.019-0.0140.03040.01060.030357.05710.126725.0654
93.92320.25034.57180.39630.24946.2357-0.1598-0.16770.23760.119-0.0198-0.0637-0.3695-0.06140.17960.12790.0231-0.0080.10780.02990.133935.143830.135636.696
100.9064-0.0757-0.04420.2196-0.1841.0278-0.0442-0.06390.07180.04960.0037-0.018-0.1258-0.00530.04060.05510.0194-0.02040.06390.02230.0538.771524.826127.6976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 84
2X-RAY DIFFRACTION2A85 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3B25 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4B62 - 288
5X-RAY DIFFRACTION5C25 - 43
6X-RAY DIFFRACTION6C44 - 288
7X-RAY DIFFRACTION7D25 - 218
8X-RAY DIFFRACTION8D219 - 288
9X-RAY DIFFRACTION9E24 - 59
10X-RAY DIFFRACTION10E60 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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