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- PDB-4x10: JC Polyomavirus genotype 3 VP1 in complex with GM2 oligosaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x10
タイトルJC Polyomavirus genotype 3 VP1 in complex with GM2 oligosaccharide
要素Major capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / beta-sandwich / jelly-roll / viral capsid protein / glycan
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種JC polyomavirus type 3 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stroh, L.J. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: The Greater Affinity of JC Polyomavirus Capsid for alpha 2,6-Linked Lactoseries Tetrasaccharide c than for Other Sialylated Glycans Is a Major Determinant of Infectivity.
著者: Stroh, L.J. / Maginnis, M.S. / Blaum, B.S. / Nelson, C.D. / Neu, U. / Gee, G.V. / O'Hara, B.A. / Motamedi, N. / DiMaio, D. / Atwood, W.J. / Stehle, T.
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,54536
ポリマ－150,1695
非ポリマー4,37631
水21,2761181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33620 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area44500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.410, 96.060, 128.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRASPASP1AA31 - 5114 - 34
21THRTHRASPASP1BB31 - 5114 - 34
31THRTHRASPASP1CC31 - 5114 - 34
41THRTHRASPASP1DD31 - 5114 - 34
51THRTHRASPASP1EE31 - 5114 - 34
12SERSERILEILE4AA71 - 8554 - 68
22SERSERILEILE4BB71 - 8554 - 68
32SERSERILEILE4CC71 - 8554 - 68
42SERSERILEILE4DD71 - 8554 - 68
52SERSERILEILE4EE71 - 8554 - 68
13METMETSERSER4AA101 - 12284 - 105
23METMETSERSER4BB101 - 12284 - 105
33METMETSERSER4CC101 - 12284 - 105
43METMETSERSER4DD101 - 12284 - 105
53METMETSERSER4EE101 - 12284 - 105
14GLYGLYTHRTHR4AA124 - 162107 - 145
24GLYGLYTHRTHR4BB124 - 162107 - 145
34GLYGLYTHRTHR4CC124 - 162107 - 145
44GLYGLYTHRTHR4DD124 - 162107 - 145
54GLYGLYTHRTHR4EE124 - 162107 - 145
15ASNASNGLNGLN4AA89 - 17772 - 160
25ASNASNGLNGLN4BB89 - 17772 - 160
35ASNASNGLNGLN4CC89 - 17772 - 160
45ASNASNGLNGLN4DD89 - 17772 - 160
55ASNASNGLNGLN4EE89 - 17772 - 160
16ALAALATHRTHR4AA194 - 205177 - 188
26ALAALATHRTHR4BB194 - 205177 - 188
36ALAALATHRTHR4CC194 - 205177 - 188
46ALAALATHRTHR4DD194 - 205177 - 188
56ALAALATHRTHR4EE194 - 205177 - 188
17LEULEUTHRTHR4AA251 - 263234 - 246
27LEULEUTHRTHR4BB251 - 263234 - 246
37LEULEUTHRTHR4CC251 - 263234 - 246
47LEULEUTHRTHR4DD251 - 263234 - 246
57LEULEUTHRTHR4EE251 - 263234 - 246
18PHEPHEASPASP4AA240 - 249223 - 232
28PHEPHEASPASP4BB240 - 249223 - 232
38PHEPHEASPASP4CC240 - 249223 - 232
48PHEPHEASPASP4DD240 - 249223 - 232
58PHEPHEASPASP4EE240 - 249223 - 232
19ASNASNASPASP4AA207 - 238190 - 221
29ASNASNASPASP4BB207 - 238190 - 221
39ASNASNASPASP4CC207 - 238190 - 221
49ASNASNASPASP4DD207 - 238190 - 221
59ASNASNASPASP4EE207 - 238190 - 221
110LEULEUTHRTHR4AA251 - 263234 - 246
210LEULEUTHRTHR4BB251 - 263234 - 246
310LEULEUTHRTHR4CC251 - 263234 - 246
410LEULEUTHRTHR4DD251 - 263234 - 246
510LEULEUTHRTHR4EE251 - 263234 - 246

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.44482, 0.849726, 0.28302), (-0.853157, 0.30587, 0.422571), (0.272502, -0.429429, 0.861007)11.23859, 20.01914, -5.66646
3given(-0.438712, 0.50929, 0.740375), (-0.524318, -0.814188, 0.249377), (0.72981, -0.278788, 0.624224)31.20605, 14.23905, -15.64456
4given(-0.435076, -0.533495, 0.725323), (0.520625, -0.8063, -0.280766), (0.734615, 0.255466, 0.628552)32.50682, -9.16286, -16.74257
5given(0.456825, -0.845938, 0.275136), (0.844931, 0.315898, -0.431625), (0.278214, 0.429648, 0.859069)12.98453, -17.84899, -6.5011

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Major capsid protein / VP1 / VP1 capsid protein


分子量: 30033.795 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) JC polyomavirus type 3 (ウイルス)
遺伝子: VP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P90498

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)]beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3[DGalpNAcb1-4]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4/a4-b1_b3-c2_b4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)]beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3[DGalpNAcb1-4]DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b2_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 1209分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M KSCN, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月12日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 131009 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.855 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NXG

3nxg


解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.763 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19571 6604 5 %RANDOM
Rwork0.16356 ---
obs0.16517 124405 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.026 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20.17 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9987 0 281 1181 11449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01910585
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.97714415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.761322661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35451318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80224.606469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.443151673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1731554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3322.9215188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3272.925187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8934.0786480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8934.0796481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5613.8625397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5553.8625397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6765.1267918
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.768.85212485
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.768.85312486
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A3448medium positional0.240.5
B3448medium positional0.190.5
C3448medium positional0.270.5
D3448medium positional0.180.5
E3448medium positional0.210.5
A276tight thermal1.390.5
B276tight thermal1.410.5
C276tight thermal1.550.5
D276tight thermal1.470.5
E276tight thermal1.60.5
A3448medium thermal1.242
B3448medium thermal1.42
C3448medium thermal1.172
D3448medium thermal1.352
E3448medium thermal1.352
LS精密化 シェル解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 493 -
Rwork0.313 8820 -
obs--94.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3362-0.17531.3080.5356-0.05663.2663-0.04220.12940.06140.0603-0.0147-0.1187-0.06540.23940.05690.025-0.0197-0.0160.11070.05410.143860.761811.815818.9892
20.6581-0.37820.16320.85240.07910.8404-0.02520.09540.0294-0.00370.008-0.0549-0.03720.11160.01720.0161-0.0276-0.03410.06460.04160.093158.1696.601619.4006
39.70690.45395.2290.60240.45834.97010.0366-0.6207-0.05050.1184-0.0006-0.112-0.1895-0.2041-0.0360.2174-0.0073-0.05760.1137-0.01040.218444.311330.181752.4005
40.8396-0.0363-0.02660.2299-0.10440.8787-0.0427-0.0110.11090.0216-0.0094-0.044-0.14250.00910.0520.0540.0005-0.06050.03540.03140.12837.961125.222327.6873
54.77373.53895.28623.08353.65828.55840.2362-0.2418-0.14840.4332-0.0715-0.05910.269-0.1789-0.16460.1760.0602-0.01580.1781-0.0250.162322.19085.193663.6458
60.47920.01320.21831.0103-0.18020.6351-0.018-0.01990.03110.08680.02050.0144-0.0719-0.1129-0.00250.02430.0216-0.02990.0832-0.00320.095116.54769.86938.5079
71.0589-0.10980.80032.10113.295511.2662-0.0942-0.23830.00850.16530.11990.00570.20790.2712-0.02560.1384-0.0178-0.02380.18990.03210.166535.8533-24.5158.4382
81.1085-0.30330.01830.4210.10180.5913-0.0009-0.0437-0.06250.01240.03520.05160.0885-0.0824-0.03430.031-0.0197-0.04230.0423-0.00040.12122.9605-17.66235.2267
91.6005-0.28672.77210.6463-1.40237.956-0.00940.1095-0.03970.0857-0.0262-0.07540.10340.45370.03560.09340.0558-0.01070.0798-0.02220.132561.0655-19.540629.177
100.8550.28710.21170.7104-0.14841.10550.02320.0531-0.0341-0.0393-0.02010.03180.11380.0548-0.0030.02170.017-0.02690.0291-0.02720.074347.9047-19.396423.0272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 288
3X-RAY DIFFRACTION3B24 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4B43 - 288
5X-RAY DIFFRACTION5C25 - 42
6X-RAY DIFFRACTION6C43 - 288
7X-RAY DIFFRACTION7D24 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8D42 - 288
9X-RAY DIFFRACTION9E24 - 54
10X-RAY DIFFRACTION10E55 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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