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- PDB-4x0x: The structure of AhpE from Mycobacterium tuberculosis revisited -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x0x
タイトルThe structure of AhpE from Mycobacterium tuberculosis revisited
要素Putative peroxiredoxin MT2298
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxins / Protein Structure
機能・相同性
機能・相同性情報


mycoredoxin-dependent peroxiredoxin / peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase E
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pallo, A. / Messens, J.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G030512N ベルギー
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Revisiting sulfur H-bonds in proteins: The example of peroxiredoxin AhpE.
著者: van Bergen, L.A. / Alonso, M. / Pallo, A. / Nilsson, L. / De Proft, F. / Messens, J.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of AhpE from Mycobacterium tuberculosis, a 1-Cys peroxiredoxin.
著者: Li, S. / Peterson, N.A. / Kim, M.Y. / Kim, C.Y. / Hung, L.W. / Yu, M. / Lekin, T. / Segelke, B.W. / Lott, J.S. / Baker, E.N.
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative peroxiredoxin MT2298
B: Putative peroxiredoxin MT2298
C: Putative peroxiredoxin MT2298
D: Putative peroxiredoxin MT2298


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8884
ポリマ－67,8884
非ポリマー00
水5,603311
1
A: Putative peroxiredoxin MT2298
B: Putative peroxiredoxin MT2298


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9442
ポリマ－33,9442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
2
C: Putative peroxiredoxin MT2298
D: Putative peroxiredoxin MT2298


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9442
ポリマ－33,9442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.199, 148.199, 33.864
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number77
Space group name H-MP42
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA0 - 1511 - 152
21LEULEUBB0 - 1511 - 152
12LEULEUAA0 - 1511 - 152
22LEULEUCC0 - 1511 - 152
13LEULEUAA0 - 1511 - 152
23LEULEUDD0 - 1511 - 152
14ALAALABB0 - 1531 - 154
24ALAALACC0 - 1531 - 154
15ALAALABB0 - 1531 - 154
25ALAALADD0 - 1531 - 154
16ALAALACC0 - 1531 - 154
26ALAALADD0 - 1531 - 154

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Putative peroxiredoxin MT2298 / Thioredoxin reductase


分子量: 16972.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: MT2298 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIE2, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.8M sodium malonate pH 5.0 mixed with 0.1M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.91983 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 56084 / % possible obs: 99.83 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique all: 5817 / Rsym value: 0.598 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACTデータ抽出
REFMAC3.15精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xvw

1xvw


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / WRfactor Rfree: 0.2358 / WRfactor Rwork: 0.2073 / FOM work R set: 0.8068 / SU B: 7.824 / SU ML: 0.115 / SU R Cruickshank DPI: 0.16 / SU Rfree: 0.1453 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2986 5.1 %RANDOM
Rwork0.2186 56084 --
obs0.2202 56084 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.94 Å2 / Biso mean: 23.74 Å2 / Biso min: 11.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.95 Å2-0 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4771 0 0 311 5082
Biso mean---31.39 -
残基数----615
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.024608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7521.9386707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.664310536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6535621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36423.734241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.31915736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8421537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0250.0215733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.021230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1221.7442466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1161.7432465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1313.2463078
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A87500.11
12B87500.11
21A87720.11
22C87720.11
31A87760.09
32D87760.09
41B92100.07
42C92100.07
51B86790.12
52D86790.12
61C87150.12
62D87150.12
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 235 -
Rwork0.252 4073 -
all-4308 -
obs--99.54 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.17 Å / Origin y: 38.1751 Å / Origin z: 11.6834 Å
111213212223313233
T0.0022 Å20.0005 Å2-0.0042 Å2-0.0028 Å20.0024 Å2--0.0621 Å2
L0.1254 °20.012 °2-0.0001 °2-0.1558 °20.0074 °2--0.2368 °2
S0.0124 Å °0.0139 Å °0.0098 Å °0.0101 Å °-0.0113 Å °0.0061 Å °0.0013 Å °-0.0068 Å °-0.0012 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 152
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 153
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 153
4X-RAY DIFFRACTION1D1 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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