PDB-4x0u: Structure ALDH7A1 inactivated by 4-diethylaminobenzaldehyde

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x0u

タイトル

Structure ALDH7A1 inactivated by 4-diethylaminobenzaldehyde

要素

Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

キーワード

oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / NAD / OXIDOREDUCTASE / LYSINE CATABOLISM / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase / Choline catabolism / choline catabolic process / Lysine catabolism / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / aldehyde metabolic process / glycine betaine biosynthetic process from choline / aldehyde dehydrogenase (NAD+) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Luo, M. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Diethylaminobenzaldehyde Is a Covalent, Irreversible Inactivator of ALDH7A1.
著者: Luo, M. / Gates, K.S. / Henzl, M.T. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2014年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x0u.cif.gz	727.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x0u.ent.gz	603.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x0u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x0u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x0u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x0tC 2j6lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zvx-1 6u2x-2 6o4f-1 3630 3614 3616 3613 3618 3612 3620 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

B: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

C: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

D: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

223 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

B: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

B: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
223 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

D: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

C: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

D: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
223 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	161.543, 219.407, 233.231
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-704- HOH
2	1	D-706- HOH
3	1	D-721- HOH

詳細

tetramer

#1: タンパク質	Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase / Alpha-AASA dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1 / Antiquitin-1 / Betaine ...Alpha-AASA dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1 / Antiquitin-1 / Betaine aldehyde dehydrogenase / Delta1-piperideine-6-carboxylate dehydrogenase / P6c dehydrogenase 分子量: 55620.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Cys302 is covalently modified by the attachment of 4-diethylaminobenzaldehyde in a thioacyl linkage. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH7A1, ATQ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P49419, L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase, aldehyde dehydrogenase (NAD+), betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-3W9 / 4-(diethylamino)benzaldehyde / 4-(ジエチルアミノ)ベンズアルデヒド分子量: 177.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅NO
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 0.2 M MgCl2, 25% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris at pH of 8.2, 1% DMSO, 200 micromolar 4-diethylaminobenzaldehyde. Protein stock solution contained 3 mg/mL ALDH7A1 and 200 micromolar DEAB. PH範囲: 8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CMOS / 日付: 2013年11月16日 / 詳細: Taurus-1 detector
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→51.49 Å / Num. obs: 148899 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
Aimless	0.1.29	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J6L

2j6l

解像度: 1.95→51.49 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	7464	5.02 %
R_work	0.188	-	-
obs	0.19	148662	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→51.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14465	0	53	516	15034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14814
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.969	20148
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.523	5225
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	2300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2590

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.2857	251	0.2375	4582	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9722-1.9954	0.2681	225	0.2201	4673	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9954-2.0197	0.2671	247	0.2147	4592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.0453	0.2771	240	0.2069	4705	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0453-2.0722	0.2449	240	0.2027	4647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0722-2.1006	0.2551	219	0.2081	4680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1006-2.1306	0.2745	223	0.2035	4720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1306-2.1624	0.2581	235	0.201	4699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1624-2.1962	0.2774	264	0.2044	4667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1962-2.2322	0.2594	268	0.2367	4623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2322-2.2707	0.3354	258	0.2621	4696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2707-2.312	0.2584	249	0.2116	4687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.312-2.3564	0.2398	238	0.1893	4687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3564-2.4045	0.2366	268	0.1854	4689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4045-2.4568	0.2522	249	0.1955	4694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.514	0.249	218	0.1864	4728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.514-2.5768	0.2325	259	0.1954	4717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5768-2.6465	0.2471	230	0.1976	4711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6465-2.7244	0.2185	246	0.1981	4757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7244-2.8123	0.2477	297	0.2059	4638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8123-2.9128	0.262	241	0.2041	4736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9128-3.0294	0.2356	239	0.2087	4758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0294-3.1673	0.242	250	0.2096	4710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1673-3.3342	0.231	276	0.2038	4718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3342-3.5431	0.2183	261	0.1895	4717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5431-3.8165	0.2121	269	0.1781	4697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8165-4.2005	0.1929	246	0.1624	4769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2005-4.8079	0.1621	238	0.1333	4781	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8079-6.0559	0.1811	241	0.1642	4814	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0559-51.505	0.1937	279	0.1627	4906	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7657	-0.4249	0.1001	1.0627	0.1827	0.6859	0.0337	-0.0166	-0.0237	0.03	-0.0192	0.0062	0.0453	-0.0686	-0.0082	0.1012	-0.0187	0.0078	0.1383	-0.0114	0.1693	60.3392	70.049	9.1095
2	0.9127	0.2619	-0.0691	0.8812	-0.0488	0.8095	-0.0087	0.1468	-0.0943	-0.1844	0.0856	0.1244	-0.0188	-0.1137	-0.074	0.1426	-0.004	-0.0299	0.2024	-0.0008	0.2267	60.2903	35.6015	-8.127
3	1.2084	0.5058	0.5636	0.4571	0.1639	1.1546	-0.0462	0.1795	0.2703	-0.0582	-0.0383	0.1547	-0.189	0.0361	0.0756	0.1574	0.0238	0.0065	0.232	0.0455	0.2034	61.0813	9.1246	43.5285
4	1.153	-0.108	-0.3438	0.8794	0.2497	1.1589	-0.0348	0.0109	-0.2243	-0.008	-0.068	0.1087	0.2734	-0.2035	0.0942	0.1727	-0.0418	0.0116	0.2188	-0.0148	0.1674	59.9854	-7.3346	77.68

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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