[日本語] English
万見
- PDB-4x0s: Hexamer formed by a macrocycle containing a sequence from beta-2-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x0s
タイトルHexamer formed by a macrocycle containing a sequence from beta-2-microglobulin (63-69).
要素ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-VAL-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS
キーワードIMMUNE SYSTEM / Hexamer / microglobulin / iodophenylalnine
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.032 Å
データ登録者Spencer, R.K. / Salveson, P.J. / Nowick, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM097562 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: X-ray Crystallographic Structures of Oligomers of Peptides Derived from beta 2-Microglobulin.
著者: Spencer, R.K. / Kreutzer, A.G. / Salveson, P.J. / Li, H. / Nowick, J.S.
履歴
登録2014年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn ...pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02019年12月25日Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-VAL-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1394
ポリマ－1,9841
非ポリマー1553
水00
1
A: ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-VAL-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,83224
ポリマ－11,9056
非ポリマー92718
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_456y-1/3,x+1/3,-z+4/31
crystal symmetry operation11_566x-y+2/3,-y+4/3,-z+4/31
crystal symmetry operation12_556-x+2/3,-x+y+1/3,-z+4/31
Buried area5040 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.065, 51.065, 31.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

CL

21A-102-

SO4

31A-102-

SO4

41A-103-

NA

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド ORN-TYR-LEU-LEU-PHI-TYR-VAL-GLU-ORN-LYS-VAL-ALA-MAA-ALA-VAL-LYS


分子量: 1984.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from beta-2-microglobulin 63-69 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P61769*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris at pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, and PEG 400 30%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月11日
放射モノクロメーター: VARIMAX VHF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.032→25.6172 Å / Num. all: 7604 / Num. obs: 1072 / % possible obs: 98.89 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 23.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 49.07
反射 シェル解像度: 2.032→2.103 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1041 / Mean I/σ(I) obs: 16.4 / % possible all: 93.33

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.032→25.6172 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2021 184 9.52 %Phenix random selection
Rwork0.1649 ---
obs0.1681 1933 96.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.032→25.6172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数132 0 7 0 139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.187200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.86969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00422
LS精密化 シェル解像度: 2.0318→25.6172 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 184 -
Rwork0.1649 1749 -
obs--97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.9674 Å / Origin y: 32.0545 Å / Origin z: 8.9696 Å
111213212223313233
T0.1943 Å2-0.0083 Å2-0.1007 Å2-0.4035 Å2-0.0087 Å2--0.4596 Å2
L4.6437 °2-0.4091 °2-0.6783 °2-3.2006 °23.1002 °2--3.0393 °2
S0.2434 Å °-0.3938 Å °0.2424 Å °0.5754 Å °0.0138 Å °-1.4385 Å °-0.1648 Å °1.1829 Å °0.0699 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resid 1 through 16 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る