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万見
- PDB-4x0m: Selection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x0m
タイトルSelection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key
要素TGF-beta receptor type-1
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE / INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / vascular endothelial cell proliferation / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / regulation of cardiac muscle cell proliferation / myofibroblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity ...extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / vascular endothelial cell proliferation / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / regulation of cardiac muscle cell proliferation / myofibroblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / ventricular compact myocardium morphogenesis / trophoblast cell migration / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / positive regulation of tight junction disassembly / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / positive regulation of vasculature development / neuron fate commitment / activin receptor complex / positive regulation of extracellular matrix assembly / type II transforming growth factor beta receptor binding / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor activity, type I / activin receptor activity, type II / BMP receptor activity / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / transforming growth factor beta receptor activity, type II / pharyngeal system development / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity, type III / activin binding / regulation of epithelial to mesenchymal transition / coronary artery morphogenesis / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / germ cell migration / filopodium assembly / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / activin receptor signaling pathway / response to cholesterol / embryonic cranial skeleton morphogenesis / I-SMAD binding / transforming growth factor beta binding / collagen fibril organization / negative regulation of chondrocyte differentiation / endothelial cell activation / anterior/posterior pattern specification / skeletal system morphogenesis / lens development in camera-type eye / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / SMAD binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / roof of mouth development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blastocyst development / regulation of protein ubiquitination / epithelial to mesenchymal transition / bicellular tight junction / endothelial cell migration / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / thymus development / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / positive regulation of apoptotic signaling pathway / post-embryonic development / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / kidney development / skeletal system development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cell motility / wound healing / cellular response to growth factor stimulus / male gonad development / UCH proteinases / nervous system development / peptidyl-serine phosphorylation / heart development / regulation of gene expression / positive regulation of cell growth / in utero embryonic development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein kinase activity / regulation of cell cycle / endosome / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / cilium / positive regulation of cell migration / membrane raft
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-aminopyrido[2,3-d]pyrimidin-5(8H)-one / TGF-beta receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Czodrowski, P. / Hoelzemann, G. / Barnickel, G. / Greiner, H. / Musil, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Selection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key.
著者: Czodrowski, P. / Holzemann, G. / Barnickel, G. / Greiner, H. / Musil, D.
履歴
登録2014年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1403
ポリマ－34,8821
非ポリマー2582
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.990, 76.880, 89.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TGF-beta receptor type-1 / TGFR-1 / Activin A receptor type II-like protein kinase of 53kD / Activin receptor-like kinase 5 / ...TGFR-1 / Activin A receptor type II-like protein kinase of 53kD / Activin receptor-like kinase 5 / ALK5 / Serine/threonine-protein kinase receptor R4 / SKR4 / TGF-beta type I receptor / Transforming growth factor-beta receptor type I / TbetaR-I


分子量: 34882.148 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 200-503 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR1, ALK5, SKR4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P36897, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物 ChemComp-3WA / 4-aminopyrido[2,3-d]pyrimidin-5(8H)-one


分子量: 162.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6N4O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 240 mM Li2SO4, 24% PEG 4000, pH 7.5 / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→38.7 Å / Num. obs: 32312 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 12.85 Å2 / Rmerge F obs: 0.179 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rrim(I) all: 0.218 / Χ2: 1.247 / Net I/σ(I): 9.22 / Num. measured all: 102541
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.68-1.780.3970.4294.213178537845460.51484.5
1.78-1.90.3650.4245.5115992508550210.598.7
1.9-2.050.2790.3677.1814979471746410.43198.4
2.05-2.250.1950.28914030438243200.32798.6
2.25-2.510.1620.22710.1612935397438900.26597.9
2.51-2.90.140.18911.4711069353934040.2296.2
2.9-3.550.10.12813.529077302028920.15195.8
3.55-50.0630.07816.787185238722610.09494.7
50.0490.06117.54096142213370.07394

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.4精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vjy

1vjy


解像度: 1.68→38.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9183 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8827 / SU R Cruickshank DPI: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.125 / SU Rfree Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.126
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2393 13989 47.64 %RANDOM
Rwork0.1839 15375 --
obs0.2098 29363 86.83 %-
原子変位パラメータBiso max: 85.82 Å2 / Biso mean: 15.61 Å2 / Biso min: 3.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9072 Å20 Å20 Å2
2---2.0366 Å20 Å2
3----0.8707 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→38.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2429 0 17 173 2619
Biso mean--16.47 20.16 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal targetRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3261.5SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1332HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9352HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9282.5HARMONIC20
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3142 1032 52.6 %
Rwork0.1967 930 -
all0.2553 1962 -
obs--86.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.052 Å / Origin y: 75.8878 Å / Origin z: 12.3086 Å
111213212223313233
T0.0182 Å20.0001 Å20.0052 Å2--0.0058 Å20.0018 Å2---0.1378 Å2
L0.297 °20.3171 °20.1794 °2-0.481 °20.522 °2--0.5836 °2
S-0.0015 Å °-0.0153 Å °0.0537 Å °-0.0316 Å °0.0002 Å °0.0356 Å °-0.044 Å °0.0011 Å °0.0013 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2adp.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5emd.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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